三月二十日，中共广东省委再次批转省委组织部《关于落实干部政策的情况和意见》。批示要求，各级党委必须切实加强领导，真正把落实干部政策的工作抓紧抓好，力争在今年上半年基本完成这项任务，国庆前圆满结束这项工作。之后，省委从省、地、县机关抽调二千四百多名干部，组成联合工作组，分赴各地检查验收。工作组共召开了三百四十七次各种座谈会，抽查审阅了二万五千多宗案件，并接待和处理了大批群众来信来访，加快了各项政策的落实和冤假错案的平反工作。
在落实政策、平反冤假错案工作中，习仲勋坚决贯彻中央“既要解决问题，又要稳定局势”的方针，亲自处理了一些重大案件，其中最突出的是“李一哲”案件和“反地方主义”问题。
“李一哲”案件，是“文化大革命”期间在广东乃至国内外影响较大的所谓“反革命集团案件”。一九七四年十一月十日，一张题为《关于社会主义的民主与法制——献给毛主席和四届人大》的大字报，张贴在广州闹市区的北京路路口。大字报写了六十七页白报纸，长达二万六千余字，署名为“李一哲”。
这份大字报抨击当时不完善的民主与法制，公开揭露林彪集团破坏民主与法制、大搞封建法西斯专政的罪行，指出其赖以产生的社会历史条件是延续两千多年封建社会的意识形态，林彪路线的表现形式是极左。大字报还不点名地指出江青一伙搞“反复辟”、“反回潮”的一系列罪行，并联系这些反常现象，分析我国上层建筑领域存在的严重缺陷。
大字报贴出后，广州为之震动，观者川流不息。不久，它便流传到内地，在香港、澳门、台湾以及海外其他地区也引起了强烈反响。“四人帮”头面人物江青说，这是“解放后最反动的文章”，王洪文则扬言要组织一百万人进行批判。广东省和广州市秉承“四人帮”的旨意，立即在机关、学校和工厂组织批判这张大字报的运动，先后组织了一百多场批判会和辩论会，其中不少是万余人的批判大会。这就是曾经轰动一时的“李一哲事件”。
按道理说，在粉碎“四人帮”后，因反对林彪、“四人帮”的“李一哲”应当平反释放。但在清查“四人帮”的过程中，他们的问题却反而升级了。一九七七年十二月中旬举行的广东省第五届人民代表大会，公开宣布“李一哲”是反革命集团，李正天、陈一阳、王希哲、郭鸿志还分别被判处有期徒刑，一批与“李一哲”有牵连的干部和青年，也受到隔离审查和内部批判。
习仲勋来到广东不久，就注意到这个案件。而关押在监狱中的李正天，听说习仲勋到广东后，便两次给习仲勋写信申诉。他知道习仲勋因为一本小说《刘志丹》而蒙冤十六年，刚刚平反出来工作，能够理解他的处境，否则也不敢“这么冒险”。他的同伴也认为“习仲勋是个好人”，对习仲勋寄予很大信任。
习仲勋确实对这一案件十分重视。从一九七八年的八九月开始，他多次主持召开省委会议，研究“李一哲”案件，并数次报告党中央。十二月二十九日，省委常委又一次讨论此案，一致认为“李一哲”不是反革命集团，他们《关于社会主义的民主与法制——献给毛主席和四届人大》的大字报不是反动大字报，应予平反。第二天，李正天等便从监狱释放出来。习仲勋并指定分管宣传工作的省委书记吴南生负责处理这件事，吴南生多次接见“李一哲”成员，和他们谈话。
一九七九年一月二十四日下午，习仲勋和吴南生等省委领导在省委东一楼会议室接见李正天、陈一阳、王希哲、郭鸿志等四人，与他们谈话。习仲勋在听取他们的意见后，表示尊重他们的意见，并提醒他们注意冷静，防止被极少数人利用、钻空子，要把不正确的观点顶回去。习仲勋语重心长地对他们说：“你们的路还长，希望你们把路子走对，健康地成长。”当时正值春节前夕，习仲勋和省委还对他们过好春节做了安排。
这次谈话后，习仲勋感到李正天等人仍有怨气，有必要同他们再谈一次。春节过后，他同吴南生等省委领导再次接见李正天等人，耐心细致地做思想工作。他说，最初定你们写的东西为反动大字报，后来又定为反革命集团，你们如何发火，怎么讲都可以，因为我们搞错了。我不只是对现在的省委负责，还要对上届省委负责，因为这是历史上发生、发展起来的，事情虽然不是出在我手里，但我也要承担责任。他对李正天等人提出两点意见：第一，当时那样处理不对；第二，要谅解当时的情况，理解当时的历史条件。习仲勋诚恳地对他们说，两次谈话都是交心的，你们的问题是历史问题，但现在解决这个问题要当现实问题来对待，处理这个问题的意义主要是为了今后。我们的思想要解放，你们的思想也要解放。你们受这么多罪，要控诉林彪、“四人帮”的极左路线，对这种错误路线我也反对，但对你们也是个锻炼，要高姿态。我坐过多次监狱，坐共产党的监狱就有两次！我戴了脚镣，还绑了很多绳子，你们没有吧？现在有了民主，要正确使用民主权利，要划清社会主义民主和资产阶级民主的界限。
习仲勋和吴南生还同他们商量了二月五日在友谊剧院召开平反大会的事情。这次谈话长达三个多小时，习仲勋主动承担了上届省委的责任，令在场的人无不为之感动。当天下午，习仲勋又根据中央关于这个问题的批复，主持召开省委常委会议，讨论召开平反大会的问题。
然而出人意料的是，第二天郭鸿志、李正天和王希哲三人给省委、习仲勋和吴南生写了一封紧急信，提出三点要求：一是要在广州最大的会场中山纪念堂而不是原定的友谊剧院召开平反大会；二是希望习仲勋参加平反大会；三是强烈希望省委领导接见“李一哲”案件的所有成员。
为了妥善处理好这件事，二月三日晚，习仲勋开完省委一个会议后，于十一点半在省委东一楼会议室第三次接见李正天等人，谈话直至二月四日凌晨二点半。习仲勋批评说，你们的紧急信，“好像文化革命时给党委的紧急通令”。他苦口婆心地解释和回答了他们提出的各项问题，说明要搞民主集中制，这件事情是常委会议研究决定的，他要赶到肇庆参加地委召开的贯彻十一届三中全会精神的大会，实在抽不出时间。他说：“我和你们多次谈话，我的时间就是那么充裕？我已经是六十六岁的人，连续四个晚上连澡都没有洗，你们要谅解老同志。”对他们提出接见“李一哲”案件所有成员和有牵连人的要求，习仲勋当即答应，说明天可以找一个时间见一见。郭鸿志等对习仲勋为这一案件所做的大量而细致的工作深为感动，基本同意省委的意见。
四日下午，习仲勋兑现诺言，在省委组织部东湖招待所会议室接见了“李一哲”案的所有成员三十人。习仲勋与他们一一握手，并说，大家都受了一点苦头，这也不足为奇，历史上这一段很乱。平反会，我就不参加了，广东人多，五千五百万人口中有一千万人的口粮在三十斤保护线以下，不解决不行，农业特别是粮食生产要很快搞上去。我不是官僚主义者，同李正天他们谈了三次话，昨天晚上谈到凌晨两点多，一连三个小时。不要说全世界，就是中国也很少吧！
但是，这些人却仍坚持他们的意见，要求在中山纪念堂开平反大会，坚持要求习仲勋出席大会并讲话。习仲勋严肃批评他们没有按诺言办事。经过他反复做工作，终于说服他们同意省委的安排，按计划召开平反大会。
二月六日下午，中共广东省委在广州友谊剧院召开有一千多人参加的群众大会，公开为被打成“反革命集团”的“李一哲”案平反。省委书记吴南生代表省委讲话，肯定他们当时提出的民主法制方面的问题是正确的，并用一大段话阐述了省委在处理这一问题上应该吸取的教训。李正天等三人也分别发言，一致拥护省委对于处理这一案件的决定和吴南生的讲话。会场气氛活跃。“李一哲”案件的公开平反，广大干部和群众反映强烈。许多人说，省委本着实事求是的精神，按照有错必纠的原则，为“李一哲”案件平反，并由省委承担责任，公开检查错误，进行自我批评，是大得人心的。
会后，中共广东省委给中共中央报送了《关于“李一哲”案件平反的情况报告》。在报告中，习仲勋和省委总结了经验教训。认为，首先要继续开展对真理标准的讨论，鼓励大家解放思想，充分发扬民主，坚持实事求是，一切从实际出发，不管是谁说的，不管是什么本本，只要是不符合实际的，都不能照搬，做错了，都要纠正。这样我们的思想才能活跃起来，才能创造一种生动活泼的政治局面，加速实现四个现代化。其次，必须坚持民主集中制的原则，当前特别需要强调社会主义民主。我们党的事业是千百万人的事业，应当允许人民讲话，鼓励人民去关心国家大事。人民群众讲话，讲错了不要紧，只要有利于社会主义事业，顺耳的话，刺耳的话都应该听，只有这样才能集思广益，才能生动活泼，热气腾腾。一个革命政党，就怕听不到人民的声音，最可怕的是鸦雀无声。害怕民主，是神经衰弱的表现。在这个问题上，一定要相信群众的大多数会珍惜自己的民主权利，有了这个根本立场，民主生活才能活跃起来，才能进一步把广大人民群众的积极性调动起来，为社会主义现代化事业而奋斗。第三，一定要正确处理人民内部矛盾，决不允许把人民当阶级敌人对待。要学会善于处理人民内部的矛盾，而不能用错误的方法去激化矛盾。共产党人采取这样的态度，就会团结千千万万的人民群众，结成浩浩荡荡的大军。
对广东“地方主义”的平反，习仲勋投入了极大的精力。广东反地方主义先后有过两次，涉及面很大，伤害的干部相当多，影响了干部的积极性。第一次是一九五二年到一九五三年，当时，广东省的负责人因为广东情况特殊，没有完全按照中央的要求开展土地改革，中共中央和毛泽东对此进行了严厉批评，认为广东解放后，在土地改革中“迷失方向，在农民问题上犯了右倾错误”，并认为方方犯了“地方主义”错误。中共中央华南分局第一书记叶剑英、第二书记冯白驹、第三书记方方等分别做了检讨，方方由中共中央华南分局第三书记改任为第五书记。翌年，方方再次受到批判，并受到撤销中共中央华南分局第五书记、广东省政府第一副主席等职务的处分，一大批地方干部也受到处分和牵连。第二次反地方主义是在一九五七年底。在整风反右期间，中共广东省委书记冯白驹和古大存因对五十年代初的“反地方主义”提出质疑，受到批判，由此有了广东的第二次“反地方主义”，加之有人建议在组建海南区党委班子时过多地提名海南籍干部，被主观地认为存在着一个“海南地方主义反党联盟”，于是省委于当年十二月作出《关于海南地方主义反党联盟和冯白驹、古大存同志的错误的决议》，报经中央批准，撤销冯白驹省委书记和常委职务，撤销古大存省委书记、省人委党组副书记职务。第二年，又以古大存对其错误处分不做任何检讨，对处分不服为由，报经中央批准，给予古大存撤销省委常委、副省长职务的处分。
这两次“反地方主义”，造成了极其严重的后果。尤其是第二次“反地方主义”，是在紧接着的反右派斗争之后进行的，严重混淆了两类不同性质的矛盾，有的搞错了，有的处分偏重。广东的同志一直对两次“反地方主义”有意见，多次提出要重新审查古大存和冯白驹的问题。
习仲勋和中共广东省委根据中共十一届三中全会关于实事求是地解决历史遗留问题的精神，决定对这两次“反地方主义”进行复查，并希望地方干部和外来干部都要正确对待历史上的遗留问题，团结起来向前看。解决“反地方主义”问题遇到了省委几位领导的极力反对，但习仲勋还是坚持复查这一历史积案。当古大存的夫人曾史文心存疑虑地问及此事时，习仲勋坚决地回答：“有两种可能，一种可能是我被挤出广东；另一种可能是把为地方主义等平反搞成。”一九七九年八月，中共广东省委正式向全省发出《关于复查地方主义案件的通知》。《通知》指出：“当时认定古大存、冯白驹两同志‘联合起来进行反党活动’，存在一个‘以冯白驹同志为首的海南地方主义反党集团’；有的地方也定了一些地方主义反党小集团。现在看来，这些结论都是不当的，应予以撤销。”
但是，由于两次“反地方主义”牵涉面广，历时时间长，复查起来非常困难和复杂。习仲勋担任中央政治局委员、中央书记处书记后，仍然关注这一案件。直到一九八三年，在陈云、黄克诚和习仲勋等人的关心过问下，中共中央于这年二月九日发出《关于为冯白驹、古大存同志恢复名誉的通知》，指出：“中央同意中纪委《关于冯白驹、古大存同志的问题审理意见的报告》，撤销一九五七年十二月广东省委第八次全体会议（扩大）《关于海南地方主义反党集团和冯白驹、古大存同志的错误的决议》，撤销对冯白驹、古大存同志原处分的决定，恢复他们的名誉。”
这一案件复查后，一大批因古大存、冯白驹错案而受牵连的地方干部也先后恢复名誉，全省撤销了原定处分的有一千二百二十二人，其中属于中央和省委管理的干部一百二十六人。同时，复查纠正了所谓“以冯白驹为首的海南地方主义反党集团”、“陈恩地方主义反党集团”、“蓬荆地方主义反党集团”等案件。后来，经过复查，中共中央撤销了对方方的处分，恢复了他的政治名誉。这宗历时三十年的广东“反地方主义”错案，终于得以彻底平反。
对习仲勋在为“反地方主义”这一错案的平反工作中所起的作用，吴南生有这样的评价：“习仲勋来到广东以后，依靠省委做了大量工作，对‘反地方主义’斗争进行复查。没有习仲勋，我们当时很多话都不好说，也就没法把平反‘地方主义’工作做好。”“习仲勋在处理广东‘地方主义’问题时，顶住层层压力坚持复查，平反了一大批冤假错案，落实了干部政策。没有他，广东平反‘地方主义’冤假错案就不会这样有成就。实践证明，习仲勋的做法是正确的，维护和调动了干部的积极性，促进了广东局势的稳定和团结。”
