该法第３条规定：“自大理院以下各审判厅、局，均分民事刑事二类为审判事”，明确了民刑分立原则。第六条强调：“自大理院以下及本院直辖各审判厅局，关于司法裁判，全然不受行政衙门干涉，以重国家司法独立大权，而保人民身体财产”，确立了司法权独立的原则。
又第九条“大理院、京师高等审判厅、城内外地方审判厅，均为合议审判，以数人审判官充之”，肯定了合议制。而“至诚谳局，不妨以单独之一人审判官充之”。此外，第１２条载：“凡大理寺院以下审判厅局，均须设有检察官。其检察局附属该衙署之内。检察官于刑事有提起公诉之责，检察官可请求用正当之法律。检察官监视判决后正当施行”，从而肯定了对公诉及审判监督机制的引进。
１９０７年９月，修订法律馆为适应各地方推行四级审判制的需要，又在暂定施行于京师地区的《大理院审判编制法》的基础上，编成《法院编制法》并奏呈。到１９１０年２月７日，经宪政编查馆两年多的核议，我国最早的一部全国性的法院组织法《法院编制法》颁布。清王朝下谕内阁，对法部与大理院的职责分工、各级审判厅的筹备、法官的选任及其职权的行使、宗室案件的处理等四个重要问题，作了强调与说明。
首先，在法部与大理院的职责分工上，要求“责任乃无诿卸，亦不得互越范围”，“所有司法之行政事务，着法部认真督理，审判事务着大理院以下审判各衙门各按国家法律审理。以前部院权限未清之处，即着遵照此次奏定各节，切实划分”；其次，在各级审判厅的筹备上，“其应钦遵逐年筹备事宜清单，筹办各级审判厅。并责成法部会同各省督抚，督率提法司切实筹设。应需司法经费，着该部分同度支部随时安筹规划，以期早日观成”；第三，在法官的选任及其职权的行使上，认为“考用法官，尤关重要”，要求“该部堂官务须破除情面，振奋精神，钦奠定章举办”。在独立审判上，承诺“各审判衙门，朝廷既予以独立执法之权，行政各官即不准违法干涉”，勉励审判官吏“格守国法，听断公平”。如果“不知检束，或犯有赃私各款，一经觉察，必当按律治罪，以示惩儆而维法纪”。第四，对于宗室案件，则“着另订细则办法奏明请旨”。
《法院编制法》共１６章，规定了“机体之设备，审级之制度，官吏之执掌，监督之权限”。第一章审判衙门通则，重申四级终审制，民刑诉讼及军法审判分理。采用三审终审制、独任制和合议制等原则；第二、三、四、五章分别规制了初级审判厅、地方审判厅、高等审判厅及大理院；第五章除规定大理院组织各级审判衙门开展审判业务外，尚明确大理院卿的法令解释权；第六、七、八章分别规定了司法年度及分配事务；法庭之开闭及秩序；审判衙门之用语等事项。第九章对判断的评议及决议作了较周密的规定，确立了“秘密评议”及“判断之决议以过半数之意见定之”的两大原则。第十章对检察厅的设立、权限及相对审判衙门的独立性等内容；第十二章对推事及检察官的任用标准、程序及职责等问题作了详尽规定；第十三、十四章则对审判中的书记官、翻译官及承发吏等辅助人员作出说明与规范。第十五章强调了审检各级机关之间在法律上的相互辅助。第十六章对司法行政监督权作了重点说明。
该法第１６４条就施行期间明确规定：“本法自颁行后，各省应遵照逐年筹备事宜清单所定年限，一体施行。”而据筹备事宜清单安排，从“筹办各省省城及商埠等处各级审判厅”到“乡镇初级审判厅一律成立”，尚须８年。未等清王朝全面推行《法院编制法》，辛亥革命即爆发，该法后为民国援用，直到１９３２年国民政府颁行了新的《法院编制法》为止。
（四）民刑分立——《大清刑事诉讼律草案》的单独制定
《大清刑事民事诉讼法》虽被搁置，但刑事诉讼法和民事诉讼法的修订编纂仍然列入《钦定逐年筹备事宜清单》，沈家本也并没有就此放弃。根据修订法律馆的分工，在日本刑事法学家冈田朝太郎的帮助下，经过近３年的努力，至１９１１年１月２４日，《大清刑事诉讼律草案》编成并奏呈朝廷。该草案共６编５１５条，从其立法者意旨和篇章体例看，草案基本模仿日本１８９０年刑诉法而成，只是将预审处分纳入侦查处分之中。与传统诉讼制度相比，其内容的主要变化有：
追诉由当事人进行，审判官超然于原、被告之外；对犯罪提起公诉的权力专属于代表国家的检察官；确立自由心证、直接审理、言辞辩论原则以发现案件真实；赋予被告人聘请辩护人的权利，辩护人有权为进行法庭辩论搜集有利于被告人的证据；审判公开；当事人对案件没有处分权，检察官也不得任意放弃起诉权，不允许和解；法官为判断被告人是否有罪，有权干涉、调查一切必要事宜而不受当事人辩论意见的约束；三审终审制度。其中第四编专门规定了再理程序，下设再诉、再审、非常上告等３章，这是中国历史上第一次规定刑事再审制度。
清末修律时制定的刑事诉讼法虽然未能颁行，但其在当时及后世的影响是非常重大而深刻的。在诉讼模式上，该草案排斥了传统的纠问式诉讼而采纳告劾程式；在法律原则上，采纳和借鉴了西方资本主义国家的罪刑法定、审判公开、自由心证等刑事诉讼原则，有利地冲击了封建法律的专制主义和特权、宗法等级制度，极大改变了中国法律的传统精神；在法律编纂上，打破了中国古代主要法典编纂形式“诸法合体，民刑不分”的旧格局，为中国近代刑事诉讼制度取法大陆法系奠定了坚实的基础。
整体来说，“新法新律的出现结束了中华法系时代。它在旧律与社会脱节的时代里落地，然而它又与当时的社会不能完全衔接。中国法律就是在这样的矛盾中，极为沉重地迈出了近代化的关键一步”。
二、北洋时期《刑事诉讼条例》的颁布与实施
尽管因清末帝制的废除而使刑事诉讼法草案未能颁行，但它仍为民国时期的南京临时政府和北洋军阀政府奠定了基础并为其长期援用。
１９１２年１月１日，南京临时政府成立，孙中山就任临时大总统，中国进入了中华民国时期。１９１２年１月５日，孙中山以临时大总统名义发表对外宣言，其中第八项为：“吾人当更张法律，改定民刑商法及采矿规则，改良财政，除工商各业种种之限制，并许外人以信教之自由。”表明了全面修订法律的计划。但由于局势复杂，时间紧迫，制定新的法典又远非易事，故南北和议达成之后，孙中山于解职前夕，采纳司法总长伍廷芳的建议，向参议院提出了有条件援用包括刑事诉讼法草案在内的清末法律的咨文。
因此，除了吸收西方的一些宪法原则和对清末法律的部分援用外，南京临时政府当时还无暇顾及包括刑事诉讼法在内的各个部门法的修订。但是，《中华民国临时政府组织大纲》和《中华民国临时约法》以及临时政府草拟的《中央裁判所官职令草案》、《律师法草案》等法律法规，确定了刑事诉讼法的一些基本制度。例如，法院由临时大总统及司法总长分别任命的法官组成；法院的编制及法官的资格由法律规定；法院审判民事、刑事诉讼案件必须依照法律进行；主张慎选法官，采用陪审、辩护等制度；法院审判案件，除认为妨害社会安宁秩序外，应当公开进行；法官独立审判，不受上级官厅的干涉；法官在任职期间不得减俸或转职，非依法律受刑罚宣告或应免职之罚戒处分，不得解职；法官的惩戒条件由法律规定。上述诉讼原则和制度虽然因南京临时政府的迅即被取代而未能贯彻，但由于其在根本上同封建法制划清了界限，其历史进步意义是无可置疑的。
１９１２年４月５日，取得临时大总统职位的袁世凯将政府迁往北京，开始了北洋政府的统治时期。袁世凯上台伊始，即下令“暂行援用”清末的法律，参议院还议决：“所有前清时规定之《法院编制法》、《商律》、《违警律》，及宣统三年颁布之《新刑律》、《刑事民事诉讼法草案》，并先后颁布之《禁烟条例》、《国籍条例》等，除与民主国体抵触之处，应行废止外，其余均准暂时适用。”同时，北洋政府成立后，便立即成立了“法典编纂会”，由临时政府法制局局长兼任会长，并设编纂员、调查员若干人，开展民刑诉讼法等法律的草拟与制订工作。１９１４年２月，袁世凯下令裁撤“法典编纂会”，成立“法律编查会”，隶属司法部，以司法总长为会长，并聘任副会长及编查顾问若干人，作为专门的起草法律的机关。１９１８年４月，又改设“修订法律馆”，设总裁、副总裁、总纂、纂修、调查等若干人员，继续修订法律，“形成辛亥革命后民国政府第一次大规模的立法高潮”，“为规范社会、发展经济提供了有利的条件，也为中国法律近代化创造了良好的基础”。但恰如杨鸿烈所言：“民国时代编纂法典，不过完成清代未竟之业而已。”在刑事诉讼法律方面，其继承程度更是明显，甚至对有关章节进行了长达十年的援用：民国元年（１９１２年）四月七日，司法部呈准政府暂行援用清末刑诉律草案第一编中关于事物管辖、土地管辖与管辖指定及移转等规定共计２７条，并于五月十二日刊发各审判衙门遵照；民国四年（１９１５年）八月十九日，司法部以遇有应行请求再审及提起非常上告之案件，无相当法令可资适用，特呈经政府核准暂行援用草案第四编，并以部令通行遵照；民国七年（１９１８年）五月二十五日，司法部又呈经政府核准暂行援用草案执行编共计３９条；民国八年（１９１９年）四月十八日，司法部为保证审判的公平，再次呈准颁行草案第一编中有关回避的规定。
北洋政府时期，政局极度不稳，社会动荡剧烈，混乱无序的局面不幸为康氏所言中：“共和是共争共乱，自由是自死自亡”。自１９１６年袁世凯病逝，皖系军阀控制北京政府后，国内政治形势更加错综复杂，既有地方军阀割据，又有南北政府的对立。民国十年（１９２１年），南方的广州军政府鉴于刑事诉讼法规的庞杂和适用的困难，遂将清末刑诉律草案中与《临时约法》及现行法令抵触的各条，分别删除修正，于三月二日明令公布。同年四月十三日，又公布了《刑事诉讼律施行细则》７条，规定“自公布后２个月施行”。正如谢振民所言：“吾国之有正式《刑事诉讼法》，盖自此始。”但其施行区域，也只是在西南几省。此时，北京政府的修订法律馆已编成《刑事诉讼法草案》，司法部改称《刑事诉讼条例》，并拟具《刑事诉讼条例施行条例》１３条。当时，正值收回被沙皇俄国占领的东省特别法院区域，北京政府遂定于民国十一年一月一日（１９２２年１月１日）起，先在东省特别法院区域施行；自十一年七月一日起，全国各法院一律施行。但早在条例颁行之前的民国十年（１９２１年）三月二日，广东军政府将清末刑事诉讼律草案加以修正，同年四月十三日，公布了《刑事诉讼律施行细则》，五月二十五日加以修正，次第施行于各省。因此，《刑事诉讼条例施行条例》实际上只施行于北京政府直接统治下的各省，西南各省施行的却是广州军政府制定的《刑事诉讼律》。直到１９２８年７月２８日，随着南京国民政府的《中华民国刑事诉讼法》法典的正式颁布实施，这种局面才得到较大改观，清末“法理派”的正式颁行一部诉讼法典的改革夙愿才得以真正实现。
从清末诉讼观的转型，到２０世纪３０年代近代诉讼部门法的建立，诉讼法典的出台历经了风风雨雨几十年的艰辛和磨难。曾经揭开清末“礼法之争”序幕的诉讼法草案，经过长达几十年的痛苦“难产期”，终于艰难地脱离诸法合体的母体，降临世间，为中西法律文化的冲突暂时划上了一个句号。反观同时期与中国相仿、有着长期的实体与程序不分传统的日本，在引入欧陆法律进行刑事诉讼制度改革之初，虽没有产生类似民法论争的抗拒场面，但日本社会既与法、德国不同，对于继受的法律无法适应，亦达相当时间。旧刑律及治罪法（即后来的刑事诉讼法），于明治十五年（１８８２年）一月一日施行后一年多，并未获得当时守旧派人士的好感，他们对这两个欧陆泊来的新型刑事法典提出种种非难，主张将其全面废弃，回复到“新律纲领”及“改定律例”。但与中国不同的是，这些意见在当时的日本遭到极大反驳，明治政府及立法机关，认为其显有“时代错误”之弊，并未予以采纳。因此，其刑事诉讼法律在近代化之初所遭遇的阻力，要比中国小得多。由此看来，在法律近代化进程中，在中、日这样的“晚发”、“被动”型国家里，方向选定之后，政府强有力的支持便成为推动改革顺利进行的一个关键因素。
