其一，台湾当局不合情理的僵硬立场与强硬态度和做法，引起了台湾社会各界的不满。台湾的一些“立法委员”纷纷质询台湾当局，要求改变“三不政策”，采取灵活措施，解决货机问题。台湾学者要求当局“态度不要那么强硬”，应安排华航与中航在香港谈判。台湾媒体纷纷发表文章，说王锡爵“冒险投父尽孝”，暴露了台湾当局“三不政策”阻碍两岸民众“实行孝道”，“势必日益造成有形无形的反抗，随时都会有可能突发意外的变故”。
其二，台湾党外势力乘海峡两岸在华航货机事件上陷入僵局之际，欲打“中共牌”，私下酝酿组织民间代表团前往北京交涉归还华航人机的计划。此举令台湾当局深感不安。
其三，美国方面对此事件表示了极大的“关注”。事件发生后，美国方面相当重视两岸的反应。台湾方面不时暗示美国方面不要介入此事件。但多种迹象表明：美国正通过有关管道影响英国，要英国多方面支持、协助两岸谈判。当台湾当局得知此讯息后相当震惊，担心美国介入此事会对中共有利，而使台湾更被动。
其四，大陆有理有节的处事态度迫使台湾当局最终作出由华航出面谈判的决定。
据香港《信报》载：“台北突然改变对北京的顽固立场，几乎在一夜之间变得更合理，相信只有蒋经国才有正确的答案。”另据香港《快报》载：华航一位高级职员向该报透露，蒋经国参与了华航与中航谈判的“策划工作”，包括细微部分。香港《中报》也说：蒋之所以决定同中航进行谈判，主要是由于他发现拖下去对台湾当局非常不利。“第一，王锡爵‘投奔亲情’，早已动摇了‘国府’的心防，如果再由中共将人机送回，台湾人民会对中共更增好感，对‘国府’更增恶感。第二，‘三通’的问题早晚必须解决，1997年后华航要在香港续飞，必与中共民航局谈判，与其拖到那时情况更难预测，不如利用岛内外一致赞成‘三通’的热潮，趁机予以突破。第三，谈判可以顺便解决‘国府’内部权力斗争及蒋经国个人的评价问题。”
蒋经国作出决定之后，中航与华航通过香港国泰航空公司商定：于5月17日在香港举行商谈。中航派出的代表是民航局香港办事处经理张瑞普、民航局国际司副司长卢瑞龄及民航局北京管理局总工程师刘远藩。华航派出的代表是华航香港分公司经理钟费荣、副经理陈勋伟及华航总公司企划处长陈思锦。从17日至20日，双方经商谈，全部达成协议，签署了会谈纪要与说明交接程序及有关事宜的附件。整个商谈气氛融洽，华航方面认为“气氛还可以”。在第一次会谈中，中航代表就明确指出：“对具体细节有不同意见是自然的事情，但相信我们兄弟之间没有不可解决的问题。”最后双方签署的会谈纪要如下：
1986年5月3日，中华航空公司B198号波音747货机由曼谷飞往香港途中在广州白云机场降落。中国民航说明，对机上3名机组人员按照他们各自的意愿作出了妥善安排，并对该机采取了必要的保护措施，对机上货物尽可能作了妥善保管。
1986年5月17日至20日，中国民航代表和中华航空公司代表在香港就交接上述货机、机组人员和货物的事宜进行了业务性商谈，并达成了协议。根据中华航空公司的要求，中国民航同意于5月24日以前在香港具体办理上述飞机、2名机组人员董光兴、邱明志和货物的交接手续。该飞机在香港着陆后，由双方参加会谈的代表各3人及记录各1人在机上立即办理交接手续、签署交接书，飞机着陆后有关地面安全保障事宜由中华航空公司负责解决。
会谈纪要签署后，中国民航局代表张瑞普对记者发表谈话称：
“这次商谈为海峡两岸同胞所共同关注。我们很高兴，我们双方没有辜负他们的期望。这次商谈，双方完全处于平等地位，互相尊重，互相谅解，在融洽友好的气氛中，终于取得了圆满的结果。事实证明，我们同胞兄弟之间的确是没有不可解决的问题。”
5月23日，双方代表在香港启德机场顺利完成了货机、两名机员及货物交接手续。双方签署交接书后，中航向华航递交了3份材料：两名机组人员的健康证明书；货机上的货物清单；飞机维护工作清单。至此，华航货机事件全部处理完毕。
中航与华航谈判的圆满成功，在岛内外引起的反响比事件本身发生更为强烈。美国《华盛顿邮报》将此事件商谈成功列为头条国际新闻；《纽约时报》也以半版篇幅发表报道与评论。美国舆论普遍认为：两航谈判是国共两党的“首次正式接触”，“首次直接会谈”。日本《东京新闻》发表评论称：此次事件是台湾海峡两岸关系“一举向前发展的划时代事件”。泰国《中华日报》则称：两航谈判成功，“为今后解决类似非政治性问题创下了先例”，“将成为大陆和台湾寻求和解过程中的里程碑而载入史册”。也有外电称两航能够坐下来谈判，一方面表明蒋经国“三不政策”的破产，另一方面也表明中共“对台工作取得巨大进展”，是“北京宣传上的一大胜利”。
在台湾岛内，许多报刊、学者，包括台湾国民党籍“立法委员”，普遍认为两航谈判“具有高度政治性”，是对两岸关系发展的重大突破。
台湾《中华杂志》6月1日发表题为《论党内外沟通与华航员机归来——‘国事’之转机与我们进一步的期望》，认为“这一突破已经创下了一个先例”，“自然会有深远的影响”。《中国时报》也指出：两航谈判“显然是一项重大的突破”。“立法委员”谢学贤认为当局不必否认谈判意义：“‘政府’发言过于紧缩，往往会掉进自己的圈套而无法解释。”沈君山则声称：“此一事绝不是孤立事件，亦非纯属民间事件，全世界都把它视政治问题。”就连国民党在美的四大金刚之一邱宏达也感慨地说：“就中共而言，此次谈判已使其成功地突破‘中华民国’所坚持的不接触原则；并为其步步为营的‘统战’技术，扫除了初步障碍。”
港报接连以醒目标题发表评论，诸如《历史性洽谈，轰动世界》、《石破天惊，国共谈判》、《37年睽隔，一飞冲藩篱，双方互让一步，天堑忽变通途》、《历史性对话揭幕》、《开拓沟通先例》、《标志两岸历史新页》，等等。这些评论如《中报》载文称：“两航谈判就其影响而言，显然具有高度的政治含义，说它是历史性的重大事件绝不为过。”“它标志着国共两党及两岸关系的一个新起点”，“象征了阴霾笼罩下的国共关系已显现新曙光”。
海内外舆论认为蒋经国在处理两岸关系问题上比过去前进了一大步，并要求蒋经国与台湾当局“在更多层面有所突破”．，应重估并打破“三不政策”。党外“立法委员”江鹏坚对记者宣称：国民党“三不政策”中，最难坚持的是“不接触”，“目前已出现探亲、通信、学术交流等方面的接触，导致政策与实际间出现矛盾”。“如今‘政府’决定由华航在香港与中共民航当局进行洽谈，看起来是小步，但事实上在政策的转变上，却是一大步。’’谢学贤说：“‘政府’能允许华航与中共民航进行洽谈，已显‘政府’有充分信心，对中共明显的‘统战’有所回应，希望以后在更多层面有所突破。”就连亲蒋学者熊玢也不得不承认：“‘政府’如仍坚持以往的‘三不政策’，将陷入死胡同。”他认为两岸接触应延伸，并希望今后政治问题也能同样采用谈判方式解决。
也有些报刊和学者认为：在两航谈判中，台湾受到严重冲击。《联合报》一篇社论称：“中共已逼迫我们与他们作了一次正式的、面对面的谈判”，使台湾受到了“严重的冲击”，并带来了一系列的后遗症。由于两航的浓厚特殊性质，很可能加强海内外同胞对“三不政策”所谓“弹性运用的要求或预期”。大家会不期然地联想到：“如果发生性质类似的事件，华航的先例是否适用援用。”
由于海内舆论对两航谈判的高度重视与强烈反响，也引起了蒋经国的极大警觉，他令有关部门展开对此次谈判事件反响的民意调查。经调查显示：有15％的民众对华航货机事件的谈判结果表示满意，有42％的民众认为当局虽仍坚持“三不政策”，但在实际做法上比前更具弹性。
蒋经国害怕此一事态发展下去会造成后遗症，遂令部下进行“消毒”工作。国民党中央根据蒋经国的指示，于1986年5月30日发表了《我们对华航货机事件应有的认识》的党内文件。文件一再宣称：华航货机事件是“一特殊的、单一的事件”。华航参与谈判是“一单纯的救难措施，也是单纯的个案，不具任何政治意义，也与‘政府’既定政策无关”。
