顺治元年（1644年）九月，福临从盛京起程进入山海关，多尔衮率诸王群臣迎于北京城东20公里的通州。福临到北京后，马上封多尔衮为“叔父摄政王”，并为他“建碑纪绩”。多尔衮的同母兄阿济格、弟多铎也都升为亲王。济尔哈朗则仅被封为“信义辅政叔王”。至此，摄政王只有多尔衮一人。
十月一日，福临在北京“定鼎登基”，宣告“以绥中国”，“表正万邦”。大清王朝终于实现了定鼎中原的目的，实现了努尔哈赤和皇太极梦寐以求的夙愿。在分兵南下继续征战的同时，多尔衮又取法于前明，制定各种内外制度。多尔衮总揽朝纲，在明清王朝更替的历史中起了重要作用，其权势也越来越大，地位也越来越高，称号渐由“叔父摄政王”进升“皇叔父摄政王”，直至“皇父摄政王”，明摆着多尔衮就是太上皇了。不过，这位“太上皇”还算是清醒，他时时告诫诸王大臣不可谄媚自己而不尊朝廷，不尽忠皇上。
多尔衮位宠功高，擅权过甚。豪格虽然镇压张献忠有功于清室，但因在继嗣问题上和他有争，终于在功成返京后，就被他罗织罪名，置之死地。济尔哈朗原和多尔衮同居辅政，被多尔衮逐渐排挤，终被罢其辅政。在排除异己的同时，则任人唯亲。他的同母兄弟阿济格、多铎，都得到重用。尤其对多铎，待之甚厚，顺治四年，封多铎为“辅政叔德豫亲王”，取代了济尔哈朗。多尔衮勉励他说：“汝继予辅政，益加勤勉，斯名誉非小矣。”当时就有人议论他，“凡伊喜悦之人，不应官者滥官；不合伊者滥降”。他又将应贮大内的“信符”（中国古代朝廷颁发有一种传递信息的物品，一般由木雕或铜铸成鱼形，时称“鱼符”、“鱼契”；由于要把传递的信息书写在符上，故又称为“鱼书”。使用此符时，把它剖为两半，双方各执半边鱼符，以备双方符合作为凭信。宋代的时候，为了显示使用者的高贵身份，有以黄金原料制作的鱼符）贮于自己府中，国家大事也基本不向幼帝讲述，完全独断专行。顺治帝后来说：“睿王摄政，朕惟拱手以承祭祀。凡天下国家之事，朕既不预，亦未有向朕详陈者。”所以，多尔衮才是当时实际上的皇帝，以至当他入朝时，出现“诸臣跪迎”的场面。
多尔衮身材细瘦，虬须，素患风疾，入关后病情日重，常常“头昏目涨，体中时复不快”。刚到北京时，又复一度“为疾颇剧”，顺治四年以后，由于风疾加重，跪拜不便，使他时感“几务日繁，疲于应裁”，因而烦躁愤懑，易于动怒，上上下下都怕他，据说就是达官显贵往往也不能直接同他说话，要趁他外出过路时借便谒见。但他始终以全副精神经营清王朝的“大业”，牢牢控制着军国重务。为此他一再令臣下，“章疏都须择切要者以闻”，要求文字简明扼要，不允许有浮泛无据之辞，以免徒费精神。据多尔衮自己说，他之体弱神疲，是由于松山之战时亲自披坚执锐，劳心焦思种下的病根。其实，这和他好声色也有一定关系。他的妻子是博尔济吉特氏，当他的哥哥皇太极死后，顺治五年（1648年），他又将嫂嫂、皇太后博尔济吉特氏娶了过来，这就是当时人称的“皇后下嫁”（此事在历史上尚有争议）；在他的侄子豪格被幽禁死以后，顺治七年（1650年）正月，他又将豪格的妻子博尔济吉特氏也娶了过来；五月，又征朝鲜女成婚。
多尔衮厚自奉养，睿王府宏伟壮丽，甚过帝居。据当时人杨义说：“墨尔根王府飞鸟革，虎踞龙蟠，不唯凌空斗拱与帝座相同，而金碧辉煌，雕镂奇异，尤有过之者。”他还“服皇帝之服装”。由于感到北京暑热，曾下令在古北口外筑避暑城，为此加派钱粮，福临亲政后，才令此工程停止。李自成退出北京时，皇宫曾毁于火，多尔衮命令修复，曾从京外弄来工匠七百名，“俱皆铁锁所系”，举一反三，多尔衮在修建睿王府、避暑城时，工匠的悲惨境遇可想而知。
满洲贵族酷好放鹰围猎，多尔衮亦如此。礼部议定有摄政王出猎的仪礼。顺治二年（1645年），有几个在北京的日本人曾目睹他出猎时的盛大场面，光鹰就有上千只。“街上的人和其他人等都要叩头在地等候他通过”。然而，功高天下的多尔衮并不长寿。顺治七年（1650年）十一月，多尔衮出猎塞外，于十二月初九日（1650年12月31日）病死于喀喇城（今河北滦平），年仅39岁。灵柩回京时，顺治皇帝亲率诸王大臣出城跪迎。顺治发布哀诏，追怀其功德：“昔太宗文皇帝升遐之时，诸王群臣拥戴皇父摄政王。我皇父摄政王坚持推让，扶立朕躬。又平定中原，混一天下，至德丰功，千古无两。不幸于顺治七年十二月初九日戌时以疾上宾，朕心摧痛，率土衔哀，中外丧仪，合依帝礼。”接着，又追尊多尔衮为“懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝”，庙号成宗。追封其元妃为“义皇后”，夫妇一同升祔太庙祭享，即视同一位真正的皇帝，极具哀荣。多尔衮无子，以豫亲王多铎子多尔博为后。
由于多尔衮生前一直处在满洲贵族内部明争暗斗的中心，又专断权威，树敌颇多，死后仅两月，反攻倒算就开始了。下面自有详述。
