麦克阿瑟与新总统杜鲁门实际上没有直接交往，这和他与胡佛和罗斯福总统的关系完全不用。他们两人——一个是心中早带有敌意，另一个极其小心谨慎——开始的关系就很糟。在“密苏里”号战列舰上的日本投降仪式在美国有实况直播。这项仪式的正式的程序在甲板上结束后，麦克阿瑟来到下面，坐在麦克风前，做了20分钟的广播，时而穿插着向美国民众发表充满激情的演讲。“今天，战火的硝烟已经平息，”他语调缓慢，“一场巨大的悲剧已经结束，我们获得了一次伟大的胜利。”他说话的方式正是民众想要听到的解决的方法。但现代武器的破灭性力量意味着这样的岁月过去了。“这是我们最后一次。如果我们现在尚未发明出某种更大、更有效的制度，一场大规模战争会很快摆在我们眼前。”解决问题的唯一希望就是人类向更高阶段发展。“如果我们要拯救人类，我们必须本着这一精神去做。”
麦克阿瑟曾为这次演讲绞尽脑汁，并预计会有数百万的听众。他没有估计到的是杜鲁门总统会抢了他的风头。就在投降仪式结束后，总统就通过广播发表了一篇炉边闲聊。就在他结束的时候，麦克阿瑟接着讲，那充满激情的演讲失去了感染力，听众心不在焉，并没有听他的演讲，也没有鼓掌，令他感到丢脸。
同时，美国政府正设法遣散巨大的战时的陆军部队，主要包括义务兵。但美国政府又不打算解除美国的武装，他们设法说服国会继续执行选征兵役制，即使战争已经胜利。当时政府发言人提出的理由是美国要在未来不确定的时间内在德国和日本驻扎大量部队。
不管是美国陆军部还是白宫都没有人就当时发生的事向麦克阿瑟提出建议，或是在将日本作为例子之前设法让他了解情况。即使这样，麦克阿瑟还是十分清楚当时发生的事。不相信国会会继续执行征兵制（事实上国会的确没有执行）。没有任何人找他商量，他也觉得没理由自寻烦恼来阻止一定会失败的事。相反地，他希望自己远离这些。麦克阿瑟宣布，在未来的六个月，他只需要20万人，而不是现在这样，他的司令部掌管着50万人。
杜鲁门总统认为那些企图破坏他要在和平时期确保征兵制实施的种种努力是不可饶恕的，对此他感到很生气。他愤怒地通知他的部下，“我要整整那个家伙。”几天后，代理国务卿迪安·艾奇逊公开指责麦克阿瑟。他承认征兵是个说军事问题，确实不在国务院主管权限之内。但他并没有就此作罢，而是接着宣布“占领军是是执行政策的工具，而不决定政策……为执行这项政策所采取的任何措施都将付诸行动。”
记者和政客中有一种看法，毫无疑问的是，认为艾奇逊是特地公开斥责将军。这样一来就激怒了国会中麦克阿瑟在的仰慕者，而这位将军又受伤又惊讶。自1901年陆军部长伊莱休·鲁特批评陆军将级司令纳尔逊·迈尔斯以来，这种事还未在任何一位美国军官身上发生过。而且上述例子中，是迈尔斯挑起事端，在国会的一个小组委员会上直言不讳地攻击鲁特引起的。麦克阿瑟的报告可能是有些失礼，但他很小心地没有直接或间接地指责任何人。
艾奇逊的斥责使他怒不可遏。他确信，像艾奇逊那么冷静又聪明的人绝不会对他做出这样的事，除非是在总统命令他这么做，因此他感到更加痛苦。麦克阿瑟给陆军部发的电文中写道，据他所知，他“将尽快采取措施与陆军部宣布的遣散军队的政策取得完全一致。”关于这一点，他所说的是真话，美国政府将日本作为继续进行征兵的理由之前，并没有取得他的支持，是美国政府疏忽了。
杜鲁门总统确信是时候让麦克阿瑟回国看看了。这位将军似乎对他自己的国家失去了情感上和表面上的联系。和其他获胜的指挥官一样，麦克阿瑟应会印染接受这个国家对他在战争中的功绩表示出的感谢之情。马歇尔正式给麦克阿瑟一封电报，建议他回美国看看，并补充道，既然战争已经结束，陆军需要他在国会上就军事需求作证。麦克阿瑟确信这封电报并不是来自马歇尔，而是杜鲁门总统。
总统的请求并不没有以命令的形式提出。上面写道，“我建议你回国卡看。”但正如在军队服役的任何一个人都知道，尽管电报的文字彬彬有礼，但由你指挥官提出的建议实际上就是命令。麦克阿瑟自己也不喜欢直接下达命令。不管是对一个勤务兵还是一位集团军司令，他通常都是认为某种想法不错，要么就问对方采取诸如此类的行动是否可行，要么就是提出一个建议。他对这封电报的回复是不可饶恕的。他在给马歇尔（暗示就是总统）的电报中直截了当地表示不回去，他说，现在日本的情势“相当危险”，但并没有给这个论断任何证据。
在二站期间，马歇尔和罗斯福总统常常离开华盛顿。他们不在首都期间，战争继续。在诺曼底登陆的兵力集结阶段，艾森豪威尔回美国待了10天，大反攻照旧取得成功。如果麦克阿瑟离开日本两周，占领日本可能陷入混乱，这种说法是是站不住脚的，也是荒谬可笑的。
事实上，麦克阿瑟确实掌握着日本的命运。他可能还担心，如果他真的离开日本两到三个星期，而他不在的时候没发生什么事，那杜鲁门就会认为没有麦克阿瑟也能行使占领。这样一来，便有可能是要他、退休的前奏。
还有别的原因。一是他还是不喜欢坐飞机，而去华盛顿要花三天时间，大部分时间都在飞机上。他曾开玩笑地说，如果飞去华盛顿只要12小时，那他很乐意飞去。
然而，他之所以拒绝杜鲁门的邀请，更令人信服的原因是他害怕和杜鲁门直接交锋，并不是什么不愿意坐飞机、。“他可能讨厌我，”麦克阿瑟愁眉苦脸地告诉艾克尔伯格。随着年纪大了，麦克阿瑟和大多数人一样，讨厌小题大作，不喜欢紧张气氛和公开争论。他还是把名誉和权力看得很重，但对于平静生活的愉悦也越来越向往。另外，这些天，他和皇室成员以及吉田茂等文化修养很高的人交往很密切，相比之下，奎松那班人看起来像是没有教养的人。随着自己步入老年，麦克阿瑟养成了一种自我意识，把自己看作是美国南北战争之前那种南方绅士，很有教养，无可挑剔的端庄举止，就刑一个没有受封的贵族。他制定的一些制度是有意要造成一种平静详和的气氛，把军事效率和情趣高尚的安宁融合到一起。他不想和杜鲁门会晤是因为那有可能要冒着坦率交换看法的风险。谁知道这种坦率会导致什么结果呢？
杜鲁门不得不派陆军部助理约翰·麦克洛伊去向麦克阿瑟个人汇报，说明政府对日本和战后美国陆军的想法。麦克洛伊曾在战时为史汀生解决了很多棘手问题，而且不是麦克阿瑟的崇拜者，然而如果杜鲁门期待麦克洛伊能让麦克阿瑟安分守己，那他肯定要失望了。麦克洛伊曾是华尔街律师，他坚忍不屈，意志坚强，打动他并不容易。他看不起麦克阿瑟那些人，并且五年时间来他不断听到马歇尔和史汀生谈论麦克阿瑟的种种缺点。1942年，他还亲自反对麦克阿瑟授予荣誉奖章。然而，经过十一个小时的谈话，似乎让麦克洛伊的观点彻底改变。他们激烈地争论麦克阿瑟拒绝让苏联在占领政策中立足，而麦克洛伊离开麦克阿瑟办公室时十分惊讶。“我的上帝！”麦克洛伊在穿外套的时候小声说道。“这是怎么搞的？他比我在战争前看到他的时候，看起来更健康。比他担任参谋长的时候更具有魅力。真了不起！真了不起！”
一年后，杜鲁门总统再次想让麦克阿瑟回国看看。这次他让他的军事顾问哈里·H·沃恩少将给麦克阿瑟写了一封信，邀请他回国短期访问。沃恩曾在澳大利亚时曾是麦克阿瑟的手下，是布里斯班的陆军宪兵司令。杜鲁门可能认为这种私人的联系会有所帮助。另外，当时对日本实施占领已经一年多了，日本的局势也更为稳定。“总统要我劝您考虑（回国），他认为既十分适当又很及时的，”沃恩在信中这样写道。麦克阿瑟再次声称目前的情况不允许他离开。这一次，杜鲁门总统本应直接下令让他回国，但他没有这么做。他再次放弃自己的初衷，只会让麦克阿瑟更加瞧不起他。
在这期间，麦克阿瑟不得不统管日本占领的工作，而他知道他不可能从总统那得到任何公开支持。他能继续做盟军最高司令这一职务的唯一机会就是把占领工作做好，这样杜鲁门总统就找不出解除他职务的借口，如果杜鲁门硬要这么做的话，就可能在公共关系方面出大乱子。
虽然麦克阿瑟和杜鲁门总统的关系不断恶化，但他和陆军部的关系却有所好转，那是因为艾森豪威尔继承马歇尔成为了参谋长。艾克的升职让他们重修旧好，这是1939年他们在马尼拉码头上分手时不曾料想过的。
尽管麦克阿瑟有时忍不住要批评艾克几句，艾森豪威尔也会讲麦克阿瑟的坏话。但事实上他们之间有很强的情感联系，就算有摩擦，他们的感情始终维系着。艾森豪威尔成为参谋长后，经常给麦克阿瑟写信，或发电报来征求他的意见。内容包含有奖章颁发的政策，在菲律宾设定长期基地是否值得，哪些战斗指挥官应当得到五角大楼的高级职务，如何向陆军部人员证明他们海外战区访问是值得的，陆军的规模和高效性如何保持等等。
尽管艾克对于麦克阿瑟实施的巴丹战役的颇有微词，但他对于麦克阿瑟在新几内亚战役和菲律宾战役中只有崇拜之情。他曾对鲁修斯·R·霍尔布鲁克少将说这些战役是“历史上无人能匹敌的。”在日本投降一周年上，艾森豪威尔亲自致电麦克阿瑟，“在战争的黑暗时刻，尽管困难重重，您的军事领导才能还是不断得到证明，鼓舞着全世界自由的人们奋进……在这具有纪念意义的一天，我及陆军全体官兵向您致敬。”他还发过一些私人电报，比如1946年2月8日的这一封，写道，“有个人刚刚来我办公室，要和我约2月21日的依次活动。我的脑海突然闪现，这一天是小亚瑟的生日，所以我马上写下这封电脑，希望能来得及和他说一声‘生日快乐’。”
麦克阿瑟友好地回信。在国会主张和平时期要裁减预算的热潮中，他赞同艾森豪威尔为保护陆军做出的种种努力。他说，“你现在所面临的陆军缩编的局面让我想起了20世纪30年代初发生的很多事情，那时为了挽救陆军的残存的力量和核心部分一起奋斗。尽管现在物是人非，但不要气馁，也不要为在这众多的小冲突中失利而担心。”1946年，他还给艾森豪威尔寄去生日的祝福，“亲爱的艾克，祝你年年有今日，岁岁有今朝。以后的每一年都成功和幸福。”
1946年5月，艾森豪威尔决定去远东的途中到日本做短期访问。当麦克阿瑟的日语翻译福拜昂·鲍尔死少校把宣布艾克来访的电报放在麦克阿瑟的桌上时，这位将军的下意识反应是替艾克担心。“简直糟透了，”麦克阿瑟说道，“他是自找麻烦，我希望他不要遇到什么麻烦。那个人啊，就会被喧闹的人群保卫，没法静静地坐下来干他的工作，还得四处赴宴。”然而，但在给艾克发的电文中写道，“我带着十分欣喜的心情和期待您的到来。”
艾森豪威尔是对不止一次宴会做出良好评价的为数不多的来宾之一。简和这位将军为他举办了正式的午宴。宴会一结束，麦克阿瑟便送走了其他客人，把艾森豪威尔带到了大使馆的书房。他们在那里叙旧谈心，亲热地争论了一个多小时，他们中谁应该竞选总统。艾森豪威尔告诉麦克阿瑟，他绝对应该要争取1948年共和党提名。“我年事已高，”麦克阿瑟坚持这样认为，反而敦促艾克竞选总统。他们围绕这个话题一直谈到凌晨1点。两个人其实都对竞选总统很感兴趣，却谁也不肯向对方承认这一点。
两年后，艾森豪威尔总参谋长任期将结束，他又想到了麦克阿瑟。这位陆军首脑在即将卸任并准备退休前所做的最后一件事就是给他过去的尊师写了一封信，“再过20分钟，我就从总参谋长的职位退休了。我借此机会给您写信，一是因为我突然想起我在陆军的那些年里，我在您直接领导下的时间比任何人都长。二是因为一些记者在设法证明我和你是死对头……”接着他向麦克阿瑟保证，他曾尽力纠正记者们的误解头。“我告诉他们，我希望您和我一样珍惜我们的过去的友谊。”
几乎可以肯定是，麦克阿瑟是珍惜这份友谊的，但他是否和艾克一样珍惜却是值得商榷的。对其他军人，如果他的经历中没有加入火药的气味与惨死的景象，那么麦克阿瑟对其的尊敬是决不回完全的。艾森豪威尔从没有上过前线，也没有向任何人射击过，也从未被别人击中过。这一直是艾克本人的痛处，他看起来也羡慕其他打过仗的军人。因此，尽管麦克阿瑟个人喜欢艾森豪威尔，并承认他作为参谋的杰出才能，却很难从心底里对他产生全面的钦佩。艾森豪威尔也清楚这一点。如果他看不透麦克阿瑟的心思，他就不可能和麦克阿瑟如此亲密，如此长久地共事。他们之间的关系不是真正意义上平等的，这倒不是因为艾克曾在麦克阿瑟手下工作，而是因为艾克从没有获得一枚因为英勇杀敌而被授予的勋章。“他从没有在欧洲战场上打过仗，”麦克阿瑟对鲍尔斯说，“他让手下的将军在战场上为他而战，幸运的是，他有巴顿将军。”
麦克阿瑟在日本最为亲近的军官是考特尼·惠特尼，他接近麦克阿瑟的机会比其他参谋加起来的时间都要多。惠特尼有预备役军衔，他就像大多数预备役军人那样，他服现役的历史随着战争的结束而结束了。不久之后，麦克阿瑟就把他召了回来，委任他为现役军官，还授予了一颗星。他身材矮胖，圆脸，曾经有人把他描述成“留着胡子的猪”。没有人能比惠特尼对麦克阿瑟更忠诚的了。这不管是深度还是广度上对他的崇拜都令人感动，甚至有那么一点卑躬屈膝。不管他和麦克阿瑟关系多亲密，他都希望能更进一步。他甚至还编造了一些两人共同经历的往事。
比如，惠特尼曾声称，当麦克阿瑟在莱特湾登陆时，上衣口袋里装着惠特尼的怀表。而仔细仔细麦克阿瑟那张涉水上岸的照片，不难发现是有什么东西在他左胸的口袋里，那是他的烟盒。惠特尼并没有参与林加廷湾的登陆行动，这件事让他很受伤。弥补这一遗憾的方法是在麦克阿瑟在林加廷涉水上岸的照片加以修改。他把自己的头粘在麦克阿瑟副官之一拉里·莱尔巴斯的苗条身材上。他很喜欢在客人面前展示这张假照片，并回忆那段伴随在麦克阿瑟身边涉水上岸回吕宋的场景。他知道麦克阿瑟十分珍重打过仗的军人，因此，他甚至声称有人提名授予他荣誉勋章。这只是他的想象，和大多数其他想象一样，听起来有点悲哀。
