正在这个双方都已用尽全力搏杀，无余力旁顾的时候，发生了一件类似于买彩票中大奖的偶然事件。中奖人是刘道规！他原来派出去追击荀林的刘遵那路人马回师江陵，正好回到豫章口，并恰到好处地出现在了徐道覆军侧面！情形就像武侠小说中的常见场面：两位功力接近的武林高手比拼内力，谁一分心便将被震断心脉，这时哪怕来一个小孩，随便刺一刀都可了断其中一名高手的性命！何况刘遵远比小孩厉害呢？他毫不犹豫，一刀就狠狠刺进了徐道覆腰间！随着刘遵率部拦腰冲进徐道覆军中，徐道覆军阵形崩溃，大败，阵亡一万多人，余部也溃不成军，徐道覆只得跳上一条轻快的小艇，几乎是独自一人逃回寻阳。五斗米道军第二次进攻江陵的行动惨败。卢、徐夺取荆州的计划，这回算是彻底泡汤了！
当初刘道规把刘遵派出去的时候，很多人都表示反对，认为兵力本来就不多，强大的敌人随时可能到达，不该分出军队放到不必要的地方。如今豫章口之战能取得大胜，主要得力于刘遵的偏师，众人因此对刘道规的深谋远虑大为佩服。这一战取胜与其说是因为刘道规神机妙算，不如说是刘道规的运气太好了！从他让鲁宗之过早率军返回襄阳以及徐道覆军临近江陵才发现来说，刘道规是严重失算的。而且从交战前他紧急派人去追鲁宗之回来，至战斗结束鲁宗之也没赶到的事实来看，既然他算不到鲁宗之，又怎会算到刘遵呢？认为他在战前已知刘遵军在哪儿，并且知道刘遵什么时候会到的说法是没有说服力的。徐道覆败后不久，索邈率的援军几经转战终于到达江陵，上游和下游的晋军至此恢复了联系，得知彼此安然无恙，都信心倍增。
就在徐道覆仓皇败回寻阳的时候，在刘裕超高效率的领导下，只用了三个多月时间，便让装备精良的晋军新舰队基本宣告完工。大军西征已是箭在弦上，蓄势待发了。
这时，因为打了败仗而降职为后将军的刘毅向朝廷上书，强烈要求指挥这次西征，说他将用卢、徐的人头，洗刷自己的耻辱！刘裕就纳闷了：这位老同事的脸是怎么长的？怎么就能发育得这么结实呢？当初是谁不听劝告导致全军覆没的？现在战局好转，又想来摘我种的桃子？曾做过司马元显心腹的长史王诞秘密向刘裕建议说：“公既已平定广固，又灭掉卢循（卢循当时还没有被灭），这种盖过前代的功绩，无人能及的勋劳，岂能和人分享？刘毅和公一道起自布衣，只是一时相推，并不甘心为公下属。他既然已经有过战败丧师的经历，最好就不要再让他有立功恢复声誉的机会了。”
尽管两年后两人终于还是摊了牌，但应该说，此时刘裕还不想杀刘毅：刘毅毕竟是和自己一同起义的老战友，也确实有些本事，如果在经历惨败之后放弃与自己争夺权力的非分之想，老老实实为自己做事，我刘裕也不会亏待你。但是，首先得弄清楚自己是谁，不管在哪家公司，老板只能有一个！
朝廷的正式文件自然不会说得这么直白，诏曰：任命太尉刘裕为主帅，率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等率军西上，讨伐妖贼卢循。而留守后方这个“艰巨重任”，就由刘毅“全权”负责了。当然，朝廷出于体恤功臣的考虑，为了不让刘毅工作得太辛苦，让刚从齐地回来的刘穆之帮忙协助，也是可以理解的。
十月中旬，刘裕率领的第二波西征大军正式从建康出发，沿长江而上，指向寻阳。数天后，第一波西征军主将王仲德、刘钟等人听说正式的西征大军快到了，决定打个胜仗为刘裕接风。十一月初，王仲德、刘钟等人大败卢循军南陵守将范崇民，一举拿下南陵，范崇民狼狈逃走，前往寻阳的江路洞开。不过刘裕与王仲德会师后，西征大军行动速度也并不太快，这是因为在当时通讯不便的情况下，刘裕要为那支南下的奇兵发挥作用留出足够的时间。
尽管没有GPS，也没有电话联系，但刘裕对数千里之外远征军行程的计算大体是准确的：就在十一月二日，孙处、沈田子率领的远征舰队经过数月的艰苦航行，终于到达广州番禺。当时卢循率主力远征，番禺守兵不多，而且自以为远离战场，根本没想到晋军会从海路千里来袭，因此毫无防备。晋军到达离城只有十余里的东冲时，城中守军还一无所知。此时正值天降大雾，孙处、沈田子率士兵悄悄登陆，从四面突然包围番禺，当天就攻下了城池。城陷之时，卢循的父亲卢嘏以及长史孙建之、司马虞尪夫等人乘小船逃往始兴，其余没跑脱的亲友党羽则全被诛杀。卢循经营了六年的广州根据地就这样没了，他一旦战败，将无路可逃，只是他现在还不知道。随后，孙处留在番禺安抚居民，沈田子率军出击，夺取岭南的其他郡县，完全收复广州。
在估计孙处、沈田子应该已经完成了对广州的战略迂回之后，刘裕率西征部队进至雷池（当时长江北面的一个湖泊，在今湖北与安徽两省交界的大官湖、龙感湖及泊湖一带，成语“不越雷池一步”的典故就是说的这个地方），距离卢、徐此时的驻地寻阳只有百余里了。这样，到十一月底，经过刘裕的策划和刘道规的奋战，卢、徐的五斗米道军团已经被装入了一个东面刘裕军团、西面刘道规军团和南面孙处军团组成的巨大罗网之中。最后的清算，即将开始……
【雷池、左里之战】
再说这几个月来，卢循也没闲着，一直在寻阳片刻不停地重组军队，重修战船。因为荀林、徐道覆都打了败仗，他虽尽了最大努力，也没能恢复进军建康时的实力，但也还是凑起了数万大军，兵力仍然可观。又见刘裕虽然出师，但一个多月过去了，现在才走到雷池，行军好似蜗牛爬，卢循经过一番仔细分析，认为刘裕可能也有些怯战。是啊，仔细想想以往的经历，情况也并不太悲观，虽然让刘裕扁了这么多次，但次次都是陆战失利，至于打水战，还没有输过嘛！
基于这个判断，卢循与徐道覆商议后，决定向东出击，与刘裕在水上决战，如果取胜，就可一扫屡败的晦气，再次进攻建康。为了防止刘裕守在雷池水寨中不出来，依靠水陆协同作战抵消水战不强的劣势，卢循扬言：将不攻雷池，直接沿江而下，进攻建康，攻其必救，这样刘裕就非得出水寨与我军决战于水上了！
刘裕一听到这个传言，就知道卢循准备决战了。事实和卢循的设想有一点差别，刘裕行动迟缓的原因并不是怯战，正相反，他对打赢这一仗信心十足。不过刘裕还是有一点担心，他担心的原因要是说出来，估计能气死徐道覆（也太不把我们当回事了）：按照刘裕的计划，卢循、徐道覆战败后应该往南逃，去钻他布好的大口袋，万一这俩老朋友一时心血来潮往东逃，出长江去舟山根据地，那边并没有相应的准备，事情就有些麻烦了。为此，刘裕抽出二百艘战船，命王仲德率领前往下游的吉阳（今安徽东至）设立封锁线。那里长江的航道比较窄，王仲德将战船一字排开，横断江面，阻断卢、徐可能的东逃之路。即将开战之前，还抽出这么多兵到非交战地域，不知是该说刘裕轻敌呢，还是卢循、徐道覆已经不值得他重视了呢。
布置完以后，十二月一日，刘裕移军到雷池东岸。第二天，卢循、徐道覆大军倾巢出动，从寻阳出发，沿长江而下。没过多长时间，大江之上就布满了卢循的战船，而且后边还在源源不断地冒出来，从头看不见尾，兵势颇盛。根据惯性思维，卢循认为晋军战船较小，所以他准备采用的战法是撞击，将楼船每两艘用铁锁连在一起，加强撞击时的力量（分明就是庞统的连环计）。
面对卢循大军的来犯，刘裕先派人准备大量火攻用具，设伏于西岸（关于这次战役发生的具体地点，史书的记载有些模糊。这个西岸，可能是指雷池西岸，如是在长江内，此段长江差不多平行于纬度线，似应记成南岸或北岸。故此役的主战场可能就在雷池，以下的叙述基于这个推测，仅供参考）。
刘裕先命令航速快的斗舰出击，且战且走，将卢循水军诱入雷池。待卢循水军进入雷池，刘裕已率晋军水军在其东面列阵完毕。布置妥当后，刘裕亲自敲响战鼓，挥动令旗，指挥晋军全力迎战。由于之前卢循军在水战上曾经屡次打败晋军，此时声势又颇为浩大，晋军不少将领仍有些怯战，右军参军庾乐生登上战船上之后，拒绝执行刘裕的命令，坚决不前进。刘裕二话不说，立即命人将庾乐生斩首，这下诸将再不敢迟疑，纷纷踊跃向前。
此时晋军新战船的质量已不逊色于卢循军，更配备了大量当时的先进武器——万钧神弩，用它打穿卢循军战船上的船板就像用手指捅破窗户纸。这种无坚不摧的威力，让卢循的士兵深受震撼，惧意顿生。同时刘裕亲自坐镇中军，晋军将士全都奋力攻击，此时刮起东风，战不多时，卢循军便受到压制，渐渐被逼得步步后退，逐渐靠近西岸。早已在西岸等候多时的晋军步骑兵待卢循的战船近岸，立即冲出，用准备好的纵火器具投向这些战船。卢循军船大，又有铁链连锁，在近岸的浅水区越发行动不便，顿时被纷纷点燃，变成一个个大火炬，整个战场都被遮天蔽日的烟雾笼罩。曹操在赤壁犯下的老错误卢循又犯了一次，结局也相同，这些船上的士兵哪里还有什么战意，不是被烧死，就是跳水逃生。但岸上都是晋军，又能往哪儿逃？那些还没有被烧着的战船已顾不得落难的战友，慌忙掉头，向寻阳方向逃跑。刘裕乘势指挥水陆大军紧紧追赶，卢循的败军一路抛下无数的沉船和尸体。直至深夜，晋军停止追击，卢循等人才逃回寻阳。
卢循、徐道覆经过雷池大败后，发现形势已经很明显，原来水战他们也不再是刘裕的对手！东进肯定是无望了，再等下去必然陷入刘裕与刘道规的两面夹攻中。现在唯一的出路只有逃回广州了，此时他们尚不知道广州已失。
没等卢、徐二人议出结果，刘裕已经不想让道爷们久等了，他将雷池之役中未参战的王仲德从吉阳招至，任命他为先锋，留辅国将军孟怀玉守雷池，晋军再次对卢循军发起进攻。
得到晋军将至消息的卢循，很快放弃了寻阳，沿赣江南走，向豫章方向撤退。但晋军紧追不放，为了能够带着抢掠来的物资从容撤走，卢循决定在彭蠡泽（古鄱阳湖，比今鄱阳湖小得多）中段最狭窄的腰部，一个叫做左里（又名左蠡镇或左麟镇，在今江西省都昌县西北的左蠡山下）的地方据险阻击晋军追兵。
为了守住左里，卢循投入了剩下的全部主力部队，并全套照抄了在建康之战中刘裕的战术：在河道口打下木桩，阻止刘裕的水军进入赣江，在沿岸布设木栅，构筑防御阵地。可谓精心设防，严阵以待。十二月十八日，刘裕所率大军追至左里，大战即将再次打响。
开战前，刘裕从远处仔细察看了卢循军的布防，对他们防御部署嗤之以鼻（山寨版的质量岂能超过原版），立即指挥各军，准备攻击。正当刘裕手挥令旗，指挥各军行动的时候，不知是否因为一时用力过猛，令旗竟然“咔嚓”一声折为两段，旗子顺势飘落到湖水中。在场的人都大惊失色，认为这是不祥之兆。但刘裕是干什么出身的，撒谎从来不用打草稿，立刻“大喜”说：“当初我讨伐桓玄，在进攻覆舟山之前令旗也曾折断，没想到现在又碰上这个好兆头，看来今天破贼是确凿无疑的了！”
随后，晋军开始进攻。果然在刘裕的指挥下，看似严密的卢循军防线，顿时变得像纸糊的一般，被晋军一道道突破，不多时，卢循军就被晋军完全压制。面对这种一面倒的战况，卢循、徐道覆大感意外之余，也都急红了眼：这是最后的决战了，岂容再败？两人都赶到前线，拿出最大的勇气，指挥军兵拼死抵抗。但差一筹就是差一筹，不论卢、徐二人如何拼命，仍无法阻止刘裕军的强大攻势！恶战到最后，卢循军的抵抗毫无悬念地被压垮了，被杀的和投江淹死的部众达一万多人，卢循和徐道覆分别乘小船逃走。其余大部分兵士不是投降，就是四处逃散。
得胜之后，刘裕收容了降兵，并大赦所有被胁迫的参与者。逃散和被俘的卢循军兵肯定绝大部分会称自己是被胁迫的，以刘裕的明智，当然不会去调查谁说的是真话，谁说的是假话。通过这项措施，使卢循旧部的人心很快安定下来，重新成为晋朝百姓。
差不多半年前，刘裕对孙处、沈田子说过，他将在十二月破贼，果然说到做到。刘裕通过雷池、左里两次会战，将卢循与徐道覆主力全部歼灭，而且他们的根据地广州也丢失了，基本上已丧失了东山再起的机会，剩下的扫尾工作难度已经不大了。考虑到刘毅和不少对自己心怀不满的士族在朝，自己不能离开建康太远太久，以免生变，所以左里之战结束后，刘裕本人就班师回朝了，只命令刘藩和孟怀玉率轻装部队继续南下，追击逃亡的卢循和徐道覆。
【卢、徐覆灭】
大败之后的卢循一路南逃，沿途收拾残兵败将，勉强又凑起数千人，赶往始兴。到始兴见到从番禺逃来的父亲卢嘏和长史孙建之等人，才知道广州已经丢了，气急攻心的卢循只带着老父，拉上队伍去反攻番禺。稍后，与卢循跑散了的徐道覆也带千余残兵逃到始兴，闭城据守，正好给卢循断后。
在他们身后，刘藩与孟怀玉的追兵正沿赣江南下，一路追来，于义熙七年（公元411年）正月越过南岭，围攻始兴。随后，已平定广州各郡的振武将军沈田子听到消息，率部赶来与刘藩、孟怀玉会师，共攻始兴。说来也巧，他在路上与正南下的卢循擦肩而过，竟彼此都未发现对方。尽管兵力悬殊、士气低落、外援断绝，但徐道覆不失为名将，仍咬牙坚持了近一个月，直到二月五日，始兴城才被攻克，徐道覆被斩，不过他也为卢循赢得了一个月的逃命时间。
假如卢循把这一个月时间用来逃命，像后来的明朝海盗们常干的那样，泛舟东南亚，去欺负当地土著居民，说不定还有一线生机，可他偏偏还想要夺回广州。因为当初刘裕派孙处、沈田子渡海远攻时，只给了他们三千人马，打下番禺后又分了一大半给沈田子去攻取各郡，所以此时番禺的守军实力非常薄弱。卢循部虽然是残败之师，但还是比守城的孙处部强大不少，而且五斗米道毕竟在这里经营六年了，再加上是宗教组织，还是有点根基的。所以卢循围城后，又有不少当地教徒响应，连同原有败兵，竟然又凑起万余人，虽是乌合之众，但也可壮声势。因而就在始兴城中的徐道覆即将覆灭之际，番禺城中的孙处也处境艰难。
