到约翰·肯尼迪任总统的第三个年头，民权运动的性质开始出现了根本的变化。从1955年蒙哥马利市的抵制公共汽车运动开始，中间经过小石城事件、自由乘客运动和密西西比州的奥克斯福德事件，争取种族平等运动仿佛像一出连台戏一样，在这出戏中，白人扮演恶棍，黑人则扮演烈士的角色。美国庞大的中产阶级白人的良心已被唤醒，他们的愤慨逐步打破了几个世纪以来的法律和习俗所造成的障碍。但是，这种时代就要结束。更为愤怒、激烈、不顾一切的黑人就要杀上舞台的中心。地位已经确立的黑人领域越来越发现，黑人青年已经到了忍无可忍的地步，以眼还眼、以牙还牙的趋势的出现，预示着在争取种族隔离的斗争中将出现一个更为危险的时期。但是约翰·肯尼迪因为在这一年年底就被刺死，他没能经历更危险的时期，而只是经历了到下一台戏前的几幕插曲。
马丁·路德·金曾称伯明翰为“美国种族隔离最彻底的城市”。这让伯明翰那个外号叫“公牛”的警察局长尤金·康纳，就是在自由乘客运动期间拒绝派州警保护自由乘客的警察局长非常喜欢引用金的这句话，他为自己的顽固而骄傲。23年来，他一贯使用恐怖和残暴的手段来恐吓黑人领袖，无不获得成功。不仅伯明翰的学校完全实行种族隔离，这里的公共厕所、饮水站、剧场、公园、运动场、饭馆甚至教堂全是如此。联邦政府禁止种族歧视的规定，“公牛”康纳根本不在意。伯明翰长期以来一直被民权集团看作是“非暴力抵抗”运动的主要对象，但1963年春，民权运动领袖们一直尽量不去招惹康纳，那时，康纳正在竟选市长，而种族问题的示威运动只会使他获得更多的白人选票。到4月份，竞选结束，康纳失败了。
康纳的失败引起了一场策划已久的斗争，在日益觉醒的黑人社会中，每天都有游行、请愿、抵制、静坐和类似的示威游行。康纳和他的部下每天都对付他们，用警棍、警犬、救火水龙带、装甲车，还逮捕他们。三千三百多名黑人，其中包括儿童，被关进了监狱，金本人也在内。金的妻子在得知丈夫被单独监禁时，为他的安全担心，她打电话给肯尼迪，总统的宽慰和保证使她放了心。
后来噩梦过去时，约翰·肯尼迪说：“民权运动应该感谢上帝给了我们一个布尔·康纳。他同亚伯拉罕·林肯一样帮助了民权运动。”康纳的警犬用牙齿撕开黑人的衣服和用700磅压力的水龙头把黑人冲得紧贴建筑物不能动弹的照片被登在报纸的头版，这些恶心的情形使全国、全世界都为之激动。以前胆小的黑人在自己居住的城市内被激怒而采取了行动；过去漠不关心的白人也感到震惊而产生了同情心。约翰·肯尼迪看到美国人的良心终于开始被打动了，于是着手制订他自己的计划，使人们的良心觉悟到认为有必要采取进一步的行动。
约翰·肯尼迪在黑人问题上发表的公开演说是很少的，他一直在试图谋求不造成分裂的解决办法，他希望依靠说理和劝导解决问题，因此大多数黑人领袖都抱怨政府对待伯明翰的态度，他们觉得约翰·肯尼迪过于软弱。
到5月初，司法部副部长说服了伯明翰比较负责的企业领袖们，使之认识到种族和谐比动乱对他们更有利。他们在就业的机会和公共设施方面做了一些改变。新上任的市长答应采用温和点的办法来处理这一问题，黑人领袖暂时停止了示威。约翰·肯尼迪在记者招待会上表示，希望他们继续合作和前进。当有人问他这个解决办法是不是一个典型时，总统说：“我们还得看往后几天里伯明翰会出现什么情况。”
三天以后，约翰·肯尼迪得到了答复。5月12日下午，他得知，伯明翰一个黑人住宅和旅馆被炸弹炸毁了。恐惧、愤怒、骚乱和反骚乱再一次支配了伯明翰。约翰·肯尼迪决定采取新的方针，大约有3000名士兵迅速被派遣到伯明翰附近的各个基地。晚上9时，总统通过所有的广播网发表了一个简短而强有力的警告性声明。随后，在司法部部长同金牧师通过电话进行商谈时，约翰·肯尼迪在办公室内等候继续出现暴力行动危机的电话报告。
但是伯明翰的紧张局势缓和了下来。亚拉巴马州乔治·华莱士对派遣联邦部队的命令的法律根据表示异议，理由是他的州警有能力维持秩序。但约翰·肯尼迪因为在梅雷迪斯事件中过于迅速地接受类似保证，导致过于迟缓地调动联邦部队而吃亏，所以这次他坚定地回答说，他所拥有的镇压国内暴力行为的权力使他完全可以自行决定如何行使和何时行使这种权力。
在伯明翰的情况时续时断地恢复之时，约翰·肯尼迪和华莱士却在逐步走向密西西比州那样的另一次对抗。在那次，当联邦部队终于到达奥克斯福德，保障了梅雷迪斯的安全之后，约翰·肯尼迪曾疲倦地问弟弟罗伯特，是否不久还会出现差不多的事情。罗伯特说，同梅雷迪斯案件相类似的亚拉巴马大学的一件诉讼案，将在1963年春达到同样严重的阶段。约翰·肯尼迪决心作好准备迎战，但决意避免另一次梅雷迪斯事件。他派了曾在古巴上空使用过的侦察机把亚拉巴马州州立大学的校园拍摄下来，军队指挥官便利用这些照片来部署兵力。他自己飞到了马瑟肖尔斯，在华莱士讲话的讲台上发言，简单地警告他不要违抗法律，司法部展开了一个深入细致的运动，去接触亚拉巴马州的教育家、编辑、牧师、企业家和其他社团领袖，希望造成一种友好团结的气氛。
根据法院的判决，三名黑人学生被宣布有资格在6月开始的大学夏季学期入学，一个进塔斯卡卢萨分校，另两名进塔斯卡卢萨大学本部。大学愿意让他们入学，有名望的亚拉巴马人也敦促华莱士不要抵抗，可华莱士州长生涯初展宏图，他决意借这个机会给本州人看，他是严格遵守竞选誓言的：他要站在亚拉巴马州每一座白人学校门口将黑人赶走。
约翰·肯尼迪不想过多地和华莱士纠缠，他想表演就让他表演吧。但肯尼迪自己这次所作的准备是细致而充分的，在附近本宁堡待命的部队已经坐上了直升飞机，校外的人完全被清出了校园，在随后的记者招待会上两次发表的声明中，约翰·肯尼迪都表示希望使用部队是不必要的，希望所有亚拉巴马州人都认识到法律是没有选择余地的，而避免使用部队的方法就是遵守法律，随着决定的日子日益迫近，约翰·肯尼迪向华莱士发出劝告，请他离开塔斯卡卢萨的校园，但华莱士不听劝告。
1963年6月11日，华莱士州长站在大学注册大楼门口，自知是愚蠢而无聊地朗读了他的一篇声明，作为对司法部副部长卡曾巴赫朗读的总统声明的答复。但是当两名黑人学生被带进宿舍时，他却没有阻挠，他内心知道，任何程度、任何种类的反抗都无济于事。约翰·肯尼迪一直在电视里观看着他们的对抗，正如预先计划好的那样，他迅速把亚拉巴马州的国民警卫队置于联邦政府的权力之下，当国民警卫队的一名准将驱车到达塔斯卡卢萨告诉华莱士这个消息时，他对美国的司法制度大骂一通后也就走了，两名学生没有遭到意外就注册入学了。
1963年6月11日这天，标志着州政府对取消大学种族隔离问题采取公开抵抗做法的结束，它也标志着联邦政府全面承担起反对一切种族歧视的义务的开端，在此之前，约翰·肯尼迪只是处理了一件又一件种族歧视的具体事件。
约翰·肯尼迪曾考虑，如果塔斯卡卢萨发生动乱，他就通过电视向全国发表一篇演说。但这次动乱未成事实，约翰·肯尼迪还是决定，趁着大家的注意力还集中在这个问题上时，无论如何要向全国发表一篇演说。
