当时，台湾尚未建省，只是福建省所属的一个府。台湾府的治所，即今台南市，与后来的台湾军政中心在台北，情形不同。当时，台北尚未设府；今台北市，当时仅为一个镇。台湾府辖台湾、凤山（今高雄市）、彰化（今名同）、嘉义（今名同）四县。首县台湾县与府治同城。由于府境辽阔，故另于重要之地，分设澎湖（今澎湖县）、淡水（今新竹县）、鹿港（今属彰化县境）、噶玛兰（今宜兰县）、海防（原驻鹿耳门，在今台南市境，后移驻府城五厅。厅，为清代行政建置序列的一种特殊形式，有直隶厅与散厅之别。台湾五厅，即属散厅，虽说与县平行，但其官长的品级却比知县（文正七品）为高。其中，海防同知兼“南路理番”衔，“鹿港同知兼”“北路理番”衔。一府、四县、五厅便构成了当时台湾的行政网络。
台湾虽为府，但文从四品的台湾知府，却非台湾的最高文官。这是因为另有文正四品的分巡台湾兵备道，代表省来监察和协调台湾的军政事务，驻台湾府城。内地虽也设道，但多监数府。因为台湾孤悬海上的特殊战略地位，又定例分巡台湾兵备道均加按察使（文正三品）衔。内地之道，虽亦有此情况，但属个别。这还不算，更规定分巡台湾兵备道可以通过邮驿，直接向皇帝专折奏事，不必转由省代奏。这种绝无仅有的特殊待遇，旨在避免贻误事机。因而，台湾的最高文官首长是道，而非府。
自清初平定郑氏势力，将台湾纳入清朝版图以来，在军事方面更对台湾特别加以倾斜，派重兵镇戍。设台湾镇挂印总兵官（武正二品）领之。内地总兵官的防区较小，而且很少兼统水师、陆营，更无台湾这么多兵。为了崇重事权，故特于其官衔冠以内地所无的“挂印”二字，隐示其含有“钦差”的性质。台镇所辖，除直属的镇标三营外，还有：台湾水师协（三营）、澎湖水师协（二营）、北路协（二营）、台湾城守营、南路营、艋舺营、南路下淡水营、沪尾水师营、噶玛兰营。合计为水陆十三营，分兵布防。弃兵则由福建陆上各地抽调，三年一换。
由于姚莹的生平事业，与台湾密不可分，故有必要就当时台湾的文、武建置，简要说明如上。
1819年春，35岁的姚莹渡海履新，出任台湾县知县，旋加海防同知衔。任官台湾，掀开姚莹生平事业的新章，也是他成为当时著名“台湾通”的起点。
当时台湾的情势，可用时人所说的“叛服不常，时存危象”来概括。由于潜在的反清意识，加之治理政策的不当和官员的暴虐恶行，故自台湾为清朝所有后，屡屡发生抗清起义，严重时几乎动摇清朝在台湾的统治。尽管一次次起义都被镇压下去，但从多者三十年、少者十余年便又爆发起义，便足见危机的深重和矛盾的错综复杂。
当时，纳入政府直接施政管理的只是沿海地区，主要是西部沿海地区。岛上纵亘南北的山区和东部沿海的大部，尚未开发，或为无人区，或为当地兄弟民族（时称为“番”）居住区，即所谓番地。番有生、熟。浅山或重要之地，为政府号令所及之处，多由其首领（时称“头人”）代政府管理，接受官员的指导，称“熟番”；居于深山，为政府号令所不及，自已独立不受政府管辖，则称“生番”。政府只是控制其不出山，互不影响而已。实则，民族关系时见紧张。
沿海居民，则以原籍福建漳州、泉州，广东嘉应州、潮州的迁民为主体。虽迁来有早晚，但以原籍为纽带的而连系在一起，但地域的界限很突出。而各该原籍又都是民风强悍，习于械斗的地区。受此影响，往往因个人纠纷演变为地域来源不同者间的群体磨擦。
尽管台湾驻军多达一万四千余众，可称内地罕有的重镇，但防区辽阔，海岸线长，分散开来，依然不足，平时巡缉尚多漏洞，一旦发生变故，只好仰仗由内陆派兵越海。这尚在其次，更重要的是由于弁兵皆由福建陆上各地抽调，尤以漳州等地兵员为多，地域意识和部队间的关系，最易发生摩擦，有时甚至酿成大规模的械斗。至于骄横不法、违犯军规、甚至不服管束，更是常事。
因而，除了统治与反统治、压迫与反压迫的根本矛盾外，从形式上便表现为姚莹在《答李信斋论台湾治事书》中所说的：“民与民不相能也，兵与兵不相能也，民与兵不相能也，番与兵、与民不相能也。”加之“沿海僻静港汊分歧，多可径渡，不独商贾负贩之徒往来不时，居处靡定，其内地游手、无赖及重罪逋逃者，溷迹杂沓而来，有业者十无一二，地力人工不足以养，群相聚为盗，为奸恶”，这种难于控制的游民，尤为治安之大患。凡此种种，故姚莹认为当时台湾的情势是：“人心浮动，风淫易生，变乱之萌，不知何时”。总之，是矛盾重重，一触即发的形势。
相对于全境的不稳定，台湾县因为开发历史最久，商贸繁盛，户多殷实，且镇、道、府、县等衙门林立，并有重兵弹压，形势相对来说较好，但全境存在的隐患这里也难以平静，尤需治理得人。否则，更会招惹麻烦，动摇根本。
姚莹到任以后，仍如在漳州般地谨遵“清、勤、慎”的官戒，以“恩、威、信”为施政方针，很快便搏得士民的拥护与爱戴。仅从两事，便可知其在台湾知县任上的一斑。
一次，姚莹乘轿出巡，正逢一帮兵卒聚在市上赌搏。县役令其依例回避，众兵非但不服，其中一个竟还诬称该役抢钱，与之揪扭起来，一时秩序大乱。姚莹即命停轿，将该兵带至轿前讯问。众兵先不知轿中为何官，未放在眼里，闻是以厉害闻名的姚知县，早已四散。后见有同伙被逮去，担心被供出姓名，便约集数十人，手持武器，前来抢求。
悍兵持械行凶的事，从前就有，并不新鲜。见此形势，随役都捏了一把汗。姚莹却十分镇定地下轿，亲执锁练，拉着该兵迎上前去。来众见势，反倒迟疑下来。姚莹当面晓谕众兵说：“你们公开赌搏，已经违犯军规，现又持械前来，难道不知伤害官长要处死？你们豁出去了，难道就不怕连累家中老小？我本来不想追究你们冲撞官长仪仗，不行回避的过错，只想把他交给总兵大人，教育他别再赌搏。你们竟敢前来行凶！也不打听打听姚知县从来不怕死。不怕死的，只管上来，看看谁豁得出去。众兵闻言，大吃一惊，方知头脑发昏，惹出大祸。你看看我，我看看你，都没精打采地放下武器讨饶。姚莹却一概不理，手牵该兵，径直从众兵中穿过，直奔总督衙门。众兵先是让路，继而相随，求情不止。结果，总兵据情况把为首者加以严处，重申禁赌之令。从此，悍兵见姚知县轿到，赶忙回避，无人敢生事端。老百姓也由此知道：姚知县不但不爱财，而且不怕死！
台湾当时的迷信鬼神，较内地尤甚。有病痛，不问医服药，却认为是得罪了鬼神，一味磕头烧香，尤其敬畏五妖神。姚莹早就打算扭转这种陋习。县民许某，小贩为生，年未三十，邻里无不称其老实，忽染重病，据说是得罪了五妖神，因而得祸。他家烧香求恕不止，许某之病却日甚一日，临死对兄说：“神恕祭祀未周，我死之后恐将降祸全家。”既死，家中大惧，不惜破家举债而塑该神像，大举祭祀，以求免灾。姚莹闻讯，即命衙役将塑神像锁系到堂，传集许家及百姓前来观其审判。至时，姚莹当众列举其罪，指斥：“今尔敢虐吾良民，肆为妖妄，岂可纵容！”下令当众杖碎投火，以绝妖邪。并宣布：“傥尔有灵，三日内降祸吾身，使吾得闻诸上帝（到上帝那里去起诉你）！”县民起先还对此举将信将疑，后见姚知县一切如常，才大为信服。姚知县审判五妖神，成为一时的新闻。
1821年春，姚莹调任噶玛兰厅，摄（暂代）该厅通判，主持该厅政务。该厅地处府境东北，始设于1811年，新建不久，一切尚属草创时期。不但境民最穷苦，而且治安状况也最差。因而，姚莹到任后下大力量完善制度和缉盗。曾因捕获著名海盗林牛等十余人，经镇、道奏功，奉旨送部引见，即到吏部报到，接受皇帝的召见，意味着将予提升。
就在圣旨未到时，姚莹却出人意外的因在龙溪县的所谓审案错误被追究责任，撤职查办。简单说是：龙溪县民郑源与族人某有矛盾，率亲众杀某而掠其财物。郑源被获服罪，姚莹以仇杀定案。未及解省复审，便调任台湾。后来，此案拖延两年，才由经手者重新定郑源为强盗。姚莹因而获审查不实之罪。其实，这只不过是早就忌妒姚莹者，趁督、抚等上官换人而落井下石，作了手脚。
姚莹初官台湾不到三年，便以这飞来的横祸而告终。台湾县及噶玛兰厅士民闻姚莹罢官，竞相奔走道、府为他呼冤乞留。及知事已定局，均大失望。姚莹自出任平和时，便将家人接至任上，后随来台湾。突然罢官，生活顿感困难。幸靠当地百姓时赠柴米接济，才勉强过活。拖延至转年秋，才因当地官民集资代为还清官债，得以举家启程回省。船尚未开，其父突发重病，死于船上，只好扶棺内渡。
