进中华门后，就是中华路。中华路上聚集着大量市民，街上的情形一片混乱，他们想经中山路、中山北路，出挹江门，到下关渡江。而另一个方向，从中山门，经中山东路，到中山路、中山北路，也聚集着大量市民。
1937年12月13日上午9时，中华路上的南京市民发现：从中华门方向过来一支部队，这支部队的士兵身材矮小，戴着钢盔，端着上了刺刀的步枪，背着行军包，穿着土黄色军服，为首的几个军官，拎着狭长的战刀。再近点，看到他们都留着胡子，虽然面貌跟中国人无异，但举着的太阳旗却如血光般刺眼，旗上横七竖八地写着一个个签名。
市民中有人突然喊了一嗓子：日本鬼子！
马路上的人群顿时失控。
陷落中华门后，负责主攻的第6师团绪方敬志大队被调到城外休整，联队长长谷川正宪派吉冈赖胜第2大队、江岛虎雄第3大队率先从中华门杀入南京。
最初进入南京的第6师团的日军士兵，还是比较紧张的，他们端着枪，每往前推进一步都小心翼翼。他们在大街上东张西望，但很快就肆意妄为起来。
与此同时，第16师团助川联队、野田联队一部（绕过紫金山从城北沿京沪铁路）和第6师团竹下联队（沿长江从西面上新河方向）向下关江边合击过来，大野联队则沿南京城墙开始“扫荡”。
杀戮最先出现在南京城墙上。
南京陷落后，从中山门到光华门、通济门阵地上被俘的中国士兵，被大野联队（第3大队第10中队，中队长古北光太郎大尉）集体刺杀。
13日南京陷落，我从中山门路过，在中山门的城墙上看到极其恐怖的情景：当时，中国俘虏们在25公尺宽的城墙上被排成一列。在他们面前，是端着上了刺刀的步枪的日军士兵。下令后，士兵们齐声大吼，冲着中国战俘的胸口或腹部猛刺。那些中国战俘一个个地被挑落城下，从身体中涌出的鲜血喷向空中……（《东京日日新闻》随军记者铃木二郎回忆）
此时下关情景极为混乱。退下来的士兵和难民的人数还在不断增加。但依旧没什么船只，这一道长江已成生死线！
逃难的市民们得知日军已经进城，正往下关杀来，人心大恐，秩序更乱，江边呈现出一幅末日图景：哭泣声、咒骂声、无望的呼喊声。南京市民抓住一切可以漂浮的东西跳入冬天的江中，江中人头点点，更有绝望者直接跳江自尽，以免受到日军的凌辱和虐杀。
12月13日午后，助川联队已追击到下关江边，亲自率领这个联队的是第30旅团长佐佐木到一。
退到江边的南京市代市长、代宪兵司令、警察厅厅长萧山令（保定陆军军官学校3期，湖南盖阳人）中将，指挥宪兵部队在江边与日军展开激战。
南京战开始前，宪兵司令谷正伦离开南京到武汉治病，萧山令以参谋长身份升任宪兵副司令，代司令职，后又代任南京市市长和警察厅厅长，率3个宪兵团（罗友胜第2团、陈烈林第10团、周竞仁教导第2团）和警察部队协助卫戍部队抗击日军。光华门危急时，教导第2团曾紧急增援，血战光华门，写下宪兵部队南京保卫战光辉的一页。
撤退开始，宪兵部队也涌向挹江门，但由于城门被沙袋堵塞，大家都出不了城。这时候，教导第2团第3营第9连代连长向斌在紧急中想到：这里有地道啊！第9连曾担任过南京城防检查的任务，所以对这一带地形很熟，向斌知道挹江门里的城道附近有条明代时修建的秘密地道。于是，他悄悄地带着全连士兵摸进地道，从地道出得城去，因为时间早（12日午夜），所以侥幸登上一艘渡轮。
萧山令中将没能走脱。
在撤退令下达后，萧中将布置宪兵3个团的撤退方案，一切安排停当后，作为南京代市长，他又带人将市政府所有机密档案烧毁，当赶到下关时已经是12月13日中午！此时助川联队已经攻到江边，萧山令和宪兵教导第2团团副黄观涛（黄埔军校6期，湖南宁乡）带身边的宪兵与日军死战，此时江中冲来日军汽艇，乱行扫射，萧中将身中数十弹而殉国。在下关之战中，殉国的还有黄观涛和掩护总队撤退的教导总队第3旅副旅长雷震（黄埔军校2期，四川蒲江人）。
南京陷落后，下关江边的一队中国士兵决定冒死向上游的上新河方向突围，12月13日凌晨5点遭遇日军第6师团竹下联队小原重孝第3大队第11中队拦截，激战3小时，毙杀中队长大园庄藏大尉，但中国士兵也死伤不少，前面提到的第87师旅长刘启雄就是在此战中被俘的。跟陈颐鼎分手后，他本想回城藏起来，但没能如愿，只好跟着这队人马往上新河突围，至此成为上海、南京战中中国方面被俘的最高军官，后变节。
残余的士兵跟随难民转奔水西门方向，途中又遭小原重孝大队主力截杀，被圈在了一个面粉厂前的广场。人群中有第156师士兵骆中洋。此时已是13日上午。按骆中洋判断，几乎有2万人被日军包围。因为作为士兵，在平时训练出操列队，对集中在一起的人数是非常敏感的。
日军持枪，三面包围，当年作为“樱会”分子之一的小原按刀上前，问中国军民想怎么死，是刺杀、砍头、焚烧，还是枪决？翻译将其译成中国话后，人群中一片哭号。这时候，小原的一个部下走到人群前，摸了摸一个青年的头，冲他招手：你，过来。
那名青年不知所措地刚往前走了几步，那名日军军官猛地反手一刀，将他的脑袋砍飞，血柱直射天空。
人群顿时炸了营。
此人就是小原大队的第12中队长田中军吉，这个鹿儿岛人现年32岁，官至大尉，有一把军刀，名为“助广”，当他得知第16师团片桐联队的两少尉野田毅、向井敏明搞“百人斩竞赛”，杀到南京后“成绩”是105比106时，不禁大笑。因为此魔自杭州湾登陆到现在，已连续劈杀300多名中国人。而且，在南京，田中保持着单个日军屠杀中国军民的最高纪录。
小原决定对中国军民进行刺杀。从前面开始，每10人一组，开始杀戮。后面的人群顿时骚动起来，有人试图奔逃，随即引来制高点日军机枪的扫射。混乱中，骆中洋藏进了附近的茅草房，深夜侥幸脱险！
1937年12月13日下午2时，日军第3舰队第11战队主力进至下关，国崎支队控制了长江北岸的重镇浦口；中华门、光华门、中山门上的日军士兵张开双臂进行狂呼；在东京本土，百万东京市民举着鲤鱼灯笼进行大游行，“祝贺南京陷落”。
这一天，留守在南京的美国人费奇在日记中写道：“我们在南京曾经度过的那些愉快、平静而有秩序的时光，我们曾拥有的对未来的美好憧憬，就此结束。”
南京陷落后，城南一度发生巷战，一些没逃出南京而又不愿当俘虏的中国士兵对日军进行了阻击。在13日下午，国府路上甚至有中国守军的坦克炮击一队搜杀而来的日军。零星的巷战一直持续到14日。
就在这时候，松井石根在苏州发出“分区扫荡败残兵”的指令。朝香宫鸠彦对上海派遣军下达的命令则是：“不留战俘。”这个命令是极端残忍的长勇起草的。长勇同时还兼着华中方面军参谋的职务，所以柳川平助那里也收到了杀掉全部战俘的命令。
南京城内的扫荡，主要由第16师团的助川、野田两个联队负责（后来包括第9师团伊佐联队）；城外的扫荡主要由第9师团主力负责。由于受阻光华门，第9师团的报复性行动十分残酷。仅12月14日一天，光华门外，该师团伊佐一男第7联队下属的一个不到180人的中队（第3大队第11中队，中队长中野寿一大尉），就分批刺杀了1700名中国战俘。在《金泽第9师团作战史》中更有这样的记载：“师团以右翼联队（伊佐联队）为主力，在城内进行扫荡，歼灭败残兵7000多名。”而且，伊佐联队曾第一个闯入“安全区”捕捉中国“便衣兵”。
末松茂治第114师团则在雨花台刺杀了1300多名中国战俘。
汉西门外，第6师团则屠杀了7000多名中国战俘、警察和平民。
在郊区的麒麟门，第16师团片桐护郎的联队屠杀了4000多名中国战俘。日军用机枪把中国战俘和平民环围起来，逼迫他们将炮弹炸开的坑继续挖大，有人意欲逃跑，当即被射杀。后来，日军的工兵队也加入挖坑的行列。几个大坑被挖好了，活埋开始了：中国战俘和平民被驱赶到坑里，日军开始填土，很多人身子被埋到一半，就已气绝身亡；有的埋到脖子时，人的面部已变成紫红色的，嘴里和眼里淌出鲜血。活埋后，日军士兵开始围着圈跑步，把土踩实，在有关南京梦魇的电影纪录片中可以看到这个镜头。
第16师团大野联队第4中队的中队长坂清，和四方藤造同时登上中山门。他有一幅浑身挂彩的照片，曾被登在东京的报纸上。但由于四方被地雷炸死，坂清就成了第一个登上中山门的日军。南京陷落后，他一瘸一拐地指挥自己的中队，在玄武门外射杀了300多名中国战俘，由于射杀时距离不到50米，所以血肉横飞，场面残酷至极。为了对比日本“三八”步枪和中国“中正”步枪的性能，这名中队长叫30名中国战俘纵行排成两队，日军士兵分别抵住每队最后一人的后背，然后同时扣动扳机，于是两队人倒下去，实验结果是：“三八”步枪洞穿12人，“中正”步枪洞穿14人。
日军之屠杀，开始变为游戏。
第16师团野田联队在太平门外屠杀了1300名以上的战俘，其中800多人被活埋，500多人被焚烧而死。该联队士兵大泽一男记述如下：
败兵被集中起来，用铁丝网围在城墙一角。城内的防空壕也挤满了人。我们拿来汽油，从城墙上向败兵的头上浇去。中国人似乎都死心了，一动不动……（松冈环：《南京战：寻找被封闭的记忆》）
到了12月15日、16日，日军的暴行更甚：
水西门外，第6师团冈本镇臣联队屠杀了2000多名中国战俘。
在汉中门外和煤炭港，第16师团将在司法院难民区搜捕到的南京警察、平民5000多人一同射杀。
鱼雷营，发生了第一次屠杀。山田支队在幕府山一带一举俘虏中国士兵14，777人。到15日，被俘虏人数已超过2万人。这些战俘被塞进多幢临时兵营。从15日起，日军开始屠杀，每次从营房拉出三四十人，在第一次屠杀中枪决了3000多人。
在鱼雷营随后又发生第二次屠杀，一次死难中国战俘7000多人。
中山码头的中国军民死难者达到5000人，屠杀者是中岛第16师团。江东门，屠杀仍由第16师团实施，遇难者超过15，000人。
1937年12月17日，日军举行了迎接华中方面军司令官松井石根的入城式。
松井入城前的15日，一贯我行我素的第16师团长中岛今朝吾自己搞了一个入城式。
中岛骑着马走在最前面，第二排是佐佐木到一、草场辰巳两个旅团长，后面是参谋长中泽三夫以及助川静二、野田谦吾、片桐护郎、青木国雄（第20联队长大野宣明在进攻南京途中得病被送回上海，由第3大队长青木代理联队长职务）四个联队长，再后面是师团司令部的参谋和一帮大、中、小队长们。
中岛搞完这个入城式后，上了日本报纸的头条，很多人以为华中方面军已经搞完入城式了，把松井石根气得不得了，马上下令：禁止各部队单独搞入城式。
在第16师团的入城式当日，被日军翻译描述为“高个子、红脸膛、像个野人”一样的第30旅团长佐佐木到一接受日本随军记者的采访，称：“应在南京发扬皇军武威，彻底摧毁中国军民的抵抗意志。”
这个“武威”，就是屠杀。
就是这个像野人一样的少将旅团长，在随后举行的宴会上拿嘴咬了他的顶头上司第16师团长中岛今朝吾。事情是这样的：入城式之后，中岛在中央饭店宴请他的部下，几杯酒灌下去后，佐佐木抱着中岛的手乱咬。
最后搞明白了原因。
在攻打南京时，中岛命令佐佐木旅团编成“支队”（助川联队、野田联队的一个大队），绕过紫金山向下关追击。而佐佐木认为，自己的部队应该是主力“追击队”，而不是侧翼“支队”（在日本人眼里，这两个称谓区别很大）。南京陷落后，上海派遣军司令部发奖状，只给了攻打紫金山的部队，而没搭理“在右侧苦战”的助川联队。佐佐木为手下出头，所以咬了中岛。
但第16师团的丑剧还没完。
还记得前面说的么，攻打紫金山时，大野联队和野田联队（两个大队）都向上攻，唯有被放在中央的片桐联队出现“迂回后退”的情况，中岛为此跟片桐护郎闹了起来，叫片桐从前线下来负责预备队，而临时任命该联队第1大队长青柳少佐到一线指挥。“满腹委屈”的片桐在宴会结束后，喝得也高了，再加上这两天一肚子火（南京陷落后，他的部队住进中央军校宿舍，但没想到被更“厉害”的内山英太郎的野战重炮兵部队给赶了出来），于是就想发在中岛身上，冲过去要揍他，幸好被自己的副官抱住了。
在12月17日的入城式上，松井石根终于现身南京了。身材矮小的他骑着马走在最前面，身后是上海派遣军司令官朝香宫鸠彦亲王、第10军司令官柳川平助中将。第三批，是华中方面军参谋长塚田攻少将、副参谋长武藤章大佐、上海派遣军参谋长饭沼守少将、第10军参谋长田边盛武少将、第6师团长谷寿夫中将、第9师团长吉住良辅中将、第16师团长中岛今朝吾中将、第114师团长末松茂治中将、第13师团支队长山田栴二少将、第3师团先遣队长鹰森孝大佐、第101师团第101骑兵联队长大岛久忠大佐。第四批是各师团的旅团长、联队长，以及华中方面军、上海派遣军、第10军的作战参谋们……
海军则在第3舰队司令官长谷川清中将、海军特别陆战队司令官大川内传七少将、第11战队司令官近藤英次郎少将等人的带领下，从挹江门入城。
但这还没完。在松井率司令部成员进入南京后不久，中山门方向又出现几名骑马的日军军官。为首骑白马的不是别人，正是爱惹是生非的桥本欣五郎。几天前，他擅自下令炮击了长江中的英美军舰（给松井惹了麻烦）。这一次，他带着几名部下，在没请示过任何上级的情况下，擅自由芜湖方向来到南京，为的是“见识见识”中国的首都。
在整个入城式上，有一件奇事发生：
仪式开始前，所有日本随军记者都接到华中方面军司令部的一个命令：摄影记者不许拍摄第10军司令官柳川平助的单人照片，如果在合影场合必须拍，那么发表时不能露出他的脸，文字记者在报道中也不许提柳川的名字。结果是，在日本国内的报纸上，所有该提柳川名字的地方，都用“某某司令官”代替，有的报纸干脆把柳川写成“蒙面将军”；而入城式合影中涉及柳川的照片，其脸部被涂成灰色，仿佛打上了马赛克。日本随军记者一头雾水。或许是来自东京统制派的封杀？但这样的猜测毕竟不靠谱。真相又是什么呢？直到现在仍没人能说清。
入城式开始前，一次大屠杀刚刚结束。
