据藏文文献记载，约在公元13世纪上半期的1246年前后，西藏萨迦派第五代法王贡噶坚参的侄儿八思巴应元世祖忽必烈邀请赴京，途经卓尼在寺院小憩，看到当地风景秀美，人杰地灵，已有的寺院规模虽然不大，但环抱的群山似盛开的八辩莲花。他告知主持，此地宜弘扬佛法，并以‘‘卓尼”（当地藏语意为两棵马尾松)为寺名。卓尼因此而闻名于天下。
卓尼享誉藏区和内地，是因为卓尼寺院是安多地区建立较早的一座藏传佛教寺院，具有悠久的历史。另外，卓尼土司20代传奇的世袭统治，为“卓尼”这一普通的名字增添了绚丽的人文色彩。
卓尼，在明朝以前为洮州厅所属。洮州厅系禹贡雍州域。秦汉以来为诸戎之地，晋以后被鲜卑族吐谷浑人占据。到了后周武帝驱逐吐谷浑，而收复洮州，属洮阳郡，继而立为洮州。隋朝初，郡被废除。唐代称洮州或临洮郡，属陇右道，唐末陷于吐蕃。宋熙宁五年(公元1072年）以后建制多有变革，后仍以临洮城为洮州，然部分土地仍为吐蕃占据。元符二年洮州又失于吐蕃。大观二年收复，仍旧为洮州。建炎后又陷于金。金袭宋制，元袭金制，洮州州治未改，隶属理蕃院吐蕃诸宣慰司。1418年至1949年辖于卓尼土司，属陕西都司洮州卫军民指挥使司和甘肃省洮岷路保安司令部，沿袭20代，历时500余年，经过了4个朝代的兴衰更替。卓尼土司政权在改朝换代的社会变革中审时度势，随历史潮流而动，反映出较强的社会适应性和应变能力，因而引起了很多人对这一现象的关注。有的从历史的角度，有的从政治和宗教二者的关系方面研究土司的产生与发展。
至于卓尼土司祖系，拉卜楞寺寺主活佛二世嘉木样久美旺布在他的卓尼版大藏经《丹珠尔》纲目《如意宝鬉》中有这样的撰述：相传，第一代藏王聂尺赞普没有儿子，祷告上苍，得贵子，赞普大喜，因此，给孩子取名为“噶”（藏语意为高兴）。“噶”生四子，长大后分为四部。长子名叫“德日坚”(虎纹部），他的后辈世代相传。
一直到9世纪吐蕃赞普赤热巴巾（公元803年一838年）时，遣大臣噶·益西达吉前往安多下部的阿坝、松潘、若尔盖一带征收陚税来到这里。觉得此地山淸水秀，流连忘返，故娶妻生子，落户为家，以牧为业。因噶·益西达吉才华出众，加之是藏王的大臣，被当地的藏汉群众尊为首领。他娶了五房妻子，各生一子，他们的后代渐渐繁衍，遂在安多地区的上下作格出现了一些大的部落。
噶·益西达吉的后代有名叫些地，傲地者，他们兄弟二人觉得上作格（四川若尔盖一带）虽然有较好的牧场，但由于受气候条件的限制，不宜务农，每年需要用大量的畜产品从内地换回粮食。加之交通不便，困难重重，决定另找一块肥沃的土地发展农业，谋求经济上的自给和独立。遂由西向东转迁，沿草地辗转来到叫“达高坡”的地方落脚，后又到雷马沟，最后才在现今的卓尼城定居下来。
卓尼土司是藏族土司。藏族历史上的第一代国王是聂尺赞普，这样不仅可以说卓尼土司是他的后裔，也可以说所有藏族人都是他的后代。这跟“炎黄子孙”的含意是一样的，并不难解释。
至于卓尼土司的世祖是藏王尺热巴巾之大臣噶·益西达吉的后裔说，在《安多政教史》中也有同样的记载。公元7-9世纪吐蕃王朝崩溃之前，唐蕃关系时弛时张，像松州、洮州几度沦陷于吐蕃。据《敦煌古藏文历史文书》记载：公元710年夏，赞普住于赛儿霞，引兵至松州、挑州；到公元712年“春末，（又）引兵至松州，洮州……是为一年”，公元755年“论绮力卜藏、尚·东赞二人攻陷洮州城堡”，后又引劲旅至洮州。进而洮、迭\松等州长期被吐蕃占领，故在其所占据的地方派大臣征收赋税，施行吐蕃法令是可信的。根据上述历史事实和目前能见到的资料，关于卓尼土司的世祖我们只能追溯到噶·益西达吉。因为“噶”氏家族的成员，在赞普“芒松芒赞和都松芒布结年幼期间，独揽吐蕃大权，噶东赞的长子仁钦陵，长期驻守在青海西宁，三子赞普驻守汉藏边界三十多年，直至‘温末’起义。”由此看来“噶”氏家族在安多地区聚积的力量是比较雄厚的，渗透到政治、经济、文化、军事等各个方面。
至于卓尼土司属下藏族部落的历史渊源问题，根敦琼培在他的着作《白史》中这样讲到卓尼巴（卓尼人)等亦有是‘松赞’之军队等传说”。他的这种看法是客观的，是有道理的。
一、迁居卓尼
为了进一步考证文献记载的真实性、可靠性，不妨从现实生活中找一点可用作旁证的东西。但这只是一种尝试，困难重重。若只从一些文化表象等方面去研究，难以找到能够说明卓尼藏族来自西藏、土司先祖是藏王大臣的更多的证明资料。
经过多年的研究、调查，引起人们兴趣和高度重视的则是这一地区的藏语方言。以传统藏语方言划分的原则，卓尼（包括迭部、舟曲、临潭）农区或半农半牧区藏语属安多藏语方言；但从其事实存在的语音特点来看，则跟康藏方言有很多相同之处。
一种语言在长期的发展过程中，有其发展变化的规律。据有些语言学专家考证，发现古藏语的塞音、塞擦音和擦音都有清浊对立的特点。在卓尼藏语中除部分浊音存在之外，大部分则趋于清化或完全清化。其清浊之分，一是沿袭了古代清音，另一类则是由古浊音发展变化而得。浊音清化有一个条件，须在没有“前加字”和“上加字”的前提下进行。因而在卓尼藏语方言中，大部分藏文书面语在读音上失去了原来的特征，则基本上发藏文“基字”本身的读音，“前后加字”脱落后用不同的声调显示出来。这样，声调在卓尼藏语方言中显得更为重要。
从语音形式看，在卓尼藏语方言中音素和语音成分蜕变的程度比安多藏语方言夏河、玛曲、碌曲话较为彻底，相比之下跟康藏方言的德格话和拉萨话有共同的特点，一般清声母均为低调，浊声母为高调。当藏文字母中的舒声字作后加字时，在口语中其声调一般为高平调或高升调。促声字为后加字时，一般为髙降或曲折调。并且在此藏语中大部分塞音、塞擦音已清化，在变化的过程中使书面语中的上下加字变相脱落，舒声字作后加字时，一般出现长元音或鼻化现象，变化后轻微的影响在声调上表现出来。
总之，卫藏(拉萨）、康（德格）、卓尼这三种不同方言区的藏语同是有声调，而且是以声调来区别词义的藏语。它们之间有很多共同的东西，这又是为什么？我们还应该追溯它形成发展的社会条件和历史背景。
历史是社会发展的过去。时代的步伐每前进一步，都会给社会留下一定的遗存，包括物质的和精神的，且给社会带来的影响往往是深远的。一个民族的发展也是如此，何况是一个民族的语言。就卓尼藏语方言而言，是以声调区别意义，在声母、韵母等方面有很多接近康藏方言的特点，这种特征相近的语言带，基本上贯通了历史上所谓的康藏通道。我国着名民族学、社会学家费孝通先生曾说过这条走廊沉积着许多现在还活着的历史遗留，应当是历史与语言的一个宝贵园地。”
