康熙一朝发生10多次的文字狱，其中最典型的则是康熙五十年至五十二年的戴名世一案。戴名世，晚年身居故里，整理了记载南明诸王史事的《南山集》一书，不料被人告发为诽谤清廷之书。结果，戴名世被处死，戴氏家族中16岁以上的男子全部被处斩，女子及15岁以下的男子被没为家奴，平时与戴有交往的几百人受到牵连。出于巩固统治的需要，玄烨确实为清王朝笼络了一批人才，而他对汉人的防范也是缜密的。
康熙初年，广大农村满目疮痍，农民不得温饱，国家财政收入入不敷出。于是，康熙采取了一系列措施恢复和发展农业生产。
玄烨曾先后三次明令禁止圈地，并要求将圈占的土地还给农民，使农民能够在自己的土地上安居乐业。
减免了地钱粮，是玄烨为了恢复生产采取的又一项重要措施。康熙二十六年，玄烨第一次下令免去江宁等7府及陕西全省600多万两白银的钱粮，后来又先后减免过其他各省的钱粮，且数额在不断增多。尽管得到减免政策实惠最多的是钱多地广的富户，贫苦农民相比之下获利甚微，但是不能否认，减免在一定程度上减轻了农民的负担，得到了农民的肯定。
清初的赋役制度沿袭明制，随着农业生产的发展和人口的增多，已经不能适应实际情况。康熙五十一年，玄烨对赋役制度进行了重大改革，规定：以康熙五十年的全国丁银数为标准，以后“滋生人丁，永不加赋”。后来，玄烨又在广东试行了“摊了入亩”的征税方法，即把全省丁税全部归入田赋。“地了银”的实行和“摊丁入亩”的采用，在一定程度上改变了赋役不均的现象，使四处流浪的农民，重新回到了土地上来。
治河和漕运都是玄烨十分重视的大事，而漕运的恢复又在于治河的成功，因此，玄烨在兴修水利上倾注了许多心血。玄烨在位期间治理的河流主要是黄河、淮河和运河，尤其注重治理黄河。为根治黄河水患，他任命水利专家靳辅为河道总督，全权负责治河工程。靳辅沿用明人“以堤束水，借水攻沙”的方法，又采用开中河、修堤坡等方法作辅助。一年之后，饱受水患之苦的7个州县的土地便得以重新耕种。后又经过十几年努力。水归故道，漕运畅通。
由于玄烨采取了一系列重农贵粟的措施，因而促进了农业生产的恢复和发展。至康熙末年，耕地面积和人口大幅度增长，国库收入十分充裕，国库存粮达几千万石。
在恢复和发展农业生产的同时，在商业和手工业方面，玄烨提出了“恤商”和“利商便民”的口号。他禁止关津渡口对商人征收名目繁多的杂税，反对官吏克扣勒索商人。他将“不亏行户”定为整饬吏治的标准之一，严厉查处了一批违令的官吏，从而使商业开始恢复和发展起来。
康熙二十三年，玄烨一改清初寸板不许下海的禁令，废止了禁海令。清政府在广东澳门、福建漳州、浙江宁波、江苏云台山四处开设海关，管理往来商船，征收关税。开放海禁30余年，南洋的药材、香料、棉花，西欧的呢绒、自鸣钟、玻璃、仪器源源不断地流入中国，而中国的茶叶、生丝、绸缎、陶瓷也大量输入世界各地。海外贸易的发展，使清政府获得了相当可观的财政收入，促进了东南沿海地区手工业的发展，涌现出来一批如南京、广州、佛山、厦门等新兴的工商业城市，使资本主义的萌芽在这些地区得以发展。
当封建经济发展到一定水平，玄烨认为开海、开矿在政治上的危害远远大于经济利益时，他又做出了禁矿、禁海的决定。康熙五十四年，玄烨以矿产采尽、矿工难以遣散及矿工造反为由，禁止任何人再兴开矿。这样，刚刚发展起来的矿业重新衰落下去，云南的钢产量下降到每年100万斤。康熙五十五年，玄烨又以防止海盗骚扰为由，一概禁止商船前往南洋各地，只允许去东洋贸易。这样，曾经开启的古老帝国的大门，最终又关闭起来，玄烨的功过是非是很明显的。
玄烨爱好读书，一生好学不倦。他所读之书涉猎的范围极广，从中国的四书五经、词章、历算等传统文化到西方的天文、地理、医学、几何等自然科学知识，无不进行研读，尤其注重研究儒家的经典子集。
除了系统研究儒家学说，玄烨对传统中国文化的其他方面也有相当造诣。他能诗善文，写得一手好字，历史知识也很丰富。他的舅父佟国纲出征噶尔丹时战死，撰写祭文的翰林院学士用典不当，而负责审查的翰林院掌院学士也未发现。但玄烨却发现了这一失误，结果两学士受到了重罚。类似的例子在玄烨的一生中比比皆是。
对于自明末始传入中国的西方先进的科学技术，玄烨表现出了极大的关注，对于只要不犯法度而又精通科技的西洋人，都积极加以信用。他任用比利时传教士南怀仁作为自己学习天文和数学的启蒙教师。南怀仁专门为玄烨编写了教材，玄烨从中学到了天文历算的基础知识，了解了当时天文学的最新研究成果，还学会了使用天文仪器。玄烨还曾向法国传教士白晋、张诚学习过几何、代数三角等课程，进步极快。后来，玄烨组织数学家编写《律历渊源》和《数理精蕴》，为传播西方科学技术做出了贡献。
对西医学玄烨也注意留意学习。他曾令传教士们在皇宫内试制了一些西药，并谕旨将这些药装在用白银制成的旅行药壶里，时常作为御药供自己或赐给臣下使用。有一次，玄烨得了疟病，御医们都束手无策，幸亏服用了传教士研制的奎宁才转危为安。从此，玄烨对西药更加信服了。他素来信任的曹寅得了疟病，康熙即派人星夜赶送奎宁。
玄烨对音乐、美术也很感兴趣。根据法国传教士白晋回忆，玄烨曾经学习过西洋乐理，能演奏西洋乐器。他仿效法国科学院，在宫中建立了有画家、雕刻家、制造钟表和天文仪器的工匠等人参加的科学院，还举办过西方美术作品展览。他兴趣高雅，善于识别绘画的不同风格，玄烨博览群书，学而不倦，在封建帝王中可谓是一位博学多才的佼佼者。遗憾的是，他对西方科学文化知识的学习仅仅是停留在个人的爱好阶段，并没有影响到他治理国家的政策，没有对中国的封建史作出什么大的调整。
玄烨自8岁即位至69岁去世，在位长达61年之久。在这60余年的岁月里，玄烨殚精竭虑、勤勉为政，在封建帝王中是非常突出的。他有奏必签，即使深夜得到急报，也要披衣起身批复。因此，玄烨曾经自豪地说：“各处奏折所批朱笔渝旨，皆出朕手，无代书之人。”
有感于明代奢侈亡国的教训，玄烨很注意节约俭省。据史书记载，玄烨在生活上要求极为俭朴，龙袍上必须有补丁，圣履上也要打着包头。满朝文武为了迎合他的心意，纷纷穿起了旧袍旧靴。一时间，京城里出现了不少专卖旧官袍带履的商店来，买卖十分兴隆，旧的价钱比新的要贵几倍。玄烨时宫廷费用与明代相比大大减少。据玄烨自己讲：明代一日之费，可抵今一年之用。这话显然相当夸张，但从另一个角度说明玄烨节约俭省的效果还是很显著的。
玄烨为政极重实效，一贯反对浮夸虚饰。他所提出“满招损，谦受益”的名言，是他反对浮夸虚饰的最好写照。在玄烨60多年的皇帝生涯中，他的臣下曾先后多次请为他上尊号，结果都被他一一拒绝。他曾对臣下说：“无视无听，视乎民生，后人自有公论。若夸耀功德，取一时虚名，大非朕意，不必敷陈。”他还一再拒收朝臣晋献的生日贺礼，他婉言道：我的诞辰，你们这样晋献，各省督抚也一定会仿效，所以我决定不能接受。在他去世前不久，他最后一次拒绝了群臣为他第二年举行“万寿七旬”贺礼的请求。玄烨作为一个封建皇帝，能够在内政外交都取得重大胜利后保持清醒头脑，拒绝臣属的颂扬，使虚饰浮夸之风无以自立，也是非常难能可贵的。
玄烨皇帝虽然大半世雄才大略、勤勉为政，但晚年则保守宽怂，对官吏的贪污行为也不像以前那样严加追究。他曾说：“所谓廉吏者，亦非一文不取之谓。若纤毫无所资给，则居官日用及家人胥吏何以为生。”由于玄烨晚年的放纵，因而就使清朝的吏治一日不如一日，引起了人民群众的反抗。
玄烨晚年，统治阶级内部的斗争日趋尖锐，其中尤以建储一事表现最为突出。玄烨作为一个封建帝王，拥有众多嫔妃。众多的嫔妃又给他生养了众多的子女，仅皇子就有35个之多。众多的子女本来是皇族兴旺的一大标志，但却成了玄烨为之心力交瘁的一大难题。
康熙十四年，21岁的玄烨一改满洲统治者不立储嗣的习惯，采用了汉族统治者的嫡长子皇位继承制度，册立嫡子胤礻乃为太子。十二月，举行了隆重的立储大典，并颁诏天下。当时胤礻乃只有1岁多，因他是中宫孝诚仁皇后所生，所以玄烨舍长立幼。随着胤礻乃年龄的增长，玄烨便派太子师傅开始对他精心培养，既系统给他讲述儒家学说，又教他骑射武功。同时，玄烨还经常带他外出巡行，也曾让他处理过一些政务。玄烨的心愿就是将胤礻乃培养成一个理想的君主。胤礻乃勤学上进，能文能武，只是从小养成了骄纵任性的性格，特别是他的不忠不孝不仁常常使玄烨大为恼火。
到了康熙四十七年，玄烨在去木兰围场秋猎途中，便突然当众宣布废掉时已33岁的太子胤礽。当时诸皇子都已渐渐年长，各自招揽门客，结交权贵，觊觎皇位。早在康熙四十二年，亲附胤礻乃的元老重臣索额图就因“结党妄行”的罪名被幽禁。玄烨认定胤礻乃辜负了自己的谆谆教诲和悉心指教，品行不端，与索额图朋比为奸，不废掉他，自己难免不知今日被毒死，还是明天遭杀害，很可能重演隋文帝的故事。想到这里，玄烨老泪纵横，悲愤欲绝。胤礽被废后，玄烨仍然愤懑不已，连续六昼夜不能安睡。
太子胤礻乃废掉后，并没有使其他的皇子平静下来，相反，诸皇子争当太子的欲望更加强烈起来，活动相对也加剧了。这时，皇八子胤祀积极活动，授意大臣们推举他为太子，受到玄烨斥责。胤礽急不可耐，唯恐玄烨回心转意，复立胤礻乃为太子，便设法谋害胤礻乃。事情败露后，玄烨极为震怒，拔出佩刀想杀死胤祀，幸亏皇五子胤祺在旁边抱住玄烨哀求，这场父子相残的悲剧总算没有发生。随后，胤祀被革去了贝勒的封号。皇长子胤礻是则以巫术诅咒胤礻乃，结果也被玄烨革去王爵，终身监禁。另有其他几位皇子也都在不同程度上参与了这场争斗，结果都受到了惩处。面对这样一种错综复杂的局面，素称圣明的玄烨也难以决断。他痛心地对皇子们说：“等我百年之后，你们必定把我丢在乾清宫内，只顾自己束甲相争去了。”
遍读史书的玄烨对历史上残酷的皇位之争自然洞若观火，他的十几个儿子都很出色，究竟谁堪担当大任，康熙一筹莫展，迟迟拿不出主意。
康熙四十九年三月，玄烨一方面觉得胤礻乃有了悔过的表现，另一方面也想断了诸子争立的念头，复立时已35岁的胤礻乃为太子。事前，玄烨曾当着群臣的面，泪流满面地对胤礻乃提出忠告、鼓励和殷切希望。胤礻乃则当众表示要纠正错误，痛改前非，不记仇，不报复。
胤礻乃复立为太子，未能真正解决皇储矛盾，形势反而愈加严峻。胤礻乃复立后，为保住自己储君的地位，进一步收罗党羽，扩充实力，使皇储之间的矛盾进一步激化。这一切迫使玄烨不得不再度考虑对胤礻乃的去留问题。经过一段时间的深思熟虑，康熙五十一年九月，玄烨以皇太子“行为乖戾”、“大失人心”为由，再次宣布废黜皇太子胤礻乃，并且宣布将其永远禁锢在咸安宫内。六十多岁的玄烨是不比从前了，按理应对立储之事早做安排。但是上书要求立储的事屡遭训斥，有的差点被砍了头。最后他不得不表示：准备在临终前留下传位遗诏，暗立继位人。他晚年最中意的皇子是十四子，他特地任命十四子为抚边大将军，派往西北边垂扭转关系重大的西北战局，以让他建立功绩，提高威望，为继承皇位创造条件。
康熙六十一年十一月十三日，玄烨病逝，享年69岁，庙号圣祖，安葬于遵化马兰峪，名景陵。
玄烨8岁即位，16岁亲政。他北巡51次，六下江南，一生之中不断东巡西察，大部分时间在马上、民间度过，他勤勉为政，外御侵略，内平叛乱，重农贵粟，整饬吏治，虽非开国皇帝，但却用他的文韬武略亲手勾画了清帝国辽阔的版图，实为帝国繁荣局面的开创者，实在是一个很有作为的皇帝，被称为千古一帝，也实不为过。
