十八天后，波拿巴返回巴黎。他的神速的军队活动和所取得的决定性胜利，令人民惊奇赞佩，法国上下举国欢腾，为即将实现的和平欢欣鼓舞，人们自发地举办了一次灯火会来庆祝，并且成群结队到杜伊勒里宫来拜望他。第一执政在获月25日参加了纪念7月14日的庆祝会。军官们呈献了从敌人手中夺得的军旗，波拿巴说：“你们回去后告诉士兵们，说法国人民希望能在共和国成立周年纪念日时宣布和平，在这之前，如果敌人仍旧阻止我们迈向和平，那么你们就再夺一些军旗，作为新的战利品。”实际上，实现和平还需要更长的时间。
在执政初期，第一执政特别注意安定民心，为了减少反对派，他让那些失势的党派进入政府，与那些放弃自己主张的派系和解，并善待他们的首领。在各派追求私利、纲纪松弛的时候，他这样做是很能奏效的。果月18日放逐的人，除了皮什格鲁、维约等几个保王党阴谋分子外都被召回；之后又任用了包括波塔利斯、西梅翁、巴尔贝－马尔布瓦在内的曾经被驱逐的人，这些人反对立宪更甚于反对革命。此外，波拿巴还拉拢了另一类的反对派。依据1800年1月27日的教务专约，旺代叛乱的最后几个头领，如翁热的圣洛本堂司铎、参加过各次暴乱的伯尼埃、夏提荣、多蒂尚、絮扎内等人，也都获得了宽宥。最后，布列塔尼的叛乱头子乔治·卡杜达尔、弗罗泰因拒绝波拿巴的和谈而被处死，至此，西部战事完全结束。
但逃亡到英国的舒安分子明白，除非掌握革命权力的人死掉，否则他们永无指望，因此，密谋刺杀波拿巴。几个舒安分子在法国海岸登陆后隐藏在巴黎。他们打听到雪月3日晚八时，波拿巴将路过圣尼凯斯街前往歌剧院，因此计划在这天实施刺杀。他们将一辆装满炸药的小车挡在路上，让人在接到第一执政走近的信号时就点火。从杜伊勒里宫动身，在经过圣尼凯斯街时，波拿巴的马车夫意识到危险后，十分敏捷地从小车和屋墙之间穿过去，但此时引火线已经点着，马车刚走到街的尽头，就被爆炸声震碎了玻璃。富歇领导的警务机关对这件突如其来的刺杀束手无策，因此就说是民主派的阴谋。第一执政对民主派的厌恶更甚于舒安分子，因此监禁了很多民主派，仅在当夜，就根据元老院一份简单的“元老院决议案”流放了一百三十人。之后，抓捕了实施刺杀的舒安分子，其中几人被判死刑。第一执政便借此机会建立了特别军事法庭，立宪派对此表示反对，并由此开始了他们徒劳无益的激烈反抗。朗热内、格雷古瓦、加拉、朗布雷希、勒努瓦－拉罗什、卡巴尼斯等人，在元老院反对非法流放一百三十名民主派；保民院的伊斯纳尔、多努、谢尼埃、邦雅曼·贡斯坦、巴佑尔、夏扎尔等人，则表达了对建立特别军事法庭的反对。
但光荣的和平让人们很快就忘记了这种越权行为，奥军在马伦哥被波拿巴打败、在霍恩林登被莫罗再次打败后，决定放下武器。1801年1月8日，法国、维也纳宫廷和德意志帝国签订了《吕内维尔和约》，奥地利接受了《康波福米奥和约》的一切条款，承认巴达维亚、黑尔维谢、利古里亚和西沙尔平等共和国的独立，此外还把意大利中部的托斯卡纳让给了巴马公爵之子。随后，共和国在1801年2月18日与那不勒斯国王签订了《佛罗伦萨和约》，得到了厄尔巴岛和皮昂比诺公国；在1801年9月29日与葡萄牙签订了《马德里和约》；在1801年10月8日与俄皇签订了《巴黎和约》；1801年10月9日，又与奥斯曼帝国签订了和约的预备条款。在大陆各国放下武器之后，英国也不得不签订和约，英国政府的皮特、邓达斯和格伦维尔爵士，始终坚持对法国进行流血战争，在英国政府签订和约后，便退出了政府。1802年3月25日，《亚眠和约》的签订标志着普遍和平实现，英国归还了法国的属地，承认法兰西共和国在大陆上所取得的一切，接受了各附属共和国的存在。
第一执政波拿巴的野心
在与英国的海战中，法国海军几乎全军覆没，三百四十艘船舰不是被俘就是被毁，大部分属地也被英国拿走，其中包括最重要的属地圣多明戈。这里的黑人在挣脱白人的枷锁之后，进行了一场革命，希望继续保持对宗主国的自由，法国本应该赞同这次革命，但是波拿巴并未采取稳妥的政策，而是企图以发动远征来使之臣服。黑人最初轻易被打败，但他们凭借气候的有利条件，不断兴起新的起义运动，最终获得独立。在这次灾难性的远征中，波拿巴遭受到双重损失，既折损了一支军队，也失去了有利的贸易往来。
这时，波拿巴的注意力从融合各派系转移到国内繁荣和政权组织方面，之前享有特权的贵族和僧侣再次进入政府，但没有形成特殊的阶级；反对派的教士在经过宣誓表示服从后，便可领取年俸，行使教会职权；此外还赦免了那些流亡的被告。反对势力只剩下国外那些拥护王位僭望者及其家族的人。波拿巴明白：统治国家最可靠的方法是增进福利、促进工业发展、扶植长期停滞的对外贸易。除了政治上的动机，他还有更高的目标：将自己的光荣与共和国的繁荣结合在一起。他快速地组织了各郡的行政，下令增加交通设施设备，开凿运河、开辟港口、建造桥梁、修整道路，以私人利益的保护者和立法者的身份出现在公众面前。
波拿巴统治时期，政治上虽然实行****主义，但司法立法却高于所有的欧洲社会，恢复秩序、建立行政制度等措施使得共和国的面貌在很短时期内得到了改善，文化事业也蓬勃发展。在《亚眠和约》之后，波拿巴奠定了自己的统治基础。
1802年初，为了达到同一个目的，波拿巴同时实施三项重大措施，一是建立各种宗教组织和僧侣阶级，二是利用荣誉军团勋章在军队中建立永久的军人等级制度，三是将自己的职权变为终身制，然后变为世袭制。波拿巴将官署设在杜伊勒里宫，逐渐恢复旧君主政体的典章和仪礼。他采取的取消新闻出版自由、建立特别军事法庭等措施，与革命的原则相去甚远。他清楚地知道，要想实现自己的计划，必须与雾月18日事变的自由派完全断绝关系。在共和十年风月（1802年3月），仅通过元老院的一个简单手续就撤销了一些最具能力的保民院成员，将委员人数减到八十人，立法院的命运也是如此。芽月15日（1802年4月6日），波拿巴便将与教皇签订的《教务专约》提交给两院批准，这个协议规定，国家政权中应有僧侣参加，并且僧侣受国外教皇管辖。波拿巴丝毫不顾及反对者，他事先作好了准备，议院只能服从。
《教务专约》通过后，恢复了礼拜日和四个宗教节日，政府停止实行每十天一个来复日的制度，迈出了废除共和历的第一步。《教务专约》的签字仪式在巴黎圣母院大教堂隆重举行，元老院、立法院、保民院的重要官员都参加了这次盛典。第一执政乘坐着宫廷的马车，带着旧日君主的护从和仪仗前来参加典礼，在礼炮轰鸣声中宣布恢复旧传统、开始极权制度。教皇特使红衣主教卡普拉拉主持了大弥撒。当天晚上，杜伊勒里宫苑举行了灯火会和音乐会，军人们公开表示反对波拿巴的做法，在回宫后，波拿巴问戴尔马将军如何看待这次仪式，戴尔马回答说：“我认为这是一次无聊的宣教仪式，只不过少了一百万人参加，而这一百万人牺牲性命去推翻的，恰恰是您今天恢复的东西。”
共和十年花月15日（1802年5月15日），波拿巴提出了建立荣誉军团勋章的法案。荣誉军团的成员是有终身爵位的人，共分为十五个大队，每个大队又分成不同的等级，每队有七名二等（大校）军官、二十名三等（少校）军官、三十名四等（士官）军官和三百五十名五等（普通）团员，军团长由第一执政担任，所有成员都有年俸。波拿巴的目的是建立一个新的贵族阶级，当参政院讨论这项法案时，他再次表示了自己贵族政治的意图。国家参政官贝利埃对这种与共和精神背道而驰的制度提出反对，第一执政回答说：“这并不是满足虚荣的小玩意儿，这是我们用来引导人们的思想的。说实话，我并不相信法国人民真的喜欢自由和平等，我认为，法国人只有一个感情，那就是荣誉，我必须满足这种感情，给他们以荣誉，请看人民是如何崇拜外国人的骑士勋章的……如果你们认为共和国已经确立，那就大错特错了。我们拥有建立共和国的能力，却还未曾将共和国建立起来。”
