武则天如愿以偿地登上了皇后之位后，先是提拔了李义府、许敬宗等人，接着就开始清算宿敌。在她的指使下，褚遂良一贬再贬，不久死于任上。褚遂良等人相继被贬后，长孙无忌在朝中势孤力单。武则天见时机成熟，便对长孙无忌开刀。
显庆四年（659），有人告发太子洗马韦季方欲行不轨之事。李治让许敬宗参与审理此案。许敬宗趁机诬称长孙无忌和韦季方意图谋反。李治起初不信，但最终被许敬宗的诬陷之言所迷惑，以“图谋不轨”的罪名将长孙无忌贬为扬州都督，流放到黔州（今四川）。同年七月，李、许敬宗等人受命复查长孙无忌谋反案。许敬宗派其同党袁公瑜赴黔州审问长孙无忌。袁公瑜到黔州后，即刻逼长孙无忌自缢，其姻亲大多被谪徙，同党或被杀或被流放。至此，武则天基本完成了对朝中宿敌的清洗。
对于改立太子的问题，武则天根本不用出手，太子李忠便因畏惧她的权势，主动请求逊位。显庆元年（656），武则天所生的长子李弘被立为皇太子。如今，她在后宫中的地位已是牢固不可动摇了。
武则天还是昭仪的时候，偶尔曾对一些政事提出过自己的见解，颇得李治赏识。因此，显庆五年（660），当李治生病，精神衰弱，无法正常处理政务时，便将朝中政事交给了武则天审批裁决。武则天聪明敏慧，涉猎文史，处理政事妥当合理，深受李治赞许。
但武则天在协助李治处理国事的过程中，逐渐变得专断，不再如以往那样百依百顺。同时，她还积极树立自己的权威，大有凌驾于高宗之上的趋势。高宗李治对此也有所察觉，便想伺机夺回失去的权力。
麟德元年（664），武则天秘密召道士郭行真入宫施行巫术。宦官王伏胜向高宗汇报了此事。高宗大怒，立即秘召近臣上官仪入宫商议如何处置武后。上官仪说：“皇后专权，早已为天下舆论所不容，我看应该立即下诏，把她废掉。”李治点头称是，立即命上官仪草拟诏书。武则天得到消息后，匆匆赶来向李治分辩。废后之意不过是李治在气头上的决定，听完武则天的辩护，立即后悔了，为了给自己找个下台阶，他对武则天说：“我初无此心，皆上官仪教我。”武则天对上官仪由此心生怨恨，不久便让许敬宗捏造上官仪和废太子李忠图谋反叛的罪名，一箭双雕，不仅将上官仪处死，还赐死了废太子李忠。
从此，高宗上朝议事的时候，武则天便垂帘于后，“天下大权，悉归中宫，黜陟、杀生，决于其口，天子拱手而已”。朝廷政事，武后俱参与裁决。
自从废后风波后，武则天产生了强烈的危机感。她意识到自己的皇后地位完全取决于李治的一句话，是立是废，全掌控在他人手中。从此，她更加注意在朝中培植自己的势力。武则天首先想到了自己的两个同父异母的兄长武元庆和武元爽。虽然兄弟俩曾经苛刻地对待她们母女，但到底是血亲，武则天于是表示希望和解，以共同巩固武家的地位。谁知元庆、元爽竟然不屑一顾。武则天一怒之下将他们派往边远地区任官，然后将希望放在了姐姐韩国夫人之子贺兰敏之的身上。然而这个贺兰敏之是个好色之徒，不仅逼奸了李治和武则天打算选为太子妃的名门闺秀，还奸淫了武则天幼女太平公主的侍女。武则天怒极，将贺兰敏之流放，并派人在途中用马缰绳勒死了他。此时武元庆、武元爽已死。咸亨四年（673），武则天将武元爽之子武承嗣召回京城，委以重任。从此，以武承嗣为主的武家外戚势力开始膨胀发展起来。
“第一才女”上官婉儿
上官婉儿（664～710），上官仪的孙女。上官仪得罪武则天被诛后，刚刚出生的上官婉儿和母亲被充入宫中为奴。上官婉儿天资聪慧，饱读诗书，擅长写诗作赋，又生得貌美如花，端庄秀雅，14岁时受到武则天的赏识，掌管宫中诏令。自此，武则天所发布的诏制，多出自其手笔。上官婉儿甚至一度被时人称为“内宰相”。中宗复位后，上官婉儿被拜为昭容。在她的建议下，中宗设立昭文馆，广召天下文人学士。上官婉儿多次与善诗文的大臣们赋诗唱和，评论大臣所做之诗的优劣，还常常代替中宗、韦后和安乐公主做诗。景龙四年（710），中宗被韦后、安乐公主毒杀，上官婉儿和太平公主一起草拟遗诏。临淄王李隆基发动政变，杀死韦后及其党羽，上官婉儿同时被杀。
上元元年（674）八月，李治被尊为天皇，武则天被尊为天后。同年，武则天向李治建言十二事：一、劝农桑，薄赋徭；二、给复三辅地（免除京畿地区徭赋）；三、息兵，以道德化天下；四、南北中（即全国）尚禁浮巧；五、省功费力役；六、广开言路；七、杜谗口；八、王公以降皆习《老子》；九、父在，为母服齐衰三年；十、上元前勋官已给告身（委任状）者，无追核（不再复核取消）；十一、京官八品以上益禀入（增加俸禄）；十二、百官任事久，才高位下者得进阶申滞（得越级提拨）。高宗都一一下诏施行。
