克拉科夫大学管理民主，教学严谨。在治学方法上，克拉科夫大学实行的是文理并重，不管是学文还是学理，第一年的新生都必须到文学院注册，先学习一年的文学课程，奠定了必要的文学基础之后，才能选择自己喜欢的专业学习。
哥白尼来到克拉科夫大学之后，首先需要选择的就是自己要学习什么专业。
哥白尼的兴趣广泛，他从小就喜欢各种知识和文学艺术，不管是数学、神学、法学还是天文学，或是音乐、美术、文学等，哥白尼都有着浓厚的兴趣。
当年，哥白尼的父亲遭遇瘟疫死去的时候，他曾经想过要去学习医学当一名医生。年少的他曾经单纯地想到，如果当时社会上有一名医术超群的医生，也许爸爸妈妈就不会死了。
但是哥白尼最喜欢的却是天文学，而卡利玛和先生曾经说过，要想学好天文学，就必须要掌握好数学知识，所以数学也成了哥白尼必须学习的知识。
选择天文学的话，就必须要面对一个十分重要的现实问题，那就是就业问题。在当时，选择天文学的人不少，但是真正能够找到合适工作的人却是少得可怜。
所以哥白尼经过一番权衡之后，决定先研究法学和医学，然后再学习天文学。学习好医学和法学，就能够找到一份不错的工作，解决了生存问题。
这样，再去研究天文学的话，就可以做到无后顾之忧，就能够一心一意安心地实现自己的理想了。
克拉科夫大学十分注意整治校风。学校规定，大学生见到院长要脱帽屈膝致敬。哥白尼开始对学校的严格制度感到惊讶，后来也逐渐习惯了。他见到师长总是脱帽致意，毕恭毕敬。
当时的大学生都住校，可以说是过着半修道院式的生活。当然贵族子弟可以在城里单独租房住，但必须在某位教授的监督之下。
哥白尼和哥哥虽然有能力租赁私人住宅，而且他们的二姐和二姐夫也曾经邀请过他们住在他们家里，但他们还是选择住在学生宿舍里。
在当时，拉丁语是世界性的语言，就如同今天的英语一样，来自全世界的学者在克拉科夫大学交流都是使用拉丁语。有了语种上的优势，哥白尼可以和来自世界的学者们交流。
“哥白尼，你真行，和谁都能打交道。”朋友们俏皮地称赞。
哥白尼只是微微一笑作答。他心里明白，这大概要归功于舅舅经常带他一道去参加社会活动。
克拉科夫大学中人数最多的系是天文学系。克拉科夫大学对于教师的要求也是极高的，只有获得硕士学位和起码教过两年课的，并且是法律、神学或医学这样一些高级系毕业的学生才能成为天文学系的正式教员，从而享有充分的选举权。只有从事教学工作满四年的人才有资格担任该系的主任。系主任一般每半年选举一次，一年选举两次。
新当选的系主任要宣誓遵守学校规章，监督学生认真学习，并把违反学校纪律的学生全部呈报校长。系里的每位讲师必须教授两门课程，即阅读课和练习课。
学生为了能通过期末考试，每天有义务起码上两堂课；为了获得最低的学士学位，起码要用两年时间读完11门课程，尤其是要学会分析亚里士多德的作品。
从综合性大学问世起，亚里士多德的著作就一直被作为大学不变的教材。
在克拉科夫大学，讲授量最多的是亚里士多德的逻辑学，也称作辩证法。要想获得更高学位，譬如硕士学位，必须在38个月内学完亚里士多德的9本著作，如《伦理学》《物理学》和《形而上学》等。
此外，还依据几百年前的教材讲授拉丁文语法和修辞学，教学生掌握异常复杂的教会历法和学会计算日期不固定的宗教节日，譬如复活节和降灵节等。
作为克拉科夫大学的学生，在学习神学和法律学之前必须做的艰苦的准备工作是需要提前掌握天文学、星占学、算术和乐理知识。
这样看来，克拉科夫大学的负担还是很重的，这也是为什么在这所大学只有极少数学生才能坚持到底获得学位的原因。
而哥白尼则凭借着自己顽强的毅力，成为这些坚持到底的学生中最为璀璨的一位。
哥白尼在大学一年级学习了拉丁语、波兰语、意大利语、罗马史、神学、法学、哲学和逻辑学等多门课程，为他后来的研究和写作打下了一个坚实的基础。
尽管在入学的第一天哥白尼就坚定地选定天文学作为自己的研究方向，但是对于学校安排的文学科的课程，他非但没有反感，反而学得很有兴趣。
哥白尼的兴趣广泛，他喜欢诗歌，也喜欢语言艺术。他知道，只有掌握多门语言，才能在今后的学习和研究中排除语言障碍。
在当时，出国留学已经是一种常见的现象。哥白尼的舅舅瓦兹罗德就曾经到意大利留学，获得博士学位。
哥白尼把大学第一年的课程，当成是日后打基础的必备条件。在学习中，他接受了人文主义思想，并且逐渐产生了对传统理论的叛逆心理。
这种心理发展到最后，就成了全面否定托勒密的“地心说”。
到了大学第二年，哥白尼开始了专业课程的学习。他把精力主要放到了数学、天文学、法学和医学等学科身上。
在当时，宗教神学统治世界，学习和研究天文学，目的并不是要研究天体运动的规律，而是为了巩固统治和实际生活需要。
一方面，教会需要天文学家准确地计算所有不同节日在具体年份的准确日期，需要编制日历和从事非常复杂的时间统计工作。另一方面，则是为了培养“占星术士”。
所谓“占星术士”，就是依靠观察形势变化预知祸福的人，他们通常是由王室、高官和军队培养。
有名的占星术士又被称为占星学家。他们对于天体星辰的观察和对祸福的预测，被称为占星术。
绝大多数学习天文学的人，都是希望能够通过掌握占星术而成为国王或者高官们的座上宾，享受功名利禄。
但是哥白尼的目的和他们迥然不同，他纯粹就是为了获得更多的知识。他想要揭开天体运动的真相，想要研究天体运动的规律，而并非将它视为谋生的手段。
1492年，就在哥白尼就读大二的这一年，哥伦布发现了美洲。与这个惊世的地理大发现相映生辉的，则是天文学的进展以及与航海业之间紧密相连的联系。
哥伦布的地理大发现显示了天文学和导航术之间存在着紧密的联系。当哥伦布发现美洲大陆的消息传到克拉科夫之后，世人震惊了，而作为指导哥伦布前进的天文学，也在这一时间以极其快的速度发展了起来。
