宇智波一族府邸，宇智波一族内凡是已经开眼的忍者都齐聚一堂，剩余的普通族人们都被统一安置在地下室，有数十名拥有一勾玉写轮眼的中忍负责保护，由于宇智波鹰叛变和告密，宇智波富丘决定提前发动政变，宇智波鹰拥有三勾玉写轮眼，拥有不下于宇智波千橡的写轮眼瞳力，因此宇智波鹰叛变之后，进入机动部队化名鹰奈川昭郎，担任机动部队分队长职务。
宇智波止水的自杀对宇智波一族即将发动的政变产生了不小的影响，原本拥有数十名精英忍者组成的特殊攻击队被迫取消，特殊攻击队原本以宇智波止水为主，宇智波止水负责发动幻术。别天神控制和牵制木叶村上忍班的战斗力量，有宇智波鼬带领特殊攻击队继续发动针对三代火影猿飞日斩的斩首行动，由于没有了宇智波止水，特殊攻击队的任务被迫取消。没有宇智波止水的牵制，宇智波一族内的上忍们对上火影一系的上忍班上忍们优势将化为须有，火影一系的上忍班拥有数名能力强悍的精英上忍以及准影级忍者存在，像旗木卡卡西一样的火影一系上忍班上忍也有不少。
宇智波富丘开会说道：“诸位，事情即将发动，为了确保万无一失，今夜将进行一次模拟实战演练，为了防备意外，有我的大儿子宇智波鼬带领特殊攻击队对我们进行模拟攻击，各部做好迎战准备，如今，根已经被三代火影下令监视，动用了暗部秘技组这样的超规格战斗力量，根已经无法对我们进行支援了。而且，机动部队虽然没有发生调动，但是机动部队内部却拥有几名知道我们作战计划的宇智波一族叛忍，因此情报部门必须严密监视，以防不测。”
宇智波公上说道：“嗯，族长大人说的很全面，政变已经不可逆转，但是我们也要居安思危，为了防止宇智波一族被灭族，我等已经将宇智波一族终比较年幼的宇智波和和几名宇智波的幼童转移离开了，剩下的事情就是推翻火影一系的****了。”宇智波富丘说道：“原本我就没有希望根能帮上什么忙，如今看来我还是正确的，宇智波止水的死和根的首领志村团藏脱不了任何关系，在推翻猿飞日斩的****之后，就是彻底铲除根的时候了。”
此时的宇智波鼬正在准备执行灭族计划，宇智波一族的政变策划在明天入夜开始，但是经过火影一系的商量原本计划明天布好口袋阵，等待着宇智波一族的到来，而宇智波鼬却听从千手镜的安排，提前执行灭族计划，宇智波鼬的协助者是机动部队的分队长鹰奈川昭郎和另一名叫德川的机动部队精英上忍，三名实力都在精英上忍的木叶上忍穿戴者黑衣悄悄地潜入到了宇智波一族的府邸外，宇智波鼬对着鹰奈川昭郎说道：“鹰，你的选择是对的。”鹰奈川昭郎苦笑着说道：“原本我和止水一样，但是我自知那个老头子绝对不是易与之辈，所以我才公然叛逃，鼬，我辜负了你对我的期望，身为哥哥十分对不起，也对不起佐助了。”
宇智波鼬说道：“不，鹰你的选择没有错，错误的是族人们看不透和平来之不易，他们认为只有宇智波一族统治木叶村才是真正的和平，这种和平需要多少人的鲜血才能抹平？我无法给出答案，但是我始终相信，真正的和平不是我们嘴上说说那么简单，是要靠我的付出，可惜的是族人们以及族中的长老们都已经被权利腐蚀，他们眼里我们仅仅是一种工具而已。”鹰奈川昭郎默默地说道：“鼬，我还是要说，当你有一天讲火之意志传递给我的时候，我才深深的知道我内心是什么样的，心是不会说谎的。”
德川忽然嘘了一声，=轻声说道：“正主来了，鼬是你表演的时候了。”宇智波鼬问道：“德川，你和止水是怎么认识的？”德川忽然笑着说道：“我可不认识止水，我认识的是宇智波镜，你们宇智波一族当年唯一一名拥有火之意志的影级忍者。”宇智波鼬说道：“原来是这样。”阿飞再度来到宇智波一族的府邸中，宇智波鼬从一个暗处走出来，说道：“你这次来是准备答应我的条件了？”阿飞点点头说道：“是的，就算我不答应又能怎样？我可不能便宜了外人。”
宇智波鼬忽然说道：“你真的是宇智波斑吗？”阿飞笑着说道：“呵呵，看样子你是知道了一些什么呢！”宇智波鼬说道：“宇智波一族计划明天夜里发动政变，我计划今天夜里就开始终结计划，你认为如何？”阿飞说道：“呵呵，有人监视着我，如果我说一个不字的话，恐怕你们就会攻击我了吧？我可没有那么不知趣，我虽然很自信却不自大，我知道你们三个的实力加在一起和我还是有一些差距的，但是始终是一些差距而已，所以我不会做傻事的。”
宇智波鼬说道：“你的感知力挺强的。”阿飞说道：“说到感知力的话，整个木叶村没有能超越二代火影千手扉间的，现在的木叶村感知力最强的就是你口中的镜前辈了。”宇智波鼬说道：“闲话少说，开始吧！”阿飞笑着说道：“其他的交给我来，你只要管好你的父母就可以了。”
宇智波一族最终在阿飞和宇智波鼬的联手下被彻底铲除，就连宇智波一族最后的一脉也被彻底铲除，仅有宇智波和在一名被称作是旗木夜刃的准影忍者帮助下侥幸生还，旗木夜刃带着宇智波和离开了火之国境内，在草之国境内隐姓埋名。旗木夜刃是机动部队的一名高端战斗力，虽说姓旗木但是前身是旗本一族的后裔，旗本一族和旗木一族是同宗同源的一支，旗本一族是剑圣旗本容茂的后裔，而旗木一族是剑神后裔。
旗本一族后来被灭族，仅有旗木夜刃活着，后来进入木叶村便改姓旗木夜刃，和旗木卡卡西是旗木家族的两大高级忍者，但是旗木夜刃为人低调喜欢黑暗因此原本隶属于根机动部队，机动部队独立后进入千手镜管辖的机动部队特别反应部队部门，是机动部队高级忍者。旗木夜刃奉命保护宇智波和逃亡草之国，旗木夜刃在草之国就用旗本飞云的姓名，回到木叶村就用旗木夜刃的姓名。
