国民党败退台湾初期，步入不惑之年的蒋经国在其父的精心设计下，行走于特工、军队、党务与行政各个要害部门。经过22年的历练，终于在70年代初爬上了“阁揆”的宝座，70年代末完成全面接班。蒋经国能够顺利接班，并将台湾带入一个现代社会，均与他在蛰居时代的历练有关。
涵碧楼思过
蒋介石父子抵台当日，成都已是红旗飞扬。此刻想到脱险只差数小时，确是“心有余悸”。两天后收到西昌告急电报，蒋介石坐卧不宁。12月17日，蒋氏父子得悉毛泽东已于当日赴莫斯科，中苏友好联手对付帝国主义和一切反动派已成定局。万般无奈的蒋氏父子除了安慰陆续退台的高级将领与党政要员外，就是商讨如何防守海岛问题。
12月24日，圣诞节前夜，信奉基督教的蒋介石夫妇率领全家于上午9时50分，自台北往日月潭，住在幽静的涵碧楼。圣诞节之日，蒋氏父子散步于林中，回想西安被扣与此次大陆惨败，虽对前途表示绝望，但其极端固执的性格又使其要学克劳塞维茨，从头做起。蒋介石在当日日记中写道：
“从前种种譬如昨日死，今日种种譬如今日生。”“过去一年间，党务、政治、经济、军事、外交、教育已彻底失败而绝望矣。如余仍能持志养气，贯彻到底，则应彻悟新事业、新历史，从今日做起。”
经过涵碧楼反思，父子俩认识到，国民党在大陆失败，最首要的因素就是党的失败，党的失败的主因“是在三民主义信仰的动摇”，一是由于国民党内部分歧矛盾所致。因此蒋介石在日记中写道：“近日独思党政军改革方针与着手之点甚切，此时若不能将现在的党改造，决无法担负革命工作之效能也。”蒋经国也说：“总裁一如总理当年，下定了‘把革命事业从头做起’的决心，改造本党。”
父子俩还认识到国军败得如此之惨，最主要的是军队纪纲败坏、军事制度未能健全建立，以及官兵对立与军民脱节。蒋介石曾沉痛地说：“过去北洋军阀被打败是他们本身腐朽。”但在北伐后，“所有北洋军阀的毛病，我们的军队都已习染，不论在精神上、行动上，都渐次趋于腐化堕落”，“几乎与北洋的军队如出一辙”。蒋经国也学着父亲的腔调说：“我们的军队，思想不健全，精神便瓦解了，那就没有不失败的。大陆的沦陷，便是一个铁的例证。”因此父子二人均认为必须整军建制，“以求内部精纯，团结一致”。
蒋氏父子从极端的反共立场出发，认为国民党丢失大陆是苏俄勾结中共“侵略”中国的结果。蒋介石曾写了一本《苏俄在中国》，极尽攻击诬蔑之能事，蒋经国也曾为其父撰写了《反共抗俄基本论》的初稿。父子二人在反共抗俄观点上绝对一致。为此在50年代初期，蒋氏父子在台岛展开了规模宏大的“反共抗俄总动员运动”。按照蒋氏字典的解释，该运动的目的是建立“三民主义模范省”，使之成为“反攻大陆”的蓝本。然而海峡对岸毛泽东集结重兵，时刻准备攻占台湾，蒋介石虽宣称建立了“海上长城”，但对于这些虚张声势有余、战斗力不足的乌合之众军队，根本无法抵抗人民解放军对台岛的攻势。
为了配合“反共抗俄总动员”，蒋经国无论在什么场合都大谈特谈：
“反共抗俄战争是国民革命的最后一战，这个战争是长期的、艰苦的。”“反共抗俄形势的发展，已进入了今天这最后决战阶段，国民革命的最后成败，当决定于这一场大战。”
有人问：“反共抗俄战是不是会失败呢?”
蒋经国答：“绝对不会的。”因为“共产党占领了大陆，但失尽了整个民心，国民党丧失了整个大陆，却收回了全国的民心”。
真不知蒋经国是如何反思的，谁都知晓，得人心者得天下，共产党能以弱小兵力战胜有外力支援武装到牙齿的国民党，靠的就是：全国民众的支持。蒋这样说是别有用心。
蒋经国还说，取得“反共抗俄”战争胜利是没有问题的，一方面是大陆内部民众反对中共与苏俄“侵略”，“拥护”国民党；一方面“台湾本身不但有优越的海空军，可以完全控制东南半壁，陆军可以消灭任何来犯的敌人，而内部的团结和进步，更是反攻大陆的雄厚基础”。再一方面，也是最重要的，“我们有一位从不屈服、从不失败的伟大领袖蒋总统，来领导我们从事这个神圣的战争”。
听蒋经国的口气，好像“反攻大陆”胜利在即。然而就在1950年5月间，国民党守卫在海南、舟山的残兵败将相继退守台湾。接二连三的大撤退加剧了台湾社会的动荡。为替老父消愁与稳定社会情绪，蒋经国现身说法，发表了一封《由定海到台湾》的公开信称：
“这次全部国军从舟山撤退到台湾，放弃了最接近大陆的陆海空根据地，这当然是一件大事，也是一个惊人的举动。老实讲，我的看法是同你一样的沉痛和难过。”“人毕竟是有感情的动物，感情有时会支配行动的，但是在环境愈是恶劣的时候，愈需要高度的理智，并且要拿出理智来控制感情，用理智支配行动。”“保卫台湾是国民革命成败的关键，这一仗一定要有百分之百的把握和准备，才能保证一定胜利。”
蒋经国要求台湾各界咬紧牙关，“一心一意来从事于反共抗俄的大业”。他深信“不远的将来，台湾会有新的胜利环境和乐观现象产生出来”。“我们所争的不是一时的成败和利钝，我们所争的是国家千秋万世的大业”。
为了“反共抗俄”，蒋经国真可谓是费尽心机。蒋介石对蒋经国的做法深表赞同，同时，父子二人均让夫人上前线慰劳国民党军。蒋经国还于5月份前往台南军中，与官兵共饮血酒，并举行仪式，宣誓“效忠领袖，死守台湾，反攻大陆”。
从6月到8月，蒋经国到处发表演讲，以鼓动反共、“反攻”。他称：“胜利已大半握在我们手里了，我们该鼓起勇气，倾出我们最后心血，换取我们最后成功，打回大陆。”他对陆军讲，要“团结奋斗，自力更生”。他对文艺界讲：“今天诸位的共同使命，就是创造反共的文艺。”他还书告大陆同胞，要其配合国民党军的“反攻”迎接胜利。他要求国民党军“效法郑成功，复兴中华民族”。
稍稍了解历史的人都知道，如果没有朝鲜战争的爆发与美国对台湾的支持，蒋氏父子恐怕也难保台湾安全。江南对此评论说：
“失去海南、舟山，相当于割断台澎的手足，毛泽东的下一步，将是渡海攻台，90英里的台湾海峡，假使荷兰人300年前抵抗不了郑成功的海师，国军凭什么能‘确保’呢?”q)
江南的评论的确精辟、深刻。
掌控特工
所谓情治机构，即情报机构，就是特务机构。数十年来，蒋介石在中国和台湾政治舞台上横扫一切政敌而不倒，完全靠的是军队和特工两个法宝。蒋介石深知特务工作的无形威力并不弱于军队的力量。况且在国民党兵败大陆之时，背叛蒋氏父子的，还是以特工人员为最少。因此，蒋介石退守台湾之后更加重视特务工作。
早在1949年7月，蒋氏父子自溪口转上海再退高雄后，曾召集各特务机关负责人和其嫡系在高雄开会，决定秘密成立一个定名为政治行动委员会的核心组织，并指定蒋经国、唐纵、郑介民、毛人凤、叶秀峰、张镇、毛森、陶一珊、彭孟缉、魏大铭等人为委员，以唐纵为召集人，负责筹组机构。政治行动委员会于同年8月20日在台北圆山正式成立，它的基本任务是：统一所有情报工作，并使之充实、强化。
蒋氏父子退守台湾之后，曾在孤岛导演了一幕“复职”闹剧。其后，蒋介石踢开阎锡山，名正言顺地任命自己的嫡系大将陈诚“组阁”，钦定陆、海、空三军首脑人选。为了使其子蒋经国能够顺利升迁，蒋介石在复职后除了手令蒋经国出任“总政治部主任”之外，还为他安排了另外两项重要职务：负责监督筹划情报业务和对大陆匪特活动的指挥派遣。
1950年8月国民党改造委员会成立时，唐纵出任该委员会第六组主任，政治行动委员会负责人一职便由蒋经国接替。该机构到了蒋经国手中，便由秘密的无名单位改为“总统府”机要室资料组。别小看它是“总统府”机要室的一个小小资料组，他的权威波及台湾党、政、军、特各部门，没有哪个机关不对它另眼相看。
当时台湾情报工作委员会归台湾警备司令、中将彭孟缉领导。在将星云集的不足3．6万平方公里的孤岛，中将在芸芸大将之中等于芝麻酱。彭虽属黄埔系，但班辈不高，战功亦未有可陈之处。加之国民党退台之后，诸多原中统、军队和军队情报机构人员，不听彭孟缉的调遣。对此，彭在谒见蒋介石时，自谦德薄才浅，不堪肩此重任，务恳另荐贤能如经蒋国来领导，以不负领袖瞩望。蒋采纳了彭的建设，遂将台湾情报工作委员会交予蒋经国掌管。同时对彭优遇有加，先升彭为陆军二级上将，继而由保安副司令登上台湾“参谋总长”宝座，再任陆军总司令，又由陆军总司令再回升一级上将“参谋总长”。
蒋经国接管了台湾情报工作委员会后，将其置于他兼任的“总统府”机要室资料组之下管理。他首先对国民党原有的情报机构进行了彻底的改造，以便于更好地指挥。经调整改造后的情治机构为：
原军统改名为“国防部情报局”，以对大陆情报搜集和布建反共工作站为主。
原中统因陈果夫、陈立夫兄弟死的死、走的走而被解散，原机构情报人员分别被编入当时的国民党改造委员会中央第六组(现海工会)和另成立“内政部调查局”(后改为“司法行政部”，称“司调局”，“司法行政部”改制为“法务部”，后又称“法调局”)以容纳。海工会人马又分一部分到大陆工作会，负责海外侨区的调查工作；“内调局”、“司调局”以至“法调局”，负责岛内社会调查、防止经济犯罪、贪污、漏税等。
另有台湾警总和宪兵等情治机构。
蒋经国还规定：各情治单位各负其责，如各单位发现有不属于本机构权责范围的情报，可提供主管单位参考，初获线索的单位和谍报人员可在考绩方面获得绩分，甚至视原始情报价值的大小颁奖。
1950年6月29日，蒋经国宴请特工人员，要求他们不许“背叛领袖”，要“任劳任怨”、“忠于国家”。又说：“今后台湾的命运就决定于各情报机关同志手里。”
与此同时，蒋经国还加强对情报人员的训练。在训练班上，蒋指出情报人员也存在着几种坏作风，即“摩擦倾轧”、“争功诿过”、“招摇撞骗”、“同流合污”。蒋还分析造成上述坏作风的原因是“派系观念和小组织倾向”、“近视的功利主义思想”、“不遵守保密原则”、“没有是非观念”。蒋经国认为这些坏作风已经对情治工作发生了坏的影响，因此必须改进。经请示蒋介石，得到明确的原则指示：
“今后我们一定要健全组织，统一领导，划分权责，严明赏罚，务求分工合作，各尽所能，这样，大家才能联系确实，运用灵活，共同完成艰巨的任务。”
根据蒋介石的指示精神，蒋经国又对情治人员提出改进坏作风的具体要求：
(1)“必须抱着自我牺牲的决心”；
(2)“要具有公正廉明的态度”；
(3)“从事刻苦耐劳的工作”；
(4)“养成负责服从的习气”；
(5)“发扬互助合作的精神”；
(6)“养成谨慎保密的习惯”。⑧
经此整顿，蒋经国真正控制了台湾的情治机构。以蒋经国身份、地位来指挥，自然比彭孟缉得心应手。就蒋经国控制下的情治机构权力而言，真可谓无所不包，权力无边，几乎等于一个小型的“行政院”。但“行政院”决不敢指挥国民党，相反的是党权高于一切。然而蒋经国主管的特务机构却能指挥国民党，正如他人所言：“亲权高于党权。”在蒋经国指挥下，特务机构凭借台湾的“戒严”体制和蒋介石“保密防谍”的尚方宝剑，到处抓人杀人，制造了无数起冤狱。
诸如一位翻译工作者因翻译了美国著名作家马克·吐温的书，竟被当做马克思主义的宣传者而遭逮捕。
一个中学音乐教师在编辑教材时，因选用的民歌《读书郎》歌词中有“为了穷人要翻身”的词句，被认为是“为敌张目”，书被查禁，人被逮捕。
蒋介石复职前夕，蒋经国一手导演了三起轰动整个台湾“共党间谍案”，即以洪国式为首的“中共总潜伏组织”、以裕台贸易公司为首的所谓“中国经济潜伏组织”、以李朋和汪声和为首的“苏联间谍案”。与此同时，国民党内一些不满蒋介石搞独裁的人，也难幸免于难。如国民党将领、曾任浙江省主席的陈仪上将也被蒋氏父子以“勾结共党”罪判处死刑。“国防部”中将、“副参谋总长”吴石，也被以“通共罪”判处死刑。
翻开1950年的报纸，以“匪谍”案为题的报道，一周出现好几次。位于台北植物园附近的马场町，取代了过去南京雨花台的地位。对此江南在《蒋经国传》中评论说：
“当局如是血腥遍野，肆无忌惮的原因，报复主义为其一，大陆丢了，他们又想腐蚀台湾，把这些人作为发泄情绪的对象。肃清主义为其二，只要行动可疑，经人检举，一概列入危险分子，格杀不论。报销主义为其三，彭孟缉领导的保安司令部保安处游查组，以抓人破案为升官发财的阶梯，持着经国的尚方宝剑，只达目的，不择手段。因而宁可错杀三千，决不留情一个。”
对于50年代初期台湾的大屠杀与白色恐怖，岛内就有两种截然相反的意见：国民党内极右分子认为“经国的铁腕政策，为台湾存亡所必需”；岛内开明派以台省“主席”吴国桢为代表，认为情治机构随便抓人、杀人是“践踏人权”，与国民党宣传的民主自由大相径庭。身为台省“主席”的吴国桢何以敢批评蒋经国呢?这还须从吴国桢盼l生格及出身说起。吴国桢早年留学美国，饱学西方资产阶级学说，历任国民党中宣部副部长、汉口市长、重庆市长和上海市长等要职，可谓是红得发紫的人物。吴之所以受到蒋介石器重，固然是由于吴留学美国，与美政界有相当的联系，同时也由于吴从不结党营私，对蒋绝对忠诚。吴还非常崇尚资产阶级办事作风，讲效率，令出必行，强调法治，在上海市长任内就有“民主先生”之称。他个人能力强，能为蒋独当一面，自然有高傲的一面。
国民党退台后，最为紧迫的问题是争取美援。与美有渊源的吴国桢出任台省“主席”是蒋争取美援的一招妙棋。吴氏任职台省“主席”期间，最不能容忍的就是蒋经国所豢养的特务打手的横行、猖狂。当时吴就曾对蒋介石说：这种状况非改革不可，任何机构不通过保安司令部，不得随意抓人，逮捕后14天，一定要释放或起诉。由于吴的主张与蒋经国当时的所作所为形同水火，故二人的矛盾日见激化。
其实，吴与小蒋的矛盾并非始于台湾。早在1948年蒋经国奉父命在上海“打虎”期间，就因手法严厉、急切而导致效果不佳，演变成“只拍苍蝇，不打老虎”的局面。时任上海市长的吴国桢除了不同意蒋经国的做法之外，市长权力被架空，亦使吴颇为不悦。蒋、吴矛盾就此发端。
吴、蒋之间的矛盾还有经费问题。国民党退台后，其中央及地方的一切开支均由“省府”开销。而“省府”的经济来源无非靠征收田赋。应付这样大的开销，难免捉襟见肘。吴身为“省府主席”，自然要压缩开支。他曾和蒋介石约法三章：
(1)“省府”负担中央的军费，但要点名发饷，杜绝吃空额的流弊；
(2)严惩走私；
(3)防止商人逃税。
