1942年2月，由于先生年幼丧父，事母至孝，自丧母后，心情悲痛，悼念不已。因致函胡适，叙太夫人染病及丧事办理经过并对自己的言行进行反省；7月，续任国民参政会第三届参政员；10月，赴重庆出席国民参政会第三届第一次大会。
1943年9月，赴重庆出席国民参政会第三届第二次大会。1944年6月，为子仁轨书《文文山正气歌》及《衣带赞》等诗，并在跋中说明其写条幅的用意在于培养儿子的正义感；9月，赴重庆出席国民参政会第三届第三次大会。1945年4月，续任国民参政会第四届参政员；7月1日，代表国民参政会访延安，商谈团结。因先生和毛泽东曾相识，故二人单独谈了一夜，就许多问题交换意见，5日返渝；7月，出席国民参政会第四届第一次大会，先生自1938年任国民参政员以来，每次会议发言建议，均以促请政府整刷政风为主，此外在会中竭力反对违背科学之提案。8月初，先生在重庆《大公报》发表《黄祸》一文，响应政府征收中央银行黄金存户之部分黄金，当时若干“既得利益”之人，正谋反对，此文发表后，因赞同者众，反对之谋遂息；8月10日，日本宣布投降，先生喜极，是日晚上，先生狂欢得像疯了，从住所里拿了瓶酒，到街上大喝，拿了一根手杖，挑了一顶帽子，到街上乱舞；秋，任北京大学代理校长，先是政府拟任命先生为北大校长，先生谦辞，并于8月17日致书蒋主席，推荐胡适，又以胡氏在美未归，故先生暂允代理；9月，在重庆参加教育善后复员会议；11月，昆明国立西南联合大学（系北京、清华、南开三大学联合而成）发生学潮，次月，先生以校务委员身份，前往处理。1946年1月，赴重庆出席政治协商会议；2月11日，雅尔塔密约正式公布，举国哗然，是时苏俄占领东北，大肆劫掠，先生与王云五等共20人，联合在各报发表宣言，谴责英美，并痛斥苏俄欺骗世界之伪行及其帝国主义之野心。同年25日，先生又在大公报发表《中国要和东北共存亡》一文，痛言东北之重要，并促请政府和国人，誓与俄寇周旋，由于国人之愤怒与舆论之一致指责，俄军于次月撤出东北。3月，政府拟请先生出任国府委员。27日，先生致书蒋主席，谦辞不就；3月，出席国民参政会第四届第二次大会；5月4日，由重庆飞北平，办理北京大学迁校事宜；先生自代理北大校长后，曾屡次发表声明，决不录用伪北大教职员，伪员虽力谋反对，终未得逞；秋，北京大学由昆明迁返北平。是时国内外局势紊乱，各地学潮时起，先生于8月4日在北平《经世日报》发表《漫谈办学》一文，其中论及学潮，语重心长；夏，胡适返国；9月，先生卸去代理北大校长职，是月20日，北大教职员举行茶会，表示惜别。席间胡适对先生一年来为北大尽瘁工作，备致赞扬；教授亦相继致词，表示感谢，先生则谦称之；冬，历史语言研究所由四川迁返南京；11月，出席首届国民大会。1947年2月，先生于《世纪评论》发表《这个样子的宋子文非走开不可》一文（时宋氏任行政院长），各地报章纷纷转载，举国注目，宋氏旋即辞职；4月，为子仁轨题纪念册，写些做人的道理；6月，赴美养病，夫人及子仁轨同往。
1948年，在美养病，先生自去岁赴美，入波士顿白利罕医院治疗，前后住院三四个月，出院后，体重减轻，血压大致正常，唯医生坚嘱勿再任行政工作，以免复发；先生于是岁上半年当选为中央研究院院士及立法委员；8月，由美归国，主持历史语言研究所事务；秋，出席首届立法院会；冬，战事失利，首都危急，先生伤时忧国，君以故旧零落，精神大受刺激，遂有自杀殉国之念，迁历史语言研究所至台湾杨梅镇。
1949年1月20日，就任国立台湾大学校长。是年初，战事急转，蒋总统引退，由李宗仁代总统，急谋和议；先生于2月4日致书李氏，力陈和议之非；是岁，先生为台大教授黄得时书一短幅，曰“归骨于田横之岛”，可见先生志节之高，盖久有蹈海之意矣。1950年，主持台湾大学校务及历史语言研究所所务。先生在台大，夙夜忧勤，力谋改进，校务蒸蒸日上，深受师生之爱戴。12月20日，先生列席参议会第五次会议，准备答复议员教育询问中有关台大的问题，后来当答复教育部抢运来台存放台大器材处理和放宽台大招生尺度问题时，先生强调大学招生必须保持公平，杜绝情面，不便轻易放低标准，并高呼：“我对有才能、有智力而贫穷的学生，绝对要扶植他们。”回答用了30多分钟，情绪有些激动，待宣布散会欲离开会场之际，先生即晕倒于会场，虽经紧急送医，仍不及挽救，延至当晚11时20分因脑溢血病逝；12月21日，先生遗体暂厝极乐殡仪馆，台湾大学特停课一天，并下半旗致哀，全校师生闻此噩耗，莫不同声哀悼；12月22日，先生遗体大殓，送往火葬场火化；12月30日，蒋总统明令褒扬先生；12月31日，治丧委员会及台湾大学假台大法学院大礼堂举行追悼会，蒋总统亲临主祭，并颁“国失师表”挽章，对此学术界巨星之去世，深表悼惜，各界前往致祭者多达500余人；先生之丧，各界致送挽联270余幅，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，中西文悼唁函电90余封；自先生逝世后，各报章及先生亲友学生追悼先生者，亦复不少，计得110余篇，其中对先生学行事业，颇多论列。1951年6月15日，国立台湾大学出版《傅故校长哀挽录》全一册；12月20日，国立台湾大学安葬先生骨灰于台湾大学植物园，后来称为“傅园”。
年表
1896年 1岁 3月26日生于山东省聊城县世家之中。
1901年 6岁 春，入邑人孙达宸拔贡学塾。祖父课读于家。
1905年 10岁 春，入东昌府立小学堂。
1906年 11岁 是岁读毕十三经。
1909年 14岁 考入天津府立中学，开始系统接受新式教育。
1913年 18岁 夏，考入北京大学预科。
1916年 21岁 秋，升入北京大学本科国文门。
1917年 22岁 从胡适之学中国古代哲学史，接受以科学方法整理旧学的思想和新文学主张。
1918年 23岁 参与“新潮社”的创立，编印《新潮》月刊，亲撰该刊发刊词。常在该刊及《新青年》发表文章，公开主张“文学革命”，并抨击旧文化、旧道德，提倡新文化、新道德。
1919年 24岁 “五四运动”爆发，为参与此次运动之北京大学学生代表之一。夏，毕业于北京大学文科国文门。秋，考取山东省官费留学。冬，赴英国留学。
1920年 25岁 入伦敦大学研究实验心理及生理，兼治数学。
1923年 28岁 秋，由英至德，入柏林大学哲学院访问研究。钻研马赫（E．Mach）多种著作及量子力学理论和比较语言学。
1926年 31岁 由德归国，任教于广东中山大学。
1927年 32岁 任中山大学教授，兼文学院长及国文、历史两系主任。因深受德国历史语言学派的影响，认为人类思想史就是语言的历史，故在该校创办语言历史学研究所。发表《评秦汉统一之由来和战国人对于世界之想象》等论文数篇。
1928年 33岁 春，任中央研究院历史语言研究所筹备委员。夏，任该所所长，所址设广州。发表《历史语言研究所工作之旨趣》一文，认为史学就是史料学，强调发现新文献、新材料的重要性。是岁组织史语所开始河南安阳殷墟发掘，先后由董作宾、李济主持其事。在以后10年中共发掘15次，为中国现代考古学之开端。
1929年 34岁 史语所迁至北平。秋，兼任北京大学教授。年末赴开封解决中研院史语所与河南民族博物馆因殷墟发掘引起的纠纷。事毕回北平。
1931年 36岁 春，自北平赴安阳小屯，视察发掘情形。
1932年 37岁 参与《独立评论》周刊的创立。出版《东北史纲》（卷一），以证明历史上东北即属于中国。秋，再赴安阳视察。
1933年 38岁 史语所迁至上海。兼任社会科学研究所所长及中央博物院筹备主任。
1935年 40岁 春，自北平再赴安阳视察。
1937年 42岁 兼代中央研究院总干事。“七七事变”后参加国民政府召集之庐山谈话会及国防参议会。秋，史语所迁至长沙。
1938年 43岁 春，史语所迁至昆明。7月，兼任国民参政会参政员。
1940年 45岁 秋，兼任中研院总干事。冬，史语所迁至四川南溪县李庄镇。《性命古训辨证》一书出版。
1945年 50岁 秋，任北京大学代理校长。7月，代表国民参政会访问延安，后回重庆。
1946年 51岁 5月，由重庆飞北平，办理北京大学迁校之事。9月，卸北大代理校长职务。冬，史语所由四川迁南京。
1947年 52岁 发表《这个样子的宋子文非走开不可》一文，举国瞩目，宋氏旋即辞职。6月，赴美养病。
1948年 53岁 当选为中央研究院院士、立法院立法委员。8月，由美归国。冬，史语所迁至台湾杨梅镇。
1949年 54岁 1月20日，就任台湾大学校长，仍兼史语所所长之职。
1950年 55岁 12月20日因脑溢血病逝。
