舅舅瓦兹罗德需要哥白尼做他的医生，但首先是做他的顾问和同事。乌卡什主教是一位有学问的人，同时也是一位成熟而富有热情的政治家。
哥白尼留学回来的时候，普鲁士的政治局势正十分复杂。在这种情况下，瓦尔米亚主教区管理人的处境就更加艰难。他管理的地区对波兰来说无论从经济角度还是从战略角度看，都是很重要的。
哥白尼在舅舅身边，除了行医，更多的是处理教务上的事。当时，瓦尔米亚正处于困难时期，一直觊觎瓦尔米亚的十字骑士团正在寻找机会，企图把它攫为己有。
当时瓦尔米亚的内部问题也很复杂。在这种情势下，哥白尼没有多少时间能够安静地从事科学研究工作。他必须为舅舅出谋划策，帮助舅舅解决各种棘手的政治问题、法律问题和经济问题。
瓦尔米亚原属普鲁士的一部分，反对十字骑士团的13年战争结束之后，根据《托伦和约》于1466年并入波兰。
这个地区被称为波属普鲁士，因为它直接受波兰国王管辖，它同普鲁士的东部地区不同。
东部地区先被称做十字骑士团普鲁士，后称普鲁士公国，成为波兰封地。此后又在这块封地上建立起一个强大的普鲁士王国。
但瓦尔米亚仍是一个独特的行政区域，它是普鲁士最大的主教区。十字骑士团从波兰手中夺走了格但斯克沿海地区和库雅约的一部分，并把自己征服的地区划分为四个主教区。
这四个教区是波梅扎尼亚主教区、瓦尔米亚主教区、桑比亚主教区和海乌姆诺主教区。
四位主教每位都只掌管主教区的三分之一地区，其余地区归骑士团所有，而主教的权力也只是宗教性质的。
正因如此，骑士团的骑士们和瓦尔米亚的主教及神甫之间不断发生冲突。
从1479年起，瓦尔米亚的主教同时担任了王国的参议员，向波兰统治者宣誓效忠，所以，瓦尔米亚成了波兰的一部分。
瓦尔米亚像一座半岛一样，三面被十字骑士团国家所包围，来自十字骑士团的威胁明显加剧。
骑士团的大首领弗里德里希·萨斯基破坏《托伦和约》的规定，拒绝向波兰统治者宣誓效忠，并要求把波属普鲁士并入骑士团领地。
这期间罗马—德意志国王、后来的皇帝马克西米连一世企图把格但斯克和埃尔布隆格的司法权和税收权交给德意志帝国掌管。
哥白尼辅佐舅舅管理教务后，才逐渐了解到主教舅舅并不顺心，他处于进退维谷的两难境地。
首先，国王卡齐米日·雅盖隆奇克一直伺机要搞掉他不喜欢的这位主教，而瓦兹罗德舅舅是一位精明的政治家，他从不给国王以可乘之机。
主教继承了自己家族反抗十字骑士团的传统，这样，十字军骑士又对他恨之入骨。
哥白尼同舅舅一道参加了反十字骑士团的活动，这使十字骑士团从哥白尼出现在利兹巴克的头几年就开始注意他了。
威廉·冯·艾森贝格尔在一篇嘲讽瓦尔米亚主教的文章中丝毫也没放过主教的这位外甥。
哥白尼了解了一些教会的秘密后，熟悉了自己以后开展活动的地区，懂得利用自己的阅历和知识来解决宗教事务以及世俗事件。
1504年的新年，哥白尼是伴随舅舅一起度过的，他们参加了在马尔堡市政厅举行的普鲁士各界代表会议。
会议持续了4天，国王的特使参加了会议。特使要求普鲁士各界派使臣到彼得库夫，在1504年1月21日举行议会会议期间向国王宣誓效忠。
时间已经不多了，到彼得库夫去的路程还要花费几天时间。瓦兹罗德主教领导的普鲁士各界还有许多具体事情要做，由于缺少小城镇代表，还要再召开一次扩大的代表会议。
于是在1月18日又在埃尔布隆格召开了一次代表会议，瓦兹罗德主持了这4天会议。这次会议作出了许多对该地区具有重要意义的决定。
时间如流水一般很快流逝，要准备一个代表团到彼得库夫议会去宣誓效忠已经来不及了。于是决定派两名普鲁士贵族作为特使去说明推迟宣誓效忠的原因，并请求国王亲自驾临普鲁士，了解当地的各种急迫问题，实施改革。
随后有两个月，哥白尼参加了紧张的迎接国王的筹备工作。当时的整个普鲁士，甚至整个波兰都注视着哥白尼的故乡托伦，因为国王来访的主要仪式要在那里举行。
1504年3月21日，瓦兹罗德主教从利兹巴克来到托伦。哥白尼如果不是为督办筹备工作提前到了托伦的话，就要陪同舅舅一起去。国王亚历山大·雅盖隆奇克偕夫人海莱娜王后于4月2日来到托伦。
伴随国王和一些杰出政治家巡视波属普鲁士，这使哥白尼有机会直接接触该地区最重大的问题，并了解了他们的解决办法。
这3个月，哥白尼了解了波属普鲁士的重要法律和制度情况，也明确了全国的利益所在。这使他认识到，同波兰保持和加强不可动摇的联系是重要的和必要的。
