前边提到过，在黄金家族前期，被怀疑血统不尽纯正的铁木真长子术赤早早就被派往西征的前线，在今天的哈萨克草原、俄罗斯草原以及高加索山以北地区组建了术赤系的领地，事后看来最有野心、也得到黄金家族财富最多的四子（幼子）拖雷一系则恰到好处地把握了术赤及其后人“欲语还休（羞）”的尴尬角色，不仅尊重有加、还一直待之以礼，因而颇受术赤系发自内心的感激。
铁木真二子察合台与三子窝阔台常年随父亲征战，是铁木真创业中不可多得的左膀右臂，尤其察合台仗着在四位铁木真皇子中“阳寿”最长的优势，不仅帮助窝阔台成功地从拖雷监国的不利状态中夺回了铁木真遗嘱的汗位，而且在窝阔台汗去世后，鼎力相助了其寡妻乃马真。脱列哥那的监国及窝阔台汗之子贵由继承汗位，使得窝阔台系保有黄金家族汗位传承权力达22年之久（1229年—1251年）。
对窝阔台系鞠躬尽瘁的察合台在贵由汗寡妻斡兀立。海迷失监国时期离世以后，窝阔台系在黄金家族至高无上的统治者地位猛然间崩溃了，术赤系领地继承人、以黄金家族男性成员“长老”身份出现的拔都，从遥远的伏尔加河畔，率领自己强大的军队向东方进军，以表面上民主形式的忽里勒台大会，用实际上的政变，把自己的堂弟、拖雷之子蒙哥推上了汗位宝座，自此，拖雷系把黄金家族正统的统治大权抓在了自己手里，直至后来建立了蒙古帝国、元朝“二位一体”的统治模式。
不甘心退出历史舞台的窝阔台系和察合台系，在蒙哥、忽必烈强大军事压力下，不得不黯然神伤地退回到了他们两系在铁木真时代获得分封的中亚领地，并一直抱有传统的友谊。
如果不是拖雷系“本系统”内部的汗位之争提供了机会的话，窝阔台系和察合台系的历史可能就要重写了。1259年拖雷之子蒙哥汗在进攻南宋时身亡后，自小拥兵自重、胸怀大志的忽必烈立刻开始了从已故亲哥哥蒙哥那里获取黄金家族资产支配权力的努力，他的主要对手是以拖雷幼子身份先前被蒙哥汗留在帝国首都哈拉和林的亲弟弟阿里不哥。
历史总是在恰当的时候安排恰当的人物出现：窝阔台的孙子海都在中亚崛起了。早先，窝阔台系后人被拖雷系和术赤系联手赶出了黄金家族最高统治者位置以后，不得不回到了中亚的传统领地生活，这块领地大约在今天杭爱山脉以西、塔尔巴哈台山直至咸海一带，因窝阔台领地的继承人、第五子合失早卒，于是合失之子海都承袭了这份祖业。
这时候的察合台系主要领地在伊塞克湖地区以及伊犁河谷地、楚河与塔拉斯河一带。1242年察合台死时，把他的这份领地遗产交给了孙子哈喇旭烈兀，他是察合台最为欣赏和喜爱的长子木秃干的儿子，可惜木秃干于1221年攻打巴米安（今阿富汗斯坦巴米扬）时阵亡了，于是察合台就把家族的领地交给了木秃干的儿子哈喇旭烈兀，或许有一种“补偿”心理在其中吧。
察合台系和窝阔台系的一贯的友谊传统似乎受到了一些挑战。哈喇旭烈兀仅仅在位几年，就被新大汗贵由（窝阔台之子）废黜了，改由一直与贵由私人感情甚笃的同宗兄弟也速蒙哥来统治。
但是短命的贵由于1248年在准备偷袭术赤系拔都的途中暴亡以后，窝阔台系在黄金家族中失势了，汗（皇）位被拖雷系蒙哥成功接任，也速蒙哥明显作为窝阔台的传人反对蒙哥，因而不可避免地遭到了蒙哥的报复，在1252年被以失职之名而罢免，继而察合台的领地重新恢复由哈喇旭烈兀统治，对蒙哥感恩戴德的哈喇旭烈兀一上任，就安排自己的妻子斡尔哈纳毫不留情地把他自己的亲叔叔也速蒙哥处以极刑。我们可以看到，尽管蒙古帝国由于窝阔台系和拖雷系的汗（皇）位之争，已经出现了分裂的端倪，但是黄金家族还是保有统一的强权，只是强权在家族中从一个系统转入另一个系统而已，此时的察合台系摄于拖雷系的如日中天，只能对其俯首称臣而无反抗之力。
“有运而无命”的哈喇旭烈兀在蒙哥的耳提面命之后，兴致勃勃地重新回中亚上任，但是竟然死在了路上，按照蒙古人由寡妻监国的传统，哈喇旭烈兀的寡妻斡尔哈纳在察合台领地主政。她是黄金家族家属中一位杰出的女性，被史书描写为聪明、美丽并有见地，她从1252年起直到1261年一直牢牢把控着察合台系领地的大权，并在这块地方保留着与汉地拖雷系完全不同的治理方式，即基本保留蒙古人传统的游牧管理格局，所以并没有出现类似于后来蒙元帝国本土或伊儿汗国本土那样高度集权化的封建制国家体系。
如果撇开忽必烈建立蒙古帝国、元朝“二位一体”体制的巨大成功的话，在1260年—1261年时，阿里不哥在整个帝国中的威望才是无与伦比的，这是因为两个主要原因，其一是意识形态或者生活方式的原因，从黄金家族整体来说，阿里不哥尽管出自拖雷一系，有受到察合台系、窝阔台系本能反感的一面，但相比忽必烈而言，还是一个可以接受的大汗人选，因为他拒绝被“汉化”，坚持按照比较落后的蒙古人传统方式生活；其二，阿里不哥是拖雷的幼子，并且被蒙哥生前按照蒙古人旧俗分封在哈拉和林，负责为蒙古人看守“家灶”和祖业。
所以，在忽必烈迅速以政治和军事两手准备继任蒙哥的时候，察合台系、窝阔台系多数仍然处于游牧状态的人们，还是把支持给与了阿里不哥。于是，这些人联手迅速指定察合台的另一个孙子、名将拜答儿之子阿鲁忽为察合台领地的继承人，并委托其防守阿姆河一带，以便阻挡忽必烈同盟者、当时实际占据着波斯、阿塞拜疆、亚美尼亚等地的旭烈兀对忽必烈的驰援。
阿鲁忽迅速于1261年从堂嫂斡尔哈纳手中接过了权力，也接过了经过堂嫂九年努力维护的阿力麻里到阿姆河之间的领地。阿鲁忽完全不是在哈拉和林向阿里不哥称臣时的光景了，他决心一改往日的“低调”，意图重振察合台系的雄风。
1262年（元世祖中统三年、南宋理宗景定三年），与忽必烈激战正酣的阿里不哥，以帝国大汗的身份派人去向阿鲁忽征收赋税和武器等物以加强自己的军力。本来，中亚地区的城市和农耕地区一直是帝国中央政府在直接管辖，和汗（皇）位争夺并无很大关系，黄金家族成员的领地也基本上都是牧场，但是阿里不哥把阿鲁忽扶上察合台系领主位置、以增强自己同盟力量的“一小步”，却没有想到这是黄金家族和蒙古帝国的“一大步”——阿鲁忽居然完全背叛了阿里不哥，他决意要利用后者和忽必烈的相争，来取得“渔翁之利”了，不仅杀掉了阿里不哥派去的使臣，而且公开以汗王自居，这在黄金家族史上可是开天辟地的大事，是第一个公开与帝国皇权分庭抗礼的人，也是察合台汗国之始。
察合台汗国的雏形或者说黄金家族皇权下一个相对独立的政治实体萌芽的出现，为已经打得不可开交的黄金家族故事又增添了新的内容。
