1838年6月，54岁的姚莹渡海抵台湾。这是他第三次入台，较之首次的为知县，再次的为府幕，自然是今非昔比。现在，他以台湾最高文官的身分，是可重展才具，有所表现。虽早已年过半百，但他却充满信心。
虽说故地重游，但一别十三载，台湾的情形也发生了一定的变化，危机较前更深，治安状况也比以前恶化。姚莹在《与毛生甫书》中，总结当时的形势是：由于1826年的闽、粤兵械斗、1832的张丙起义，两次动用大量兵力，1834年、1836年的两次所谓“乱民再扰”，台湾已是元气大伤，矛盾重重。具体表现为五困一忧：
第一困是：因为一些地方官员，对百姓的疾苦不闻不问，引起百姓不满。如修城、建仓等设施，动不动就向民间进行攫括，百姓不堪忍受。有时地方政府名义上借钱，到时不还。久而久之，失去民心。
第二困是：当时台湾人主食是吃地瓜，种植大米是为了买卖，不维持生活。台湾虽然连年丰收，因商业活动不畅，有米卖不出去。因此，当地居民生活困苦，盗贼日益增多。
第三困是：地方政府的开支，全靠百姓交纳正税及杂税。现在百姓生活都十分困难，税收就更无法保证了。
第四困是：几次事件虽然平定下去，但响应者一万多人，分散在民间，随时都可能聚众闹事，五六年来，抢劫不断。追捕闹事者，全仗悬赏、购线（线，指应雇充侦缉者）。破获一案，耗费数百金，而每年就有几十件案子，所需费用极大。
第五困是：军费开支很大，难以承受。
所谓一优，就是当初从乱而今散于民间者，现在都是无业游民。管紧了他们就要造反；放任不管，他们就抢劫。一旦处理不当，必将酿成叛乱。
根据这五困一忧，姚莹的处境极为严竣。因此他到任后，日夜不能安眠入睡。针对这种现实情况，姚莹仍本着既往的宗旨与经验，因时制宜，加以变通开展了一系列工作：
首先是协调与总兵的关系。
台湾镇总兵与分巡台湾道，是在台文武官员之首。总兵多出身行伍，有的根本不识字，但因既往战阵立功，官品又高于道，每每看不起道，甚至对其不耐烦。道则多因总兵粗鲁强悍，或轻视之，或敬避之，以致通气较少，意见不合。镇、道不和，已为常事。姚莹熟悉台湾事务，早有前车之鉴，因而特别注意与总兵达洪阿搞好关系。
达洪阿，字厚庵，富察氏，镶黄旗满洲人。历任侍卫、都司、副将，1834年升贵州威宁镇总兵，后调漳浦镇总兵。1835年调台湾镇总兵，1840年赏加提督衔。姚莹后来在《谢胡观察赠舟资》诗自注中说：“达厚庵为台镇，人皆畏其骄悍。余初至，亦见龃龌。二年，一以诚待之。一旦，诸谢请盟曰：武人不学，为君姑容久矣，愧悔无及。自后，台事惟君是听。死生祸福，愿与共之。”故姚莹诗有“悍将真寻共死盟”之句，以记二人的交谊。
两年，便由不无龃龌变为共死生祸福之交，足见姚莹待之以诚的成功。姚莹在《东漠奏稿自叙》中，就其与达洪阿联名奏事之内情说：“总兵多武人，不能自为奏”，遂“由道主稿会奏，以示和衷”，“总兵（指达洪阿），所与共事者也，而猜忌尤甚，一稿往复商改，至于三四，恐台道见长，或掩之也。余（姚莹自称）悉如其意。其设施，自道不能牵及总兵者，则不以闻，乃悦”。注意突出总兵的功劳，以释其猜忌，这大概也是令其感动的一因。当然，更重要的是“清、勤、慎”，以自己的忠于职任来使对方心悦诚服。
其次是缓解民困、安定人心，以“固根本”。
为了缓解民困，特别是他所说的“民之困于人”，即因官员设施不当所造成的民间疾苦。姚莹下令：“停止一些劳役和捐税，辞掉体弱多病的差役，还裁减了一些差使，一切自理，不得扰害民间。他并带头示范，躬行俭约，以清治原。裁减各属供应，去其陋规之甚者”。这虽然也是缓和办公经费的紧张，但官府节约开支用度，最终还是减少了百姓的负担。又根据前已进行的清丈农田的结果，报请批准将过去遣漏，未曾“起科”收税的一部分新税收，留作地方经费，以扭转官费不足的问题。
由于台湾向来就易生风谣，以致人心浮动，故姚莹对此尤加重视。就在他到任那年的春、夏之间，嘉义、彰化两县交界地方的桐树忽生异状，“多成刀枪之形，王提军遣人所取，一刀约长四尺，刀头一尺四五寸，有背、刃、刀环，环上垂穗数缕，皆自然生成，职道（姚莹对上级自称）过其家，曾亲见之。又，虎尾溪向系浊水，忽澄清七日，民间相传：林爽文及张丙之乱，常有此异；今年，地方必有不靖”。姚莹虽无从解释这类自然界的异常，但却视为要事，报告于上司，并密切加以注意。
1838年7月8日，台湾发生地震。台湾府城震感轻微，“不为灾。惟嘉义县同时大地震，官舍民屋多倾圯，斃者百余人”。姚莹即令府、县查勘抚恤。当时，一些人传言：“地震为乱征”。由于台湾不止一次发生地震，为姚莹所习知，不似树异，水异那样无从考据，他便根据府、县旧志所载，自1683—1829年共发生地震九次，地震次年发生乱子的只有两次，余皆平安无事，“足见（地震）非乱征矣”。并进而指出：地震“非关治乱”。据以著为《台湾地震说》的专文，加以宣传，以安人心。
他还推行收养游民的政策。
这是针对所谓“一忧”而采取的对策，目的是妥善处置乱定后解散的一万多民众。姚莹认为向来之从众皆“非必欲作贼也”，只因“无业可以资生，游荡无所归束”，才附和为乱。
因此，他主张对一般闹事者，都让他们回到家乡看守田园或追捕盗贼。据姚莹在《与汤海秋书》中介绍，此事进行三个月而告竣，“凡收养嘉、彰两邑游民八千余人，皆劲旅也”。这在一定程度上，缓和矛盾。最后的一招，便是武力搜剿。
收养游民的工作刚刚完成，便发生了一系列案件，嘉义有赖三、陈赛等插旗造反，又有吕宽等结众会饮血酒，彰化有蔡水藤等结党制旗，凤化有张贡等聚众攻击驻军。此外，各地纷报发生抢劫。一时，人心震动。经姚莹与达洪阿分别出巡南、北两路，督励有关文武，均以武力及时扑灭。
正在审理获犯，嘉义又发生以胡布为首的聚众树旗，总兵迅即率兵前往镇压，追入内山，捕获胡布等。姚莹亦赶至军营，保证入山大军的后方。继经搜山，经过近三月，剿捕才结束。
而自最初发案，为时已将半年。先后共擒斩为首及骨干者近四百人。一度慌乱的人心，才安定下来。镇压当然是残酷的，姚莹作为封建王朝的要员，其阶级立场决定了这一点。但因其果断、干练，及时采取断然措施，才保证了岛上局势的稳定，避免了事态扩大后更多的流血，这也是不争的事实。
姚莹在重官台湾后的两年时间内，通过上述四项措施，改善了台湾的局面，稳固了治理基础，使潜在的危机得到缓解，固有的种种矛盾重新调整，既显示了他的政治才能，也说明了他的措施得当，这对他后来领导台湾军民成功地抵御英帝国主义的侵略，具有重要的意义。
