随着反洋教运动的发展，封建统治阶级逐渐地退出了反洋教的行列，人民群众也逐渐觉醒并认识到：每一次反洋教斗争都是以清政府对人民的残酷镇压及对帝国主义者的赔偿道歉而告终。洋教和帝国主义是紧密联系的。因而，他们自觉地把宗教和民族问题联系在一起；自发地把反对教会侵略和反对列强瓜分逐步结合起来。反洋教运动日趋激烈，反洋教斗争一呼百应，如星火燎原一般，规模也越来越大了。
人民群众勇敢地起来反抗外国侵略，抗击帝国主义列强瓜分中国的阴谋，驱逐深入内地的披着宗教外衣的帝国主义分子。
在山东曹县，大刀会首领刘士瑞率领当地人民攻击教堂，驱逐洋人，其声势浩大，影响及于鲁西南和江苏的丰县、沛县、肖县、砀山等地。
在巨野县，当地人民于1897年11月攻打磨盘张庄德国天主教堂，杀死德国传教士2人。济宁、寿张、荷泽、成武等地的大刀会纷纷响应，斗争此起彼伏。
1898年，广西天地会起义，一度攻占郁林等地，并发出檄文揭露教会罪行，要求官民一致对外，洗雪国耻。
同年，在山东郯城神山和沂州、日照、兰山等地也爆发了大小武装起义十多次。德国从青岛派兵到沂州，勾结当地官吏，共同镇压了这些斗争。
在“巨野教案”发生后，德国也像先前的其他列强一样，以此教案为借口，悍然发动了对中国的武装进犯。他们借传教士的尸首，从事讹诈，出兵占领胶州湾，又逼迫清政府惩办“凶手”，将山东巡抚李秉衡革职，赔偿教堂“损失”22. 5万两白银。继德国之后，俄、英、法各国纷纷割取中国港湾、划分势力范围。
严重的形势迫使中国人民的爱国精神发扬起来，团结御侮。全国各地更进一步掀起了反割据、反瓜分以扶清灭洋，除教安民的火热斗争。
1898年6月，四川大足县龙水镇人余栋臣率众起义，发布檄文，痛斥列强“既占上海，又割台湾”的罪行，指出了“当今胶州湾立埠，国土欲瓜分”的严重危机，号召“顺清灭洋”，“除教安民”。起义军辗转30余州县，捣毁教堂20余处，很快控制了周围百里的地方。但因无统一领导和清政府的围剿失败了。事后清政府向侵略者“赔偿白银118. 61万两”结案。
1898年德国强占胶州湾后，全国各地，人心恟恟，“仇洋灭教”成为当时最动人，最有力的口号。
在贵州，遵义府仁怀县会党竖旗起义，攻入县城，捣毁行署，火烧教堂及教民房屋。
在湖南，长沙、湘潭、武陵人民极力抵制教士设堂传教，并约期攻打“洋人”。善化、长沙两县所颁布的“保护洋人”的告示，被群众“挖补”改为“有能杀一洋人而偿银二百元”。武陵县群众火烧教士书册、衣物、船只。
在福建，建瓯县居民抗议教会育婴堂虐杀婴儿，将教堂捣毁。
在浙江海门，人们手执枪炮器械，将教堂团团围住，捣毁教堂，痛打教士。反洋教斗争得到台州、乐清、临海等府县人民的热烈响应和支持，形成了声势浩大的群众反帝运动。在斗争中，他们曾提出了“护国灭教”，“保清灭洋”的口号，与北方“扶清灭洋”，四川“顺清灭洋”的口号联成一气。
在北方各省，酷爱自由，富有革命传统的广大人民中，一直有像金丹八卦教、如意教、大乘教、义和门、大刀会等秘密或公开的反清团体在进行着斗争。在义和团运动前夕，由于洋教势力和封建势力的压榨，生产力遭到严重破坏，农民为了反抗这种剥削，广泛组织了大刀会、义和拳等组织，掀起了全国闻名的义和拳、义和团运动。这个运动表达了广大人民群众的一致要求和迫切愿望，因此它首先在民族矛盾、阶级矛盾特别尖锐的山东爆发，并迅速地在全省发展起来。后来配合直隶等地的义和团力量，形成了一股强大的革命洪流，席卷华北，波及全国，沉重地打击了帝国主义侵略的嚣张气焰。
近代史上的反洋教运动，是帝国主义进行经济、政治、文化侵略的必然产物。对于帝国主义的侵略政策，除了极少数卖国的统治者外，广大爱国的中国人民是深恶痛绝的。
中国人民的反洋教运动，都是随着帝国主义对中国的侵略的加深而扩大的。传教士作为西方列强侵略中国的工具，一开始就侵犯了中国人民的民族自尊和经济利益，他们无法无天、无恶不作，很快就暴露了自己的丑恶嘴脸；他们在“劝人为善”的掩饰下，侵犯中国人民的利益；他们强迫人民改变信仰，霸占土地，掠夺财富，干涉中国内政，侵犯中国主权，包庇教民，践踏人权；他们想方设法渗透到内地，搜集中国政治、经济、文化等方面的情报，积极充当殖民统治者对外侵略扩张的开拓者，给中国人民带来了极大灾难。中国人民为了维护民族的尊严、为了保卫祖国的安全、为了反抗帝国主义利用宗教从事侵略活动，奋不顾身地与侵略者展开了殊死的、持续的搏斗。
近代中国的反洋教运动，此起彼伏，前赴后继，几乎连年不断。发生斗争的地区，北自黑龙江，南至广东，东起沿海，西迄边鄙，几乎遍及全国。参加斗争的群众非常广泛，有城乡劳动人民、流氓无产者、兵丁吏役、以及封建官员、地主士绅等等，几乎包括社会各阶层。
随着反洋教运动的发展和进一步深入，人民反对的目标已不仅仅限于教会、教堂及传教士和教民了。由于逐渐地认识到了“洋教”和殖民主义的关系，反对的目标扩大了，包括了所有的帝国主义分子。这使反洋教运动进入一个崭新的阶段。人民在斗争中，一方面打击了帝国主义侵略者，同时也教育了自己，显示了中国人民的伟大力量。这种斗争性质的转变，表明了中国人民已逐渐由自发性的反洋教斗争转变成了自觉性的反帝斗争。但毋庸讳言，它仍然带有一定的局限性。
到了19世纪末，由于中国社会半殖民地化的迅速加深，中国封建统治者死心塌地地投靠了帝国主义，实行了可耻的投降卖国政策。所以，人民的每一次反洋教运动，都是以清朝统治者对人民的残酷镇压、对帝国主义者的赔偿道歉而告终。为了顺从侵略者的“惩凶、赔款”的要求，清政府在每一次教案发生后，都给帝国主义以大量的赔款，惩办了大批无辜的百姓。清政府实行这种政策的结果，都是促进了中国广大人民的进一步觉醒，从而使他们走向了推翻清政府统治的道路。
反洋教运动，显示了中国人民充沛的爱国热情和坚强的革命毅力，显示了中华民族无限蓬勃的生气。它打击了帝国主义和清朝统治，戳穿了所谓“同治中兴”和“中外和好”的无耻骗局，给全国人民进行了广泛的深入的爱国主义教育，动员了千百万人民起来战斗。
义和团运动是反洋教运动的最高潮，反洋教斗争始终贯穿于义和团运动之中。义和团运动的革命洪流，是由数以千次涓涓滴滴的反洋教斗争汇合而成的。义和团运动是全国性的大教案。
反洋教运动，沉重地打击了帝国主义侵略者，传教士在哪里进行侵略活动，人们就在哪里进行反洋教斗争，并且遍及于整个中国。从19世纪60年代到90年代这一段时期，每次反洋教斗争几乎都捣毁了传教士进行侵略活动的大本营——教堂，或赶走传教士。这种斗争打击了传教士的反动气焰，打击了帝国主义的侵略势力，在一定程度上起了抵制帝国主义侵略势力向中国内部地区进行渗透的作用。在全国各地的反洋教斗争和后来北方义和团运动的打击下，侵略者认识到了中国人民的力量，不得不使传教士在华的侵略活动有所收敛。当时英国外务相对传教士说，以后传教，不必过于踊跃，要小心谨慎。
但是，反洋教运动基本上是农民自发的反帝爱国运动，它不可避免地带有某些落后的成份。例如，斗争往往带有笼统的“排外主义”色彩。凡是与外国有关的，一概反对。这种情况，反映了当时中国人对帝国主义联合中国买办阶级和封建阶级以压榨中国人民大众的实质的认识正处于表向的感性的认识阶段；而进到理性的认识阶段，看出了帝国主义内部和外部的各种矛盾，并看出了帝国主义这种认识是从1919年五四运动前后才开始的。
人民群众在对外立场上和清朝统治者日益显现了尖锐的对立，认识到爱国必须革命。20世纪初年，清朝朝廷已如风中之烛，朝不保夕了。
