章太炎来到了时务报馆之后，立即投入了宣传维新变法的活动中，先后发表了《论亚洲宜自为唇齿》和《论学会有大益于黄人亟宜保护》等文章。这些文章除了当时维新派所一直提倡的兴学会、开民智等主张以外，比较突出的是注意到了沙俄对中国的威胁。这两篇文章行文瑰丽闳雅，但比之梁启超之类的清新流畅的文章却尤其显得古奥难懂，可以说是古雅艰涩有余，但通俗流畅不足。这样“文必法古”的文章显然与流通于市井的报馆文体例差异甚大，外界对于章太炎的文章也就毁誉参半。但“文必法古”是章太炎终生引以为自矜的一个特点，也是他文笔的一个大的缺憾。
在时务报馆与康有为的弟子们在一起共事，虽然总的说来政治主张是一致的，但章太炎与康门弟子在思想上已经有了比较明显的区别。
康有为基本上可以归属于今文经学派，其宣扬的思想概括起来是托古改制，即打着孔子的旗号，实际上宣扬变法思想。这种做法在当时孔子的思想占统治地位的时代，比较容易被一般的知识分子所接受。但是若从学术方面而言，康有为的主要著作，诸如《新学伪经考》、《孔子改制考》等，其论证的方法多为牵强附会，甚至荒诞不经、极端荒谬。
康有为的这种做法对于像章太炎这样国学根底厚实的知识分子而言，是难以接受的。章太炎所宗的是古文经学，自然对于康门的这种支离破碎的比附之学十分鄙视，专门写了驳议数十条，驳斥康有为的得意之作《新学伪经考》，这自然就与康门弟子们冲突起来。康门弟子神化孔子，而章太炎却“甚非之”；康门弟子对于康有为的吹捧简直是上了天，说什么南海圣人，孔教教主等等，而章太炎则直斥之为狂悖放肆，如同一群屎壳螂在推滚粪球。
如此而来，分歧与隔阂与日俱增，康门弟子对于章太炎的公开辱骂康党之流的话更是如鲠在喉，忌恨不已。终于有一天，康门弟子群集时务报馆，对章太炎大打出手，章太炎自然不甘示弱，奋起还击，还打了梁启超一记耳光。但群殴之下，自然是章太炎吃了亏，但他仍不输口，嘲笑康门弟子说：“康有为有了你们这些学生，莫非就像当年孔子有了子路作保镖一样，从此恶声不入于耳吗？”
思想上的分歧，竟导致遭受皮肉之苦，章太炎愤而离开了时务报馆，回到了杭州。几个月内，既编辑《经世报》，又为《实学报》、《译书公会报》，撰写了十余篇稿子，阐述自己对于先秦诸子的看法，宣扬变法维新的主张。其中最为重要的一篇文章是《变法箴言》，在这篇文章中，章太炎批评了当时变法主张中的两种错误的倾向，一是“华妙”，即沉湎于佛学中，逃避斗争；二是“猝暴”，即热衷西方制度，急躁冒进。章太炎预言：“病华妙者，吾惧其不以身殉也；病猝暴者，吾又惧其妄以身殉也。”从这些评论中，可以看出，章太炎在变法维新日趋高涨时，头脑仍是比较清醒的。
1897年11月，以德国出兵强占胶州湾为契机，其它帝国主义国家也都虎视眈眈，伺机效尤。中国面临瓜分的危险更加迫切了。
章太炎对于腐朽的清政府早已不抱希望了，但他对于清王朝的那些掌握地方实力的汉人督抚还抱有一丝希望，以为这些炎黄子孙还能有些赤子心肠。因此，章太炎满怀希望地给当时的直隶总督李鸿章写了一封信，提出了联日抗俄之类的以同种抗异种的建议，希望李鸿章能“旋转逆流”。但这封信如沉海之石，杳无音讯。
这时，正好湖广总督张之洞派人来聘请章太炎到武昌帮助筹办《正学报》，章太炎想依靠汉人督抚来改变现状的念头正盛，遂欣然应命前往。
张之洞与当时的一些反对变法的顽固派不同，他虽然也反对变法，但却采取了比较隐蔽的手法——以变反变，即表面上顺应时流，也谈“变通陈法”，而在骨子里反对。其典型代表就是他组织一班文人编写的、系统论述“中学为体，西学为用”思想的《劝学篇》。章太炎来到后，张之洞十分热情地接待，并拿出刚刚脱稿的《劝学篇》请章太炎来润色加工。不料，章太炎对于书中的核心——内篇竟不置一词，反而对强调“西学为用”的外篇比较青睐，认为最合时宜。对此，张之洞颇为不快。
实际上，章太炎对于《劝学篇》内篇中大肆宣传“忠爱”、“忠君”不置一词，已经是十分地客气了，碍于第一次见面，不好太让主人下不了台。若依他平时的脾气，早就大加批驳了。他私下里对一个叫朱强甫的人说出了自己的看法：现在根本没有理由让人们忠君，更何况满清蹂躏汉族已经近300年了，早已无忠可言。而要“忠爱”，那要等待革命以后才可以。《春秋》是主张“国弑君”的，国君如果太坏，国民可以将他杀掉。言谈话语中，还十分藐视地直呼满清皇帝的名讳。朱强甫反问章太炎说：“你的祖宗不也有人作过清朝的官吗”你怎么能说出这样的话呢？”章太炎直言不讳地说：“那是为强暴所污，不得以而为之！”
朱强甫是梁鼎芬的弟子，他们师徒正以宣扬忠君的思想而深得张之洞的赏识，章太炎的这番无法无天的革命言论令他毛骨悚然、心惊胆战，立刻到张之洞那里去告密。张之洞立刻派人来质问，章太炎不仅不加掩饰，反而引经据典地一一加以反驳。
有一次，梁鼎芬与章太炎闲谈时提起康有为，梁鼎芬说：“听说康有为想做皇帝，有这么回事吗？”章太炎不经意地说道：“没听说这回事，只听说他想做教主。其实人有帝王思想本不足怪，要想做教主，就有点想入非非了。”“人有帝王思想本不足怪”这句话，章太炎虽是漫不经心地说出，但听在梁鼎芬的耳朵里，不尤如晴空中打了个霹雳，他立刻跑到张之洞那里说章太炎心术不正，有欺君犯上之嫌，不宜重用。
张之洞派人去请章太炎本来就是借他的学术名气，并非是真心想变法维新，听到章太炎这样放荡不羁，生怕章太炎的狂言为自己惹来祸端，使得自己投机不成，反蚀一把米。就派人将章太炎驱逐出境。据说，章太炎离境时，还被梁鼎芬派人毒打了一顿，盘缠也被劫掠一空。
离开诂经精学舍的这段时光，时务报馆不欢而散。上书李鸿章石沉大海，依倚张之洞又是强遭驱逐，章太炎的心中泛起阵阵凄楚。但他并没有因此而丧失信心。他在离鄂返沪的路上，写了一首《艾如张》，其中结尾一句为“怀哉殷周世，大泽宁无人？”预言在时代更替的大动荡的时期，一定会有陈胜、吴广那样的造反志士出现的。
章太炎返沪不久，戊戌变法开始了。一时间全国呈现出一派轰轰烈烈的兴旺局面，很多人愁眉顿展，以为富国强兵指日可待。但章太炎却清醒地意识到：以慈禧太后为代表的顽固派一定会加以阻挠，变法很难取得成功。不幸的是戊戌变法正如章太炎所料，只经过了短短的103天就夭折了。顽固派不仅囚禁了光绪皇帝，而且捕杀了谭嗣同、刘光第等“戊戌维新六君子”，废除了一切新政，并大肆搜捕主张变法维新的人士。章太炎由于列名强学会，也在通缉名单之内，被迫到当时被日本强占的台湾避难。
戊戌变法的失败，使得章太炎对于改良主义的道路产生了怀疑，在他写下的一首《杂感》中，他借用周武王伐纣的典故，喊出了“何不诵《大明》，为君陈亥午”的呼声。但总的来说，这个时期章太炎的思想还没有超出改良主义的藩篱。
章太炎在台湾期间主要是为当时台湾最大的一家报纸《台湾日日新报》编撰中文版，发表了不少的文字。这些文字仍然是艰深冷僻，十分难解。报社主笔木下新三郎曾问他：“先生所写的文字是自解自读的，还是供一般人共读而都解的呢？”章太炎没有吭声，只是提起了笔，在纸上写到：“世人之知不知，解不解，我可管不着，吾只患吾文之不善。苟文善，会尚有人知之者。请勿问！”木下新三郎见他如此执拗，也只有叹息而已。
章太炎在《台湾日日新报》的日子也没有待长，这倒不是由于他的文字的艰深，而是他时常攻击日本帝国主义的治台政策，引起了当局的不满。开始，由于章太炎攻击的语言还算和缓，当局就没有深究。后来，章太炎又撰文抨击“台湾总督府的官僚大多作威作福，压制人民”，这篇文章由于主编的疏忽而得以刊登出来，人心大快。台湾总督将报社社长守屋善兵卫找去狠狠地训斥了一顿。社长一肚子怨气回到报社，立刻派人去叫章太炎。章太炎不理不睬，只写了张纸条：“何不唤守屋来？他不知士前为慕士，王前为趋势乎？”守屋善兵卫难以忍受，亲自跑到章太炎的寓所，咆哮怒骂了一通，并下了逐客令。章太炎待守屋善兵卫走后，平静地说：“礼貌衰，则去之，何用逐？”收拾行装准备离去。正好梁启超在日本主办《清议报》来函邀请章太炎到日本去，章太炎遂于1899年6月离开了台湾前往日本。
这次到日本是章太炎首次到日本，一切都是新鲜的，也大大开阔了章太炎的眼界。这次在日本，多次与梁启超促膝谈心，消除了旧日的隔阂，改善了两人的关系。尤其是这次认识了孙中山，对于孙中山的革命谈论，叹为“卓识”，只可惜因种种原因两人未能深交。
居日期间，章太炎自然又发表了一些文章。其中最为重要的是《菌说》一文。这是一篇矛头直接针对谭嗣同《仁说》的重要论文。《仁说》是谭嗣同的最为重要的著作，代表了戊戌变法时期批判封建君主专制和儒教的三纲五常观念的最高水平，但这本书中最大的缺陷是内容庞杂，虽然有一些唯物主义的词句，但其主体是形而上学和唯心主义的东西。由于《清议报》以及上海的《亚东时报》自1899年1月开始，都连续刊载《仁说》，在思想界引起极大的反响。章太炎觉得有必要撰文加以驳斥，遂有《菌说》一文，这篇文章可以说是近代史上对于谭嗣同的唯心主义体系展开批判的第一文，也是反映章太炎唯物论和进化论观点的重要代表作。
停居日本3个月之后，章太炎觉得国内因政变引起的风波渐渐平息，遂悄悄地返回到了上海，后参加了《亚东时报》的编辑工作，结识了唐才常，还被卷入了经元善等人发起的反对慈禧太后废黜光绪皇帝，立溥隽为大阿哥的请愿斗争。这次请愿又遭到了清政府的通缉。章太炎虽然被通缉，但由于他不是为首者，且身处于上海租界，从而幸免于难。说来，这次联名通电上的章太炎的签名，并非是他自己所署，而是他人妄自代署。当受到通缉时，有人劝章太炎写信向正在得势的梁鼎芬解释求援。但章太炎义正辞严地说：“我虽然是被人妄自代署，但事已如此，我纵使杀身殒命，也决不向梁鼎芬之流乞援。”
