元代建国之初，实行军政合一制度，只有万户、千户、百户等统率军队的长官，没有治理政事的长官，攻下城镇后也不派兵镇守。占领中原地区以后，北方汉族地主和金朝官吏纷纷投降，蒙古统治者只好用金朝原来的官职封给他们。耶律楚材为了改变这种状况，提出建议：“地方上应设置官吏统治老百姓，另设万户总管军队，使军政互相遏制，防止独断专行。”窝阔台采纳了。窝阔台还根据他的建议，在中央设立了最高行政机构中书省，任命耶律楚材为中书令(宰相)。
他还利用国家机器统治社会。蒙古统治集团习惯于原来的做法，没有意识到间接统治的功劳。譬如，起初他们只会掠夺财富，而不知道运用国家的权力网络聚敛财富。因为成吉思汗年年征战，顾不上经理中原，官吏们个个贪污巨额财富，而国库空虚得却是“无斗粟尺帛”。有些守旧的蒙古贵族总想用他们过去的方法来进行统治，有个叫别迭的贵族说：“汉人对国家毫无用处，不如把他们统统赶走，使田地长起繁茂的绿草，让我们去放牧。”耶律楚材却对窝阔台说：“大汗即将要出兵进攻金朝，少不了要一大笔资金作为军需之用，如果定下中原的地税、商税，加上盐、酒、铁冶、土产等项收入，每年可得银五十万两，帛八万匹，粟四十余万石，足足可以供应军需，怎么能说汉人对国家没有用呢？”窝阔台抱着试试看的态度对耶律楚材说：“那就让你代我去试着办吧！”这样，元朝开始设立了燕京等十路征收课税使。没多久，十路征收课税使把征收到的金帛和记录仓库收藏谷物的簿籍交给窝阔台。窝阔台高兴极了，对耶律楚材说：“你整天不离我左右，却能使国家财政充足，真了不起！南国的官员中有你这样的人才吗？”楚材回答说都比我强。他时时向大汗讲述“天下虽得之马上，不可以马上治之”的道理，并且开了国朝之用“文臣”儒者的先例。行汉法、用汉人、儒术对统治者来说有直接的效用。比如“儒术攻城”。金国既亡，而只有二十几个州连年攻打不下来，楚材说因为从我国逃出去的人在那里死守城池，若允诺不杀他们，不用攻城他们就投降了。果然，诏令一下，都开门投降。
再如，成吉思汗是用“裂土分民”的分封制来统治各占领地区的。他的儿孙们分封在各个地区；他的弟兄们和他们的后代分封在东部各地；各部的贵族也有封地。窝阔台灭金以后，也把新占领的中原土地和民户分赐给诸王、功臣。耶律楚材竭力反对，他说：“裂土分民会造成许多矛盾。可以把金帛多送一些给诸王功臣，但是不能把大权都交给他们。”窝阔台说：“我已允许了，怎么办？”耶律楚材说：“那就得由朝廷设置官吏来征收分给他们州县的赋税，年终分一点金帛给他们，切勿让他们自行征税。”于是定下了“五户比丝”制(每五户缴纳一斤丝)，分一点“五户丝”给有封地的贵族，而把征税的权利收归中央。
他还特别注意保存人口。大将速不台率领军队进攻金朝京城汴京(现在河南省开封市)，因为城墙坚厚，一直攻不下来，人马死伤很多，他怒气冲冲地向窝阔台报告说：“等城攻破的时候，我要把全城的男女统统杀光。”这样做是符合他们的旧制的。耶律楚材听说后对窝阔台说：“将士打了几十年仗，所要得到的就是土地和人民。得到土地而没有老百姓，这土地有什么用呢？”窝阔台听了，犹豫不决。耶律楚材又说：“手艺很巧的工匠，拥有财富的大户，都集中在汴京城里，如果全部杀了，能得到些什么呢？”窝阔台觉得有道理，就下命令给速不台：“除了金朝皇族以外，其余一概不杀。”当时住在汴京避难的人有一百四十七万，他们的生命得到了挽救。从此，蒙古军队屠城的事儿渐渐减少了。
耶律楚材还常常劝说窝阔台接受儒教，按照孔子和孟子的方法来治理国家。于是，窝阔台就让他选拔儒生担任各级官员，并让他请有名的儒生来给太子和大臣的子孙们讲解儒教的经义。可是有一次，有两个做官的儒生犯了罪，窝阔台就责备耶律楚材，说儒生也犯了罪，可见孔孟之道也不好，耶律楚材说：“三纲五常是圣人的教导，要治理国家就得遵循它，就像天上有太阳和月亮一样。不能因为有一两片云遮挡了太阳和月亮的光芒，就说我们不要太阳、月亮了。难道因为有一两个人有了过失，使万世遵循的孔孟之道在我们这一代废弃了吗？”一席话说得窝阔台口服心服，不禁微笑着点了点头。蒙古族贵族里虽然有贵贱尊卑之分，但是从来没有象中原地区封建王朝那样有严格的君臣之别。窝阔台被选为大汗之后，耶律楚材对察哈台说：“你虽然是大汗的哥哥，但是从地位上讲，你是臣子，应当对大汗行跪拜礼。你带头下拜了，就没有人敢不拜。”于是，察哈台就率领全家和各级长官向大汗窝阔台下拜。从此，蒙古国有了尊汗的下拜礼。
宦官告刁状，窝阔台将楚材拿下了，后来又后悔让人放了他。楚材不肯，他说，我是辅弼重臣，您当初捉我是因为我有罪；现在放我，应当向百官宣布，我是无罪的。怎么能如此轻易、反复。这国家有大事，么办？元初，道教曾经也大兴其时。有一天，两个道士为了争当第一，其中一人勾结宦官和翻译，将对方俩个人私自捉拿虐杀。耶律楚材审理这件案子。宦官告刁状，窝阔台将楚材拿下了，后来又后悔让人放了他。楚材不肯，他说，我是辅弼重臣，您当初捉我是因为我有罪；现在放我，应当向百官宣布，我是无罪的。怎么能如此轻易、反复，如同戏弄小孩子一样。这样，国家有大事，将怎么办？在场的人大惊失色。窝阔台反复安慰他，他趁势上《时务十策》：信赏罚、正名分、给俸禄、封功臣、考殿最、均科差、汰工匠、务农桑、定土共、制漕运。皇帝答应了。尽管他为窝阔台登基起了至关重要的作用，《元史》本传说是他劝服了察哈台，领头拜新君，有些书中说是他劝服了拖雷支持窝阔台。然而，现在发生就这么一点小事就把他拿下了，可见他在当时处境也没有什么保障。他死后，有人告状说他在位太久，天下的贡赋，大半进了他家。当时主政的皇后，窝阔台的妻子乃马真后还派人去侦察，结果发现他家里只有些乐器、书画金石和遗文数千卷。派人去侦察，从另一个角度而言，说明了元统治者主子的昏聩、儿戏般的轻率和对楚材的不信任。
耶律楚材做的事多得不可描述，这几件仅仅是摄取了他在当初汉化路上的大致内容和艰难历程的片断。在蒙古贵族尚且朝夕为囚的环境中，他能够成为三朝老臣，有惊无险的寿终正寝，说明他是有着高超的驾驭政治这门艺术水平的，他是“相”而不仅仅是一个“士”，是一个政治家型的知识分子。元统治者全面采用汉族原有的封建统治方式，那是忽必烈做皇帝时候的事。
一代大儒魂眠瓮山
耶律楚材不愧为“治天下匠”，为元朝的发展作出了重要贡献。但是，窝阔台去世以后，他的妻子乃马真氏监国，耶律楚材就不再被重用了。公元1244年，元朝一代贤相、开国元勋耶律楚材病逝于蒙古高原，他辅佐成吉思汗和窝阔台治理国家二十七年。朝廷为纪念这位对元朝做出巨大贡献的杰出人物，特意在京都西郊瓮山一带为耶律楚材专设祠堂，以示隆重。为什么会选择这个地方来安葬耶律楚材呢？原来这里面还流传一段故事，昆明湖的故事。
传说在辽、金时代，瓮山是座光秃秃的小山，山顶上有一座孤零零的小庙，庙里只有一个谁都不知有多大年纪的老和尚。
后来，成吉思汗带兵打到了当时的北京。开始，他驻在海淀一带。一天，成吉思汗带着文武大臣到西山打猎，耶律楚材一眼就看中了瓮山，他请成吉思汗把人马扎在瓮山脚下，然后一起来到山顶庙内。庙里的老和尚见了人只是打个问讯，就站在了一旁。成吉思汗问他有多大年纪，回答说耳聋；问他此山叫什么名字，回答还是说耳聋。几句话气得成吉思汗暴跳如雷，他从腰中抽出宝剑就要杀老和尚。耶律楚材在一旁急忙劝止住，还用眼色暗示成吉思汗说：此僧不可侮。又偷偷派人传令把个瓮山围得风雨不透。事情办好，君臣们就在离小庙不远的地方支起几座牛皮大帐，住了下来。
天交三更了，成吉思汗与耶律楚材还在谈天，忽然一个小校进了帐篷，跪奏道：“启禀可汗爷，庙里老和尚到这时还没安歇，只是抱着一个小石瓮，嘴里念念有词，一个劲儿地流眼泪。不知为什么？”耶律楚材听了微微一笑，说道：“你们如此细心，很好。但决不可惊动他！若有新消息，速报知我。快快去吧！”小校走后，君臣二人睡下不久，只听一声山崩地裂的巨响，接着眼前金花乱飞，帐篷外又是一阵大乱。刚才负责监视老和尚的小校急忙跑到成吉思汗的帐下，一脸惊慌神色，汗流不止，半天才说清楚：原来，天交五更的时候，老和尚跌跌撞撞地出了小庙的门，怀里死死抱着那个石瓮，众兵丁上前阻拦，谁知老和尚力气大得很，几十个人都没能挡得住，他三步两步就跑到山崖下，纵身一跳，连人带石瓮都飞了起来，等再落地，只听一声巨响就不见了踪迹，山脚下却涌出一道滚滚的清泉。成吉思汗和耶律楚材赶快披衣来到山下观看，果如兵丁所奏：原来的一块大平地转眼成了汪洋，绿波滚滚，浪花飞溅。成吉思汗高兴了，随即传令就在这儿修造宫殿，这个湖就被称作瓮山泊了。
耶律楚材心里明白，瓮山实际是座金山，那石瓮是个宝贝，庙里的老和尚是财神转世。他知道成吉思汗刚刚打到北京，国库一定空虚，因此想把石瓮夺来献给成吉思汗，好立个大功。没想到老和尚不买他的账，趁他未下手之前把一瓮盖世的珍宝全都倒在瓮山之下，化为滚滚清流。
后来，耶律楚材病危，他对继位当了元太宗的窝阔台说：“臣有一事恳求万岁，我死之后，请将我葬在瓮山泊旁。我一是喜欢那里的美景，二是满湖的珠宝必须有人日夜看守，让臣死后也为万岁效犬马之劳吧！”窝阔台果然答应了。后来他死后埋在瓮山泊旁。
元朝灭亡以后，对蒙古族统治者怀有深刻仇恨的当地百姓将耶律楚材的墓地和祠堂彻底毁坏，祠堂庭院中的那尊石人也被推倒砸坏。传说数十年以后，有一个夏天的晚上，一些萤火虫落在被推倒的石人的脸上，偶然看到这一景象的人以为是石人的眼睛会在夜里发光，于是便将这一奇事传扬开去，不料一传十，十传百，关于“石人晚上两艮能发光”、“石人一到晚上就变成了活人”之类的子虚乌有被宣扬得满天飞。当地一些人认为这是凶灾的象征，大为不安，于是将石人推入水中。直到1750年，乾隆在修建清漪园(今颐和同)时，发现这里是耶律楚材墓的旧址。乾隆出于对耶律楚材在历史上所做贡献的充分肯定，决定在原处恢复墓地与祠堂，并将祠堂圈入御园，那尊石人也因此得以重见天日。耶律楚材的墓地，位于今天的颐和园内，昆明湖的东岸，1984年对游人开放。
斐然文采青史流芳
耶律楚材还是一位有名的学者，他的诗文集《湛然居士集》流传至今。由于耶律楚材“西游”及东归均经天山北麓，故而在《西游录》中对新疆境内的自然景观及人文地理也有不少的精彩描述。另外，耶律楚材对于天山(元代称阴山)的雄奇秀美，也给我们留下了脍炙人口的多首《过阴山》，描绘了赛里木湖、果子沟、伊犁河的壮丽风光。如：
百里镜湖山顶山，旦暮云烟浮气象。山南山北多幽绝，几派飞泉练千丈。大河西注波无穷，千岩万壑皆会同。
我们从《元史》和《元诗》中可以感受到耶律楚材在政权更替的元初的幸运和不可或缺，他是历史上少数投降而未蒙受骂名的人物。客观上是因为他在历史上的贡献，使后人只恨像他这样的“文明帝师”实在太少了。曾经与楚材共事的宋子贞说他所提的建议能够实施者，“十不能三”，但是即使这样，天下人已经普遍受他的恩泽了，倘若没有他，历史或许会重写，因为那个年代是重新确立社会关系的大变化的年代，而且南北政治文化不同，主理朝廷的人语言不通、趋向不同，耶律楚材能够以其本身的影响和职权护卫天理、振兴纲纪、抚恤百姓，奋袂直前，力行不顾，以一个深受了儒家思想影响的帝师，为推进元代文明进程和社会政治经济发展做了不朽的贡献。
