1948年国民党军队节节败退之际，蒋介石依从美国的授意，任孙立人为“陆军副总司令”兼“训练司令”，在美国顾问的直接控制下，开始在台湾训练新兵，颇为“呕心沥血”。他见新兵眼睛不好，打靶影响成绩，就与一家糖厂经理研究，把蔗渣制成健素糖丸，吃后既提高视力又帮助消化。20万新兵吃后，据说射击成绩确有提高。他本人从此也认准了这条养生之道，每天饭后吃十颗素糖丸，果然直到九旬高龄目光仍炯炯有神。
其后，蒋介石又任陈诚为台湾省主席，除了部署逃命外，也有牵制孙立人的用意。陈到台后，即暗中策划孙立人的凤山军官训练班并入军校中，陈系的林蔚、郭帏、罗卓英等企图将孙的练兵权转到罗卓英手上，都没有成功。1949年9月，蒋介石为了取得美国的积极援助，又提拔孙立人为“台湾防卫总司令兼东南军政长官公署副长官”。但在陈诚“公署长官”的控制下，孙实际上是空头司令。
蒋介石在到台的前几年，要向美国作出姿态，用“亲美派”孙立人，但都置于他的心腹控制之下。在蒋氏父子看来，军队是生命线，孙立人为抓军权，早在1949年就和美国勾结。当时，麦克阿瑟曾派专机将孙立人接到自己驻日本公馆中密谈。
据孙事后向蒋介石汇报说，密谈的内容是：美国为使台湾这艘不沉的航空母舰不落于中共之手，有意让孙担负起保台的责任，美国全力支持，要钱给钱，要枪给枪。
对国民政府已不抱多大希望。孙对麦克阿瑟的答复是，他忠于蒋介石，不能临难背弃，自己必须在蒋指导下挑起保台重担。蒋介石性情多疑，对此话既信又疑。
在孙立人接连晋升之后，蒋氏父子风闻美国已考虑对台湾实行“换马”，在美国留过学的孙立人是“上马”的最佳人选。这些不管是真是假，都足以引起蒋介石的警觉。美国人之所以看中孙立人，虽然有多种原因，但主要的一条是对蒋的绝望。
打仗要用兵，美国“用亚洲人打亚洲人”的策略需要亚洲人，而在台湾，兵力是蒋介石最后一张“王牌”，不管这些破铜烂铁是否管用，总比没有强，因此美蒋之间，便环绕争夺军权的磨盘团团打转。美国意图驱蒋，而驱蒋的本质只有一个，就是要更直接地插手台湾，将台湾独立出去，变现在的半占领为全部占领。这正是毛泽东所担心的，所说的为何不倾向以“亲美派”代替蒋介石。
据说孙的学识超群，这在中国的特殊情况下，变成他的负数。孙的一位老部下就说过一句很概括的话：“孙是个非常优秀的带兵官，但是位很坏的领袖。”就是说他的人际关系非常差，和他的同辈，几乎无人可以合得来。任“陆军总司令”期间，每周军事汇报，他从未准时出席，其理由十分可笑，“他不愿意向周至柔总长敬礼，迟到能避免，因为，总统已在场”。
孙之傲慢，固有其理由，主要是看不起他的一些同僚，认为自己鹤立鸡群，再加美国的崇尚，又有战功，似可无敌于天下，然而他常常孤立无援，且招致群体的打击。他又和吴国桢有某些类似，和小蒋为敌，以“陆军总司令”的地位，抑制蒋经国的政工制度。
1950年12月，孙立人召开一个“良心会”，让许多高级长官来听取士兵的良心话。孙致词说：“现在社会黑暗，人心不古，不但做事骗人，说话也骗人，所以社会动荡不安，就是彼此不能开诚相见，埋没了良心之故。”蒋经国觉得，孙立人捞过界，这本来是该“政治部”分内的事，蒋经国反击，推行“庆生会”，孙、蒋较量的火药味，乃全面扩散。
美军顾问团团长蔡斯，他是带着支票签字权的美国大亨，负责台湾的军援执行，颐指气使，法力无边，早为蒋介石父子所不满。孙、蔡不谋而合，蔡斯也主张撤销军中政工制度。蒋经国疑神疑鬼，迁怒到孙的头上，认为孙假外人以自重。于是蒋介石密令除奉命者外，任何人不准与蔡斯接触。1954年6月，孙立人在台湾的军事改组中以“任期届满”理由被免去了“陆军总司令”职，改任“总统府参军长”，贬为闲曹。孙对此很不满意，发牢骚说：“现在台湾是奴才统治人才。”他想借接受美国普林斯顿大学给他工程博士学位为名去美国，蒋介石唯恐他到美国后成为“吴国桢第二”，未予准许。但为了敷衍美国和缓和孙的反对，乃提拔孙的亲信余伯泉任“副参谋总长”。尽管如此，蒋氏父子仍觉得孙对“王朝”有潜在的威胁，不可“养虎遗患”。
1955年5月底，台湾当局抓到一个名叫郭廷亮的“匪谍”，称其“为中共工作”。该犯是孙立人部队的少校营长，据说利用与孙多年的长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百余人，预备于适当时机发动兵变，拥戴孙立人为“台湾元首”。于是，孙立人便被指控为兵变事件的后台。3月，台湾当局公布了孙立人的“辞职书”，并组织了“调查委员会”，对孙进行侦讯，罗列了诸多“罪行”。最后，由蒋介石出了一具手令，说孙立人“久历戎行，抗战有功，且于该案发觉之后，即能一再肫切陈述，自认咎责，深切痛悔，兹特准于自新，毋庸另行议处，由国防部随时察考，以观后效”，从此，孙立人被软禁起来，成为台湾“第二个张学良”。但对于“兵变”，孙立人始终说是不存在的，不独自己无辜，连郭廷亮也是冤枉的。
至于兵变究竟是否属实，一直是个谜。但有一点可以肯定，对台湾当局指控郭廷亮发动兵变的那些事情，孙立人是一无所知，所以“兵变事件”的内幕是很明显的，孙立人与吴国桢一样，是国民党内部权力再分配的失利者，也是蒋介石过河拆桥的又一牺牲品。
孙立人被软禁后，居住在台中市一座日式宅院的家中，门外有“安全人员”看守。孙立人以莳花除草、拜佛读书打发自己的后半生。初时，蒋介石召见过孙一次，叫孙再不要理会政治，此后再不得见。1988年2月的一天，孙立人在被软禁后首度于家中接受记者访问。他仍目光炯炯，头脑还很清晰，只是说话表达较为吃力。在听到记者说“好像不少人想为您平反”时，孙立人则说：“从未‘反’过，何‘平’之有？我只希望在我余生之年，政府能还我清白，如此，亦将含笑九泉。”这时的孙立人，此前曾开刀切除了静脉瘤，牙齿早已全部脱落，假牙又套不太好，吃东西只能吃面食或糊状食物，当年那种铁马金戈的英雄气荡然无存。难怪75岁的孙夫人抱怨：“孙立人都89岁了，他能怎么样？为何还得不到充分的自由？”看来国民党在软禁人上，最有耐性和连续性，创造了不少世界之最。
1990年11月19日上午11时许，孙立人病逝台中市住宅，享年91岁。弥留之际，虽有夫人及子女等守护在侧，但终因“兵变”案不能公开平反而惘然若失。
老年章士钊肩负新使命
中央文史馆馆长章士钊先生，从50年代起，就经常奔走于北京、香港之间，利用滞留香港的一些国民党故旧，沟通与台湾的关系。当他看到1955年4月24日《人民日报》刊载的周恩来总理在万隆会议上发言中提到的：“中国政府愿意在可能的条件下，争取用和平的方式解放台湾。”更增加了做统战工作的信心。
他向周总理主动请缨去香港，找他过去的一些朋友做蒋介石的工作，以实现第三次国共合作。
毛泽东、周恩来同意章士钊的请求，为此，中共中央专门给蒋介石写了一封信。
信中倡导第三次国共合作，并提出了台湾回归祖国、完成统一大业的办法：
第一，除了外交统一中央外，其他台湾人事安排、军政大权，由蒋介石管理；第二，如台湾经济建设资金不足，中央政府可以拨款予以补助；第三，台湾社会改革从缓，待条件成熟，亦尊重蒋介石意见和台湾各界人民代表进行协商；第四，国共双方要保证不做破坏对方之事，以利两党重新合作。
信的结尾说：奉化之墓庐依然，溪口之花草无羌。中共领导人欢迎蒋介石能在祖国统一后回故乡看看。
说起章士钊，了解中国现代史的人都知道，他是近现代一位有影响的政治活动家和学者。他活了92岁，一生经历极为丰富。他是一个跨越了清朝、民国和新中国三个时代的历史人物，在思想、政治上走过曲折复杂的道路。他在武昌求学时，与黄兴同住一室，成为莫逆之交。他在南京的学堂里成为反清学潮的“魁首”。他加入过蔡元培、章太炎的爱国学社，与邹容是同窗好友。他还策划过刺杀路经上海的广西巡抚王之春的暗杀行动，并为此坐大牢。他曾经编译日本人宫崎寅藏所著介绍孙中山革命事迹的书《三十三年之梦》。在编译这书时，因一时笔误，将孙先生的真名“孙文”与假名“中山樵”的两个字连缀成文，写成“孙中山”。后来该书出版，这个名字也随着传开，久而久之，竟成了孙先生的正式名字。可以说，孙中山的名字是章士钊起的。
章士钊经杨度介绍，在东京结识了孙中山。两人十分合拍。同盟会成立时，孙中山以为章士钊必是该会的积极成员，没料到他竟不愿入会。他提倡苦读救国，一生坚持做无党派人士。他的结义兄弟章太炎苦劝其入会，他也不为所动。章太炎知道章士钊对同盟会会员吴弱男女士甚为倾慕，乃生一计，请吴弱男出面动员章士钊入会。不料久久没有结果，吴弱男却通过此番接触成了章士钊的情侣，后来他俩在英国结了婚。据说，孙中山后来谈及此事时，开玩笑地说：“同盟会与章行严的关系，真乃‘赔了夫人又折兵’。”
抗战期间，章士钊坚持民族气节，日伪劝诱他加入汪伪政府，遭他严词拒绝。此后，日伪政权对他进行威胁，他乃秘密从上海出走，避难香港，而后来到重庆。他在重庆结识的抗战夫人殷德贞，就是他的第三夫人，她留居香港，章士钊每年都来看她。
章士钊是毛泽东的同乡人，也可以说是毛泽东的老朋友了。
他们的友谊可以追溯到20年代甚至更早。章士钊和杨开慧的父亲杨怀中先生是早年在长沙的至交。经杨怀中介绍，他在1919年就认识了毛泽东。1920年，毛泽东为筹备中共的成立、湖南的革命运动以及送一部分同志到欧洲勤工俭学，需要一笔不小的银款。毛泽东到上海找到他，只说有一批有志青年要到欧洲勤工俭学，请他支持。章士钊当即答应，运用自己的影响发动社会各界名流捐款。最后共筹得两万银元，悉数交给毛泽东。他当然不晓得这笔银款帮了共产党的大忙，一部分供一批同志去欧洲，另一部分拿回湖南去造反闹革命了。
当43年之后的1963年，章士钊的女儿章含之到中南海给毛泽东教英文，毛泽东想起了这件借款之事，并决定还债。毛泽东对章含之说：“你回去告诉行老，我从现在开始要还他这笔欠了近50年的债，一年还两千元，十年还完两万。”章含之回家告诉父亲，他听了哈哈大笑：
“确有其事，主席竟还记得！”几天之后，毛泽东果然派秘书送上第一个两千元。此后每年春节都送上两千元。章士钊感到十分不安，要女儿章含之传话给毛泽东说不能收此厚赠，当时的银元是募捐来的，他自己也拿不出这笔巨款。
毛泽东听了传话后笑了：“我这是用我的稿费给行老一点生活补助呵！他给我们共产党的帮助哪里是我能用人民币偿还的了？你们那位老人家我知道一生无钱，又爱管闲事，散钱去帮助许多人。他写给我的信多半是替别人解决问题。有的事政府解决不了，他自己掏腰包帮助了。我要是明说给他补助，他这位老先生的脾气我知道，是不会收的。
所以我说还债。你就告诉他，我毛泽东说的，欠的账是无论如何要还的。”
