1.幼年继位，权力易他人
少年天子朱翊钧能够将朝政打理得井井有条，靠的就是“垂拱而治”。“垂拱而治”靠惯性在延续，朱氏家族的统治也在靠惯性延续。
明神宗像朱翊钧生于嘉靖四十二年（1563年），生母李贵妃原为裕王邸宫女，后被当时还是裕王的朱载看中，隆庆元年（1567年）被封为贵妃。据说她对儿子朱翊钧教育颇严，一心想让他成为一个有为之君。
朱翊钧自幼就聪慧过人，读经史过目不忘，而且颇为早熟。6岁时，他看见朱载在宫内骑马奔驰，便上前挡道谏阻说：“父王为天下之主，单身匹马地在宫中奔驰，倘若有一个疏忽，那可不得了。”朱载听后深受感动，当即下马，立他为太子，自此更加喜爱他。隆庆六年（1572年）五月二十六日，朱载病逝。六月初十日，年仅9岁的朱翊钧即皇帝位。
朱载去世时，为朱翊钧留下了很好的内阁班子，朝中贤臣当国，人才济济。内阁大学士张居正、高拱、高仪都是正直之士，极善谋略，而此时的内宫也非常安定，朱载的正宫陈皇后与朱翊钧生母李太后相处得非常融洽，并且当时的大太监冯保也是明朝不可多得的好太监之一。
尽管朱翊钧当时还是一个非常年轻的“少年天子”，但在这些人的支持下，励精图治，推行新政，颇有英主气象。朱翊钧任用张居正为内阁首辅，并大力支持张居正的变法改革，从而换来了经济发展和社会相对安定的局面。这段时期，不仅是朱翊钧人生的辉煌时期，而且也使当时濒于崩溃的大明帝国获得了短暂的复苏和繁荣。这一切当然与李太后、冯保等人的支持是分不开的，但主要还是张居正忠心耿耿努力侍君的结果。
张居正原本和高拱、高仪二人一样，同是朱载去世时的内阁顾命大臣。只不过由于种种原因，高拱、高仪先后都离开京城还乡，使得朝中三位顾命大臣只剩下张居正一人，而朱翊钧的生母李太后在朱载去世后就把教育培养朱翊钧的任务交给了张居正，因此张居正就不得不担当起辅弼小皇帝的重任。张居正一方面治理国事，另一方面非常注重对朱翊钧的教育，亲自为他安排周详的课程，指导他读书，选拔有素养的大臣主持教学，培养其治国安邦的本领，因而朱翊钧也与他建立了深厚的师生之情。
据说，朱翊钧平时非常尊敬张居正，言必称张先生，从不直呼其名。冬天上课时，朱翊钧总是嘱咐小太监将厚厚的毛毯放在张居正的脚下，以免冻着脚。张居正生病后，朱翊钧更是亲自为他煎药，而张居正为了感激皇帝的知遇之恩，更是加倍努力，事必躬亲，将一个大明王朝治理得井井有条。
2.阁臣相争，制造千古疑案
权力的诱惑力实在是太大了。为了权力，高层的阁臣之间也相互争斗。当然，他们争的只是相位，而不是皇位。因此，朱氏家族的江山不会改姓。
朱载给自己的儿子留下的班底可谓人才济济，然而，朱载本人在位时，这些人之间就已经开始钩心斗角，然而朱载只是一味地调解，并没有采取什么有力的措施，这为日后的党争埋下了伏笔。神宗即位后，阁臣们之间的矛盾终于爆发了。高拱和张居正相互排挤，一门心思地想把对方赶出内阁，独揽大权。
努尔哈赤像
高拱、张居正都是托孤重臣。张居正工于心计，藏而不露。高拱则性格外向，在文渊阁不时向同僚发出“十岁（虚岁）太子，如何治天下”的慨叹，但他万万没有料到的是，几天之后，这竟成了自己的罪状。
就在主少国疑之际，一股新的政治势力正在迅速崛起，这就是宦官冯保。冯保，深州人，自幼入宫，在嘉靖年间已经是司礼监秉笔太监。司礼监是明代宦官二十四衙门之首，设掌印太监一员，秉笔和随赏太监八九员或四五员。其中，掌印太监的地位最高，其次就是兼掌东厂事务的秉笔太监。隆庆初期，司礼监掌印太监空缺，按资历当属冯保。但是他只得到了秉笔提督东厂兼御马监事。原因是高拱推荐了御用监太监陈洪。陈洪罢免后，高拱又推荐尚膳监太监孟冲。在朱载去世后，在皇后和贵妃的帮助下，冯保这才当上了司礼监的掌印太监。由此，冯保与高拱积怨日深。
在神宗即位后的最初6天中，就发生了高拱和冯保两种力量的抗争。在高拱看来，内阁有张居正与他志同道合，除去冯保岂非易如反掌。在他的鼓动下，言官们纷纷上疏弹劾冯保。但高拱错误地估计了当时的形势：以前他战胜过许多对手，实际上是仰赖于穆宗的支持；现在对手的背后却是站在母亲一方的神宗，尽管他只有9岁。何况这时的张居正早已另有打算，而与冯保秘相往来了。言官的奏疏很快就落到了冯保手中。冯保又到皇后、贵妃和神宗面前挑拨是非，把高拱在内阁所说“十岁太子，如何治天下”改为“太子为十岁孩子，如何做人主”。皇后和贵妃一听惊呆了，神宗也被激怒了。
于是皇室内部做出了清除高拱的决定。六月十六日，朝臣纷纷来到会极门。这是神宗即位后第一次接见臣僚。冯保宣读了皇后、皇贵妃和皇帝的旨谕，大意是高拱藐视幼主，将其逐出朝廷。高拱就这样在张居正和冯保的陷害下，离开了朝廷。但冯保心里还不踏实，于是他又紧接着策划了一起以诬陷高拱为目的的王大臣案。
事情是这样的：万历元年（1573年）正月十九日清晨，小皇帝朱翊钧按例出宫视朝。皇帝的轿子刚出乾清门，突然，有一男子着内使巾服，由西阶下冲到皇帝前，当即被守卫人员抓住。从此人衣中搜出刀、剑各一把，经初步审讯后，知道此人名叫王大臣，是常州府武进县人。太监冯保立即将此事奏告皇上。
3天后，正月二十二日，张居正向朱翊钧上奏此事，他的态度很清楚，就是指向所谓“主使勾引之人”，其用意是要皇帝顺藤摸瓜，查出王大臣的幕后主使人，“永绝祸本”。年幼的皇帝随即同意了张居正的建议。王大臣被送东厂究问，而东厂正是冯保主管的部门，事件的发展正按冯保的谋划在进行着。
一面是东厂去捉拿高拱的家人，一面是张居正向皇上奏请追查主使者，两人配合密切。一时间，朝廷内外，直到京城闾巷小民，莫不汹汹骇愕。太仆卿李幼滋是张居正的同乡，一听此事，不顾疾病缠身，支撑起身体赶往张府，对张居正说：“你怎么能干此事？”张居正说：“为何说是我干的？”李幼滋说：“朝廷抓得外人，而您即令追究主使之人。今东厂称主使者即是高老。万代恶名必归于您，您将何以自解？”当时科道各官颇为不平，欲上疏陈明此事，但又畏惧张居正，不敢贸然上奏。而刑科诸给事中互相议论：“此事关我刑科，若无一言，遂使国家有此一事，吾辈何以见人！”于是写好奏疏，建议将王大臣从东厂送出，由法司审理。为取得张居正的首肯，这些刑科给事中赴朝房向张居正作了解释。张居正竭力阻止他们上奏。科道官们连等五日，从朝至暮，不见张居正的踪影。御史钟继英最终按捺不住，便上疏暗指此事。
然而张居正此意已决，不想中途变卦，便令锦衣卫左都督朱希孝等官员去东厂，会同冯保一起审讯。按照惯例，厂卫审讯犯人必先加刑。于是，将王大臣打十五板。王大臣痛得大叫：“原说与我官做，永享富贵。如何打我？”冯保立即打断他的话，问道：“是谁主使你来的？”王大臣瞪目仰面说：“是你使我来，你岂不知？却又问我。”冯保气得面色如土，又问：“你昨日说是高阁老使你来刺朝廷，如何今日不说？”不料，王大臣径直答道：“你教我说来，我何曾认得高阁老？”
朱希孝见状不妙，恐怕王大臣把隐情和盘托出，便厉声喝道：“这奴才，连问官也攀扯，一片胡说，只该打死。”又对冯保说：“冯公公，不必问他。”会审到此草草收场。
冯保还不罢休，进宫后还是以“高老行刺”奏明皇上。皇帝身边一个年逾七旬的殷太监听后，跪下启奏：“万岁爷爷，不要听他。那高阁老是个忠臣，他如何干此等事！他是臣下，来行刺，将何为？必无此事，不要听他。”随后又对冯保说：“冯家，万岁爷爷年幼，你当干些好事，扶助万岁爷爷。如何干这等事！那高胡子是正直忠臣，受顾命的，谁不知道。那张蛮子夺他首相，故要杀他灭口。你我是内官，又不做他首相，你只替张蛮子出力为何？你若干了此事，我辈内官必然受祸，不知死多少哩？万万使不得，使不得。”冯保听了，大为沮丧，又无言以对。冯保才省悟到此事难行，即差人报告张居正：“内边有人说话，此事不好办矣。”
张居正知道事已不济，便对科道官们说：“此事我当为处，只不妨碍高老便了，你们不必上本了吧！”
到了二月二十日夜里，把王大臣送法司审讯时，不知为何，王大臣已中毒而哑，不能说话了。二十一日，三法司同审，并不提问，当即宣判处决，草草了事。
经过以上这些幕后活动，王大臣匆匆处死，此案不了了之。后来，事隔十年，到了万历十一年（1583年），张居正已死，冯保已下台，皇帝朱翊钧对当年的王大臣案发生疑问，便命刑部录进王大臣招供，详加审阅，然后发出谕旨：“此事如何这就了了，查问官与冯保质对！”当时的内阁元辅张四维是了解内情的，便委婉地劝告皇上：“事经十年，今罪犯已决，希孝又死”。那意思说，此案追查不清了。朱翊钧这才放弃了重新追查的想法。
此案对高拱来说，可算是因祸得福。因这次诬陷失败，张居正与冯保后来一直未再向高拱下手，高拱因此得以享受一个平安晚年，在故乡整理和写作了大量著作，给后世留下了一些颇有价值的文献。
高层明争暗斗的结果是使大权最终归于张居正一人之手。从此，张居正开始实施他的改革计划，朱家王朝最后的鼎盛时期终于来到了。
3.清算张居正，敛财害天下
明神宗朱翊钧把“国家”这个大家当成了“皇帝的小家”，把国家这个大家的财产聚敛到了皇帝的小家里。国家这个大家衰败了，皇帝的小家还能存在吗？朱氏家族的江山还会存在吗？
万历十年（1582年），一代名臣张居正去世，终年58岁。朱翊钧为张居正辍朝一天，并给予崇高的待遇：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银500两。然而，两年之后的万历十二年（1584年），朱翊钧的态度却发生了180度的大转变：生前“忠贞不贰”的“元辅张先生”，死后反而变成了“谋国不忠”的“大奸臣”。原因何在？由于张居正为人非常正直，得罪了不少大臣，而他所推行的改革也触动了不少守旧势力。在他死后，一些变法期间失势的守旧派大臣乘机反扑，纷纷上奏朱翊钧，要求弹劾张居正和他的支持者冯保。也许是随着年龄的增长，朱翊钧对昔日威柄震主的张居正日益不满，也许是在张居正的严格管理下有些厌倦了。当守旧派大臣提出这些要求时，朱翊钧觉得自己真的应该这样做。
朱翊钧也深知，要想树立自己的权威，就必须摆脱张居正的影响；而要彻底摆脱张居正的影响，就必须清算张居正，推倒张居正。只有这样，才能为自己开始亲政、独揽朝中大权打下牢固的基础，因而清算已死的张居正成为朱翊钧亲政之后所做的第一件大事。但朱翊钧心里明白，张居正在世时，自己曾重用张居正，并许下了许多诺言，而今要实现这个转变，必须寻找时机，找到借口，而且要有计划，有步骤。可从哪里下手呢？经过权衡利害得失，他决定先拿冯保开刀。
万历十年（1582年）十二月，朱翊钧以欺君蠹国之罪，免去冯保东厂提督之职，抄没其家产。张居正在世时，与冯保互为依存，谁也离不开谁。冯保垮台，张居正必然在劫难逃。果然不出所料，朱翊钧随后将张居正重用的人统统罢免，同时为从前反对张居正的人一一恢复名誉或官职。不久又诏夺了张居正所封官职、谥号，其家产被查抄，家人被谪戍。
全面否定张居正改革，是朱翊钧本人由勤变懒、全面废弃励精图治的标志。当朱翊钧彻底摆脱了张居正的束缚之后，就开始了他的独裁统治。从此以后，朱翊钧完全变成了另一个人：昔日少年天子的气派与风采，已经不复存在，取而代之的是长年深居禁宫，嗜酒、恋色、贪财，私欲膨胀，恣意妄为。
独裁统治的背后，必然隐藏着严重的危机。万历二十年（1592年）二月，宁夏副总兵起兵反叛；五月，日本发动侵朝战争；同时西南又发生叛乱。朱翊钧被迫三路出征，史称“万历三大征”，历时十余年。虽然取得全面胜利但也丧师数十万，耗银千万两，致使国库空虚，百姓遭难。自此开始，明朝一步一步由盛转衰。
在朱翊钧亲政的后20年，他基本上是一个不理朝政的皇帝。而这时，东北的后金却迅速崛起，努尔哈赤以30年时间统一了满洲女真各部落，并于万历四十四年（1616年）建立了后金政权，形成了与明王朝相对立的地方政权。朱翊钧为了应付辽东战事的军费，先后三次下令加派全国田赋，时称“辽饷”。此举非但无济于事，反而使民不聊生，阶级矛盾进一步激化，明王朝灭亡的危机已然形成。因此后人评论：“明之亡，不亡于崇祯之失德，而亡于神宗之怠惰”。
同时，朱翊钧亲政的晚期不仅仅是“怠于临朝，勇于敛财”，更重要的表现是过度纵情于酒色财气之中。朱翊钧的贪财在明代诸帝中可谓最有名了。关于他贪财的事例极多：在亲政以后，他查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配；为了掠夺钱财，他曾以采木、烧造、织造、采办为名搜刮民财。万历十九年（1591年），仅景德镇御窑厂烧造的瓷器就达23万多件；为了掠夺钱财，他还曾多次派遣宦官为矿监税使，四处搜括人民，而且征税的项目千奇百怪，无物不税，无地不税，使百姓怨声载道。官逼民反，因此起义不断，动摇了朱家统治的基础。
4.神宗昏庸，党争乱国
党争是历朝历代都可能出现的非常正常的现象。是党争乱国吗？恐怕不是。应该是统治者昏庸无能。
明神宗贪婪无止境，一部分内阁大学士和官吏又委容转圜其间；另一部分中下级官吏，在政治上受到排斥，他们看到明朝政治日趋腐败，社会危机日益加深，要求改良政治，挽救危机。前者是当时统治阶级中的主流派，后者是非主流派。主流派与非主流派之间进行了长期的较量，史称为“东林党议”。神宗反对臣下结党，一再强调“不许借言奸党攻讦争辩”，对无止无休的党争更是深表厌恶，殊不知党争的总根源恰恰是他自己。
万历二十一年（1593年），论干支则为癸巳，这是明朝规定对京官进行考察的年份。明朝中叶以来，内阁权势上升，每逢考察，主持计典的人总要先向内阁打招呼，当时人称“请教”。内阁信任的人，即使是不肖者也必留用；内阁厌恶的人，虽然有才干也必罢黜。张居正以后的内阁，对皇帝因循苟且，但干预考察的权力却不肯放弃。这一年，主持京察的是吏部孙金龍、左都御吏李世达和考功司郎中赵南星。他们一心奉公，锐意澄清吏治，决定废去“请教”的惯例。考察一开始，他们先罢免了自己的亲属，割情捐爱，毫不徇私。他们之所以这样做，目的就是希望以自身的廉洁奉公给当时的官吏做个榜样。接着他们罢黜了一批贪官污吏，降调了一批碌碌无为的平庸官吏，其中包括内阁大学士赵志皋的弟弟赵志做，以及内阁大学士王锡爵、张位的亲信。赵南星等严于自身、严于要津、贪吏必察的做法，受到许多朝野人士的赞许，癸巳京察被称为明朝二百多年来搞得最好的一次计典。而内阁大学士们却向神宗上疏指责说“抑扬太过”。
昏聩的明神宗竟然是非不辨，黑白不分，把赵南星贬官三级，并停止孙金龍俸禄。这就理所当然地激起朝中一切有正义感的官吏的不平，他们纷纷上疏为赵南星等人伸冤。神宗又以臣下结党为由，把赵南星革职为民。孙鑨无奈，只得告老还乡。为赵南星抱不平的官员接着陆续遭到谪遣。
这些有正义感的官吏，为了澄清吏治，虽然纷纷被神宗驱逐出政府，却于暗中逐渐形成了一股政治力量。顾宪成回到家乡无锡后，与高攀龙、钱一车、顾允成、安希范、刘元珍、叶茂才、薛敷教等人开始了讲学活动。万历三十二年（1604年），在常州知府欧阳东风的支持下，他们重新修复了无锡东门的东林书院。从此，顾宪成等人讲学其中。顾宪成认为：“官辇毂，志不在君父；官封疆，志不在民生；居水边林下，志不在世道。君子无取焉。”因此他们在讲习之余，往往“讽议朝政，裁量人物”，抨击当权派。一时“士大夫抱道忤时者，率退林野，闻风响附”。东林之名于是大振。与此同时，冯从吾在关中书院讲学，邹元标在江右书院讲学，余懋衡在衡州书院讲学。四大书院之间联系密切，彼此支持，相互声援，与在朝的李三才等人“遥相应和”。这些人，后来就被朝中主流派称为东林党。
除了东林党外，还有内阁辅臣沈一贯、方从哲和给事中姚宗文的浙党，给事中亓诗教为首的齐党，给事中应震为首的楚党，以宣城人汤宾尹为首的宣党，以昆山人顾天峻为首的昆党。上述各党，除了东林党，各党都在朝廷里你争我夺。党争涉及的问题很多，但多数都与明神宗有关。神宗懈怠政事，东林党人则希望他亲政，重握纪纲，与天下更始。但是明神宗已经听不进这些呼声。东林党人要求他御朝的呼声越高，他就越厌烦，东林党人也就越遭到排斥。
东林党人还要求：明神宗克制自己的贪欲。他们反对神宗和大地主集团侵田占土，反对神宗派出矿监税使四出掠夺。其中以淮抚李三才谏止矿税的奏疏最为著名。东林党人曾经推荐李三才进入内阁。李三才，字道甫，通州（今属北京）人，万历二年（1574年）进士，历官至右佥都御史总督漕运，并巡抚凤阳。他做官颇有政绩。东林党人认为，李三才具有“卓识”“大才”，如果进入内阁，可以更新朝政。但是浙党反对他入阁。围绕李三才进入内阁的问题，双方争论了一年零三个月。明神宗任其争论，不置一言，实际是不愿意李三才入阁。万历三十九年（1611年）二月，李三才被迫离职。在他离开凤阳伍所时，百姓老幼提携，满街塞巷，哭泣相送，情景十分感人。李三才回到通州张家湾后，建立双鹤书院，讲学其中。浙党恐其东山再起，给他捏造了许多罪名，使他怀才不遇，愤恨而死。
朝廷内外激烈的党争，让这些朝廷的重臣们整天着眼于争权夺利，无心政事，导致朝政荒废，为朱家王朝的灭亡立下了“汗马功劳”。
5.国本之争，遗祸整个家族
“国本之争”是历朝历代都可能出现的极为正常的现象。但是，像明神宗朱翊钧朝代长达30年之久的“国本之争”在历史上却是空前绝后的。明神宗朱翊钧既违背祖训，又优柔寡断，昏庸无能，致使“国本之争”持续太久，遗祸整个家族，导致了大明江山从根基上彻底垮塌。
“国本”，就是太子；“争国本”就是万历年间围绕解决立太子的问题而发生的一场政治斗争。从万历十四年（1586年）到万历四十二年（1614年），万历朝围绕确立太子的“争国本”斗争历时近30年。
神宗的王皇后无子，王恭妃生子朱常洛（即后来的明光宗），郑贵妃生子朱常洵（即后来的福王）。朱常洛年长，按立嫡以长不以贤的礼法原则，朱常洛应该被立为太子。但万历皇帝极宠爱郑贵妃，准备立朱常洵为皇太子，甚至和郑贵妃一起到神殿宣誓，要立她的儿子朱常洵为太子。神宗把誓言写在纸上，放在玉盒里，交由郑贵妃保管。但另一方面，废长立幼又是犯忌的事，神宗担心群臣反对。朝臣果然依据封建王朝太子立嫡，无嫡立长的法纲据理力争。
首辅申时行于万历十四年（1586年）二月，上《请册立东宫以重国本疏》，拉开了长达近30年的波及整个朝廷的国本之争的序幕。申时行的奏请立即引起了满朝文武的共鸣。各部府司道诸衙门都纷纷上章奏请。户部给事中姜应麟、吏部验封司员外郎沈璟、刑部山西司主事孙如法、河南道御史杨绍程等人的奏章言辞尤为激烈。万历皇帝一怒之下，将这四人严厉降处。明代的水军一艘明船张帆航行于海上，在船首悬着的旗帜上标明“三军司令”，此为明代海上部队的雄姿。
万历十七年（1589年）十二月二十一日，申时行、大学士许国、吏部尚书朱纁、礼部尚书于慎行等人除了继续陈请早行册立之外，还陈请神宗对朱常洛及早进行“预教”（出阁读书）。这个“预教”，其实只是一种形式。这种形式一旦举行，就等于事实上承认了朱常洛的太子地位。神宗无奈，不得不表态：第二年就举行建储典礼。但一年过去了，神宗仍找各种借口拖延，朝廷内外纷纷传言神宗将废长立爱。
万历二十一年（1593年）正月，神宗诏示大学士王锡爵，拟把皇长子常洛、皇三子常洵和皇五子常浩一并封王，待以后再从三人中选有才能者立为太子。王锡爵遂即疏请令皇后抚育长子朱常洛，则长子即为嫡子。神宗却告谕礼官，同时将三人封王。这个谕旨一下，立即遭到文武群臣更加激烈的反对，群情激愤，反对“三王并封”的奏章接二连三，总数上百本。当年闰十一月，经过群臣反复执争，神宗被迫答应皇长子“明春先行出阁讲学礼”。次年二月，朱常洛出阁讲学，接受教育。至此，群臣等取得初步胜利。神宗迫于群臣的强大压力，被迫放弃了“三王并封”的谕旨，但又抱着“待嫡”之说不放。后来直至皇太后施加压力，才在万历二十九年（1601年）十月立朱常洛为皇太子，同时也封常洵为福王，藩国洛阳。
按太祖洪武皇帝的遗训，藩王被封后，必须立即就藩之国。但是，福王被封后十多年，却一直留在京师。福王不就藩，太子的地位就不稳定。
朱常洛被立为太子后，朝廷大臣奏请福王就藩之国的奏章不断，万历皇帝一直在拖延。直到万历四十一年（1613年），万历皇帝再也拖延不下去了，才以第二年春天为期，但又同时提出条件，福王庄田要达到四万顷。然而，当时无法凑足四万顷之数。朝廷大臣，特别是东林党人上书反对，万历皇帝被迫让步，减为二万顷。万历四十二年（1614年）二月，皇太后临死前再度施加压力，加之皇长孙由校（常洛长子）也已9岁，神宗看废长立爱的可能性已经不复存在，才将朱常洵封国洛阳，满朝文武这才如释重负。
然而，这一切并没有结束。万历四十三年（1615年）五月，发生了一件对太子不利的大事，更证实了大臣们的忧虑。此月初四日深夜，一位名叫张差的男子，竟手持枣木棍，打进皇太子居住的慈庆宫的宫门内，击伤守门内侍李鉴，冲至前殿檐下，最后被内侍韩本用等人擒获。
事发后朱常洛惊恐万状，而且“举朝惊骇”。万历帝下令审讯。负责审问的为“浙党”官吏，说张差是个疯癫病人，企图糊涂结案。而巴结郑贵妃的内阁首辅、“浙党”首领方从哲也不愿深究。东林党人、刑部提牢主事王之宷，通过单独提审和与刑部官员共审，使张差供出：是郑贵妃手下太监庞保、刘成“令我打上宫门，打得小爷（指太子），有吃有穿”。朝中东林党人怀疑是郑贵妃欲谋害太子，坚决要求追究到底。事情牵连郑贵妃，朝议汹汹。
郑贵妃闻知后，对万历帝哭泣。万历帝说：“外廷语不易解，若须自求太子。”于是，郑贵妃就找到了皇太子朱常洛。史书记载，郑贵妃向太子号诉，就是郑贵妃找到了皇太子朱常洛，嚎啕大哭，诉说事情的原委，请求太子宽恕。二人对话的过程是：贵妃拜，太子也拜，贵妃和太子是且泣且拜，一面哭一面拜。万历皇帝一看这事情闹大了，牵连到郑贵妃不好，又牵扯到太子——两头为难，怎么办呢？他决定亲自来处理这个事。万历帝在慈宁宫皇太后灵位几案前召见太子和百官，令太子降谕处理此案，禁止株连，就是不要牵扯太多人。皇太子朱常洛既不愿意得罪父皇，也不愿意得罪郑贵妃，不敢深究此事，也想大事化小，小事化了，息事宁人。万历帝因为都是他们家里头的事情，也不想深究。最后决定把张差处死，两个太监庞保和刘成在内廷被秘密打死，草草了结这桩大案。负责此案审理的王之宷遭到反东林党一派官吏的攻击，万历帝将他削职为民。这就是“梃击案”。
梃击案斗争的焦点，从表面上看是郑贵妃意欲谋害太子朱常洛而未得逞，好像是皇帝的家事，但实质上是国事，反映出朝廷中东林党与其他派系的政治斗争。尽管万历帝亲自处理结案，但这件事情始终疑云重重。此后大臣们常以此为题目，“奏章累数千百，由是门户之祸大起”。
从万历十四年（1586年）二月开始，满朝文武为了使朱常洛能够册立为太子，以六七位阁臣的离职，上百名大臣被降处的沉重代价，前后苦争了15年，护卫了19年，群臣所上奏疏成千上万，才得以朱常洛被册立为皇太子，并终于继承了帝位。但万历为躲避国本之争隐入皇宫，不理国事，不处理天灾带来的后遗症，对边防缺乏必要的关心和整治，使得国家出现了数以万计的流民，社会矛盾激化，边防懈怠。而一代枭雄努尔哈赤却在不断地蓄积实力和成长，终成为明王朝大患。
“国本之争”加快了朱家天下灭亡的步伐。明光宗朱常洛（1585—1620），明神宗朱翊钧长子。神宗病故后继位，在位仅1个月，因病后服红丸而死，终年36岁，葬于庆陵（今北京市十三陵）。朱常洛是明代传奇色彩最浓的一位皇帝，明宫三大疑案都与他有关。他在位仅一月，是明朝在位最短的一位皇帝。而他的死却使明朝丧失了最后一根救命稻草，因为明朝接下来的统治者是文盲兼木匠的熹宗皇帝和有史以来权势最盛的宦官魏忠贤。朱家王朝在没落的路上越走越远了。
