然而，阎锡山却也留有遗憾，他生病期间，曾对一直陪侍在侧的贾景德说，他痛惜自己不能追随“总统”“回大陆去，而深感遗憾”。阎之所云“回大陆去”，并非指他死后将其遗骸送回大陆去，能魂归故里，而是指未能与蒋介石“收复大陆”，“重整山河”。这充分说明，阎锡山即使行将就木，仍挂念着“党国大事”，仍心系于他的未竞事业。
但阎锡山对他身后之事的安排，却不甚在意，未向当局提出任何要求，只是遗嘱其家属七点：一、一切宜简，不宜奢；二、收挽联不收挽幛；三、灵前供无花之花木；四、出殡以早为好；五、不要放声而哭；六、墓碑刻他的思想日记第100段及第128段；七、七日之内，每早晚各读他选作之《补心录》一遍（台北《中央日报》1960年5月24日）。
他所说的两段日记分别是：
“义以为质，礼以行之，逊以出之，信以成之，为做事之顺道，多少好事，因礼不周，言不逊，信不孚，致生障碍者，比比皆是”。“突如其来之事，必有隐情，惟隐情审真不易，审不真必吃其亏。但此等隐情，不会是道理，一定是利害，应根据对方的利害，就显求隐，即可判之”（贾景德：《阎故资政锡山事略》（附录））。这或许是阎锡山对自己一生做人处事，观察事物，化解矛盾的经验之谈，并以之告戒后人，但究竟是什么意思，就不好妄作评断了。
阎锡山生前还自作挽联数幅，嘱家属在他死后，贴在指示处。
灵前的挽联是：“避避避，断断断，化化化，是三步工夫；勉勉勉，续续续，通通通，为一等事功”，横幕是：“朽瞋化欲”。
檐柱前的挽联是：“摆脱开，摆脱开，粘染上洗干净很不易；持得住，持得住，掉下去爬上来甚为难”，横幕是：“努力摆持”。
院中挽联是：“有大需要时来，始能成大事业；无大把握而去，终难得大机缘”。横幕是：“公道爱人”。
院门挽联是：“对在两间，才称善；中到无处，始叫佳”，横幕是：“循中蹈对”（贾景德 ：《阎故资政锡山事略》附录）。
檐柱前、院中和院门的挽联，人们还比较容易理解，而灵前的挽联，有人则认为阎锡山对六个字个作三次重复，特别强调，表明了阎氏一生立身处世的原则方针，建立事功的过程次序。因此，自避而断而化，由勉乃续乃通，也可说是阎锡山这位民国杰出政治家的生平写照（台湾：《阎锡山传记资料》（一），第31页）。但也有人说这是阎锡山在“故弄玄虚”。
阎锡山去世后，贾景德亲自为其作了长3000多字的墓表，称：综合平生，一本为人类谋幸福，替造化表功能之旨，尽责任致效用，孜孜不息，日无暇晷。早岁从事革命，辅建民国，身置军政重任四十余年，谋国之忠皎如日星，爱党之忧坚如金石，惠民之政沛若霖澍，研理之精贯通天人，济世之怀老而弥笃。应时变迁，创树良多，而覃思远识，定力尤有过人者，故临大事而能断，当大难而不乱，秉大节而不移，可谓扶天地正气之完人也矣（《阎锡山年谱》（六），第2556页），同时，还给阎撰写了墓志铭，由钱大钧篆盖，李鸿文书写。
阎锡山去世后，其旧属及山西籍旅台人士，在台北组织了“阎锡山纪念会”。台湾中国国民党、中央党史委员会、国民政府国史馆等单位，不仅召开座谈会，口述阎锡山之事迹，而且把阎作为民国的一个重要人物加以研究。
1982年、1992年，台湾“阎锡山纪念会”，分别举办了阎锡山百年诞辰和110年诞辰纪念大会。在百年诞辰纪念时，时任台湾国民党总统的蒋经国曾为阎题字：“永念耆勋”，与其父蒋介石所送之“怆怀耆勋”匾额相呼应；前“总统”严家淦、资政郑彦棻、国史馆馆长黄季陆等都在纪念会上作讲演。每次诞辰纪念，“阎锡山纪念会”，还将会议上的发言加以整理，编辑出版。同时，纪念会还组织人力，收集、整理阎锡山的有关资料，并编辑成册，供人参阅。以种种方式，表达对阎锡山的怀念。
3、一生功过是非，众说纷纭，以史实为根据，自有公论
生于清季之末的阎锡山，历经清朝、北洋政府、国民政府三朝，参加过辛亥革命、军阀混战、北伐战争、抗日战争和解放战争，又目睹了台湾政坛的更迭和五十年代世界风云的变幻。他担任过清军的标统、山西都督、督军及省长。国民政府时期，历任过国民政府委员、内政部长、蒙藏委员会委员长、陆海空军副总司令、军事委员会副委员长、太原绥靖公署主任、第二战区司令长官、行政院院长兼国防部长、总统府资政和国民党中央委员会评议委员。如此资历之深，权势之大，又经多见广，阅历之丰者，在与阎锡山同时代中者，确属少见。而他的所思所想，所言所行，所作所为，又不同程度地对山西乃至中国社会产生过相当作用和影响。因此，对辛亥革命史、民国山西史和中华民国史的研究，都不能不涉及到阎锡山，这是一块绕不过去的“礁石”，也因此就不能不对阎锡山的功过是非，进行种种议论、评判。
实际上，对于阎锡山的议论评判，自阎锡山当政以来就已有之，时起时伏，绵延不绝。他去世后，这种议论评判仍在继续，阎锡山的旧属和台湾一些学者，在这方面表现得相当活跃。在大陆，自“以阶级斗争为纲”的时代结束后，随着解放思想、实事求是思想路线的不断端正和对近代史研究的日益深入，涉足阎锡山研究的人员，也日渐增多，并且有不少论著问世，甚至有些外国学者，亦参与其中，各抒己见。
阎锡山终其一生，既做过不少有益于国家和民族进步发展的事情，也做过许多有害于国家和民族发展的事情。因此，功过是非兼有，并非像其旧属所说的：“扶天地正气之完人”，或是一些学者所谓的“德功言千秋不朽”，也非如大陆上不少论著中所说的“罪大恶极”，“反动透顶”，似乎一无是处。存在这些不同的或截然相反的观点，是完全可以理解的。因为所有论者、评者，都不可避免地要受到他所处的环境与时代的局限，以及因自身学识素养的限制，而对阎锡山那个时代的社会内容未能全面了解，对阎锡山其人其事的有关史料又缺乏深入地挖掘和研究，致使对阎锡山的议论评判，或不够理性，带有浓厚的感情色彩，或以偏概全，或极端化、绝对化，不够客观公正。
历史不能重复，只要将阎锡山置于他当时生活的那种历史环境之中，结合当时中国社会的性质，中国社会的主要矛盾，中国社会的政治、经济结构和思想文化状况，世界形势变化对中国的影响，以及阎锡山所受的教育，他的信仰，他的经历及其当政后所代表的阶级利益等等主客观方面的情况，再考察一下阎锡山所思所想的主旨，他所作所为的动机，他的种种作为对山西和中国社会主要矛盾的解决，对中国社会的变化所产生的作用和影响，又是些什么，就可以清楚，在当时中国那样一种比较特殊的社会条件下，在社会各种矛盾错综交织，纷纭复杂，而各个阶级，各种政治力量为维护自己的利益并寻求更大的发展，相互争斗异常激烈的情况下，要想让阎锡山一直就顺应时代潮流，始终沿着中国社会正确的发展方向前进，是完全不可能的。阎锡山是这样，其他人也是如此。阎锡山从对自己及其统治集团和整个阶级的利害的权衡中，从对国家民族的独立解放和繁荣昌盛的考虑上，有些时候，在特定的历史条件下，他能顺应时代潮流，但有些时候则不能顺应，甚至逆流而动，背离了中国社会前进的正确方向。因此，对阎锡山功过是非的评判，既要从时代潮流和中国社会发展方向的宏观上加以把握，也要对具体问题具体分析，不可笼而统之，或一概而论。
纵观阎锡山的一生，他对山西和中国社会的进步发展，在不少方面是有所建树，并发挥了重要作用的。这主要是他在山西辛亥革命、北伐战争和抗日战争中对封建主义和帝国主义的斗争，以及为振兴山西所作的不懈努力。
以孙中山为代表的中国资产阶级进行的旧民主主义革命和中国共产党进行的新民主主义革命，都把反对帝国主义和封建主义作为了自己的革命任务。因为帝国主义和封建主义是导致中国沦为半殖民地半封建社会的根源，是中国社会前进发展的主要障碍，只有解决这两个存在于中国的主要矛盾，中国才能走向民主、独立。因此，对反帝反封建的民主革命持什么态度，就成了衡量每个阶级、每个政党和每个人是否推动中国社会前进发展的一个重要标准。
阎锡山在辛亥革命中是做出了突出贡献的。他从日本留学回国后，即利用其职务之便，运动新军，联络同志，筹划起义。辛亥武昌起义后，当清山西当局加紧防范，情况突变时，是阎锡山当机立断，决定提前发动起义，在他和同志们的精心部署下，经过激战，终使太原辛亥起义成功，光复省城。之后，又与吴禄贞组织“燕晋联军”，准备截断南北交通，进击北京，直捣清廷。太原首义成功，使清廷深感肘腋之患的严重，而燕晋联军的计划，更使清廷运兵前往南方镇压革命受到了严重威胁。后来，虽然由于联军失败，清军又重兵压境，阎锡山为保存革命力量不得不放弃太原，转战于内蒙古绥包一带，但山西革命造成的震动和影响则是巨大的。正因为如此，孙中山对阎锡山和山西辛亥革命，予以了很高评价。可以说，这是阎锡山一生中最为光彩的一笔。
辛亥革命虽然结束了中国几千年的封建专制主义，但革命的胜利果实却被袁世凯窃取。以袁世凯为首的北洋政府，穷兵黩武，镇压革命，勾结帝国主义。袁氏称帝失败后，北洋政府各派系军阀又争权夺利，相互攻伐，使国无宁日，民不聊生。因此，广州革命政府兴师北伐，铲除这些封建余孽，就成为众望所归，民心所向。北伐开始后，在南军尚未北上的情况下，阎锡山凭晋绥军孤单之力，在北方首先采取了军事行动。当北伐进行之际，因宁汉之争等原因，蒋介石被迫下野，北伐眼看有夭折之虞时，阎锡山又多方周旋，促请蒋介石复出，蒋复出后，阎又要求由蒋统一兵权、统一指挥，在全国上下的积极支援和各路北伐大军的奋勇拼搏下，北伐取得胜利。这其中，阎锡山的作用是显而易见的。对于阎锡山在北伐战争中的作用，在以往的民国史研究和有关阎锡山的研究中，几乎没有提及，这实在是说不过去的。
