习仲勋始终关注民族宗教问题。一九八二年一月五日，在谈到统战工作时，专门讲了民族宗教工作。他说：
“民族问题、宗教问题，‘左’的影响还是主要的，但是也有右的倾向。这个问题，中央书记处准备讨论一次。民族问题，方针政策都有了，主要是如何结合各地的实际贯彻执行的问题。宗教问题，一个是不敢管，一个是不放手，两种情况都有。其实民族和宗教是分不开的。有的民族，没有宗教也就不成为一个民族了。我们现在说的宗教狂热，要加以分析。为什么狂？这些问题都是‘文化大革命’遗留下来的。‘文化大革命’中，不准人家信教，一切都成了牛鬼蛇神。但是也有右的地方，值得我们注意。”
习仲勋对民族宗教工作中的问题之所以看得这么准，得益于他过去长期在西北民族聚集地区的工作经历。因此，在处理新时期民族宗教工作时，就显得驾轻就熟，得心应手。一九八二年，在习仲勋的正确指导下，有关方面妥善地解决发生在中国大地的“呼喊派”反动组织问题，就是一个例证。
“呼喊派”创立于美国，二十世纪七十年代传入中国，以世界末日即将到来的邪说，煽动群众在聚会时尽力“呼喊”，遂被外国势力利用来反对中国共产党领导，反对人民政府，图谋“改朝换代”。八十年代初，“呼喊派”在河北、福建、浙江等地发展，随之蔓延波及全国十九个省市。
习仲勋是从公安部的材料上了解到“呼喊派”问题的。他认为这是一个严重问题，当即批示：“国外基督教、天主教利用我国的开放政策，千方百计向我国内渗透，并煽动反动教徒骨干分子企图组织一股反革命势力，纠集信教群众公开反对党和人民政府，抢占教堂和聚会点，围攻公警人员，哄闹县政府和县公安局，气焰十分嚣张，欺我软弱，如不给予严厉打击，则将会蔓延扩展，为坏人效尤，‘四人帮’的残渣余孽也会参加进去，兴风作浪，乘机闹事。这是一个极不安定团结的潜在威胁。”他提出要“及早研究制定综合治理办法”。
按照习仲勋的批示，中央统战部、公安部和国务院宗教局当即组成调查组到有关省区调查，并向中央写出调查报告。报告用大量的事实说明这个组织是极为反动的，它的真正目的就是要颠覆我国人民民主专政和社会主义制度。提出：必须看清所谓“呼喊派”特别是其骨干分子的反动本质及其极大的破坏性和危害性，认识这场斗争的严重性和紧迫性，绝对不能掉以轻心。
习仲勋仔细阅读了调查报告，于一九八三年三月十六日致信主管政法工作的中央书记处书记陈丕显：“各地出现的‘呼喊派’问题，确实严重，不容忽视，必须采取有力措施，切实加以解决。”并提议召开会议专门研究对策。
二十四日，在北京召开了有关省、市、自治区负责人参加的会议，习仲勋作了重要讲话。他在深刻分析这一组织出现的社会背景时说：
去年，我们胜利地召开了党的十二大和五届人大五次会议，全党全军全国各族人民正在精神振奋、满怀信心地开创社会主义现代化建设的新局面。正是在这期间，在这样的形势下，国内外反动的教会势力及其他敌对分子相互勾结，利用我们对外实行开放、对内搞活经济的机会，利用我们继续清理“左”的错误思想、抓紧落实各项政策（包括宗教政策）的机会，打着“宗教”的旗号向我们进行渗透和进攻，妄图破坏我们的大好形势，阻挠我们前进的步伐。“呼喊派”疯狂进行活动发展蔓延到十九个省市区，人数达到二十多万（恐怕这个数还打不住），就是突出的表现。这一情况告诉我们，在大好形势下也还会有这样或那样的问题，在这方面我们一定要保持清醒的头脑。对“呼喊派”问题，开始我们有点麻痹大意了，“小小泥鳅，还能翻什么大浪！？”他们正是利用了这个机会，利用了我们的麻痹大意，在我们的眼皮底下大喊大闹。这绝不是一个孤立的偶然的现象。这是它的严重性的一个方面。
他接着分析了“呼喊派”的反动本质和社会危害性，一是受国外情报机关和国外反动宗教势力的支配和资助。二是明目张胆地反对党，反对人民政府，反对社会主义制度。它公然提出“半年打下温州，一年打下浙江，两年打下全中国”的反动口号。三是反对独立自主、自办教会的方针，反对自传、自治、自养的“三自”爱国教会组织。“呼喊派”的活动严重危害社会治安，严重危害广大人民正常的生产和生活秩序，严重危害四化建设。
他严肃地告诫说，既要充分认识“呼喊派”问题的严重性，绝不可掉以轻心；又要看到它的虚弱性，因为它在政治上是极其反动的，从而也是极端脱离群众的（包括一切爱国的、真正的信教群众），我们绝不可在它的猖狂活动面前软弱无力，束手无策，我们要教育、争取受“呼喊派”蒙骗的信教群众，让他们回到“三自”爱国教会组织里来。这将是长期的、复杂的斗争，要做大量的艰苦工作。我们完全有力量、有办法、有信心解决“呼喊派”问题，取得斗争的胜利。
习仲勋指出，要解决“呼喊派”问题，光靠宗教部门和公安部门不行，必须进行综合治理。他把综合治理的措施总结为五句话：充分运用法律武器，坚决打击首恶分子，认真落实宗教政策，深入做好群众工作，切实加强党的领导，并逐句作了解释。他强调：在调查研究、做好准备的基础上，要集中一段时间，组织强大力量，稳准狠地打击首恶分子，坚决瓦解、取缔“呼喊派”的组织和活动。各地应该依照宪法研究采取切实有效的办法，把我们的方针政策告诉群众。否则，群众对我们的态度不明了、不理解，就不敢起来同他们斗争。反过来，只要广大群众真正了解、掌握了党的方针政策，就会形成巨大的威力。
这次会议对打击“呼喊派”做了具体的安排部署，明确了解决“呼喊派”的政策界限和斗争策略。之后，各有关省区按照党中央的部署和习仲勋的指示，统一思想，集中力量，统一行动，迅速地开展了打击“呼喊派”的斗争，经过一年多的努力，取得了彻底胜利，瓦解、取缔了“呼喊派”反动组织，揭露和打击了极少数反动骨干分子，进一步落实了宗教政策，争取团结了广大信教群众，促进了安定团结的政治局面。
一九八四年九月，群众来信向中央反映一些宗教场所既是国家文物，又是旅游景点，在管理使用中存在职责划分不明的问题。按照胡耀邦的批示，中央办公厅组织力量对此进行了调查，并提出解决意见，建议进一步贯彻和国发［1983］60号文件，落实好宗教政策。一九八五年三月中央办公厅以《调查简报》的形式将调查情况报送胡耀邦。二十二日，胡耀邦批示，请习仲勋牵头处理好这件事情。
习仲勋按照胡耀邦的要求，做了一系列的工作，推动了问题的解决和宗教政策的落实。
三月三十日，习仲勋约请中央、国务院有关部门的负责同志，一起研究落实党的宗教政策和开放宗教活动场所的问题，决定趁正在召开全国人大和全国政协两会之机，由中央统战部邀请各省、市、自治区的负责同志开会，向大家介绍情况，督促落实政策，解决问题。习仲勋出席了这个会议，强调要落实好宗教政策。他特意向与会同志介绍了胡耀邦在昆明华亭寺实地调查的情况，说明落实政策的重要性。
胡耀邦是一九八四年二月十九日视察华亭寺的。他听到僧人反映寺庙还没有交由他们管理时，即对僧人说，寺庙的政策要落实，该交你们管的要交你们管。他对随行的园林部门的同志说，不要把宗教界看成外人，都是中国人，你们要主动和他们搞好关系，搞好团结。针对当时普遍存在的党的宗教政策落实不到位的问题，胡耀邦要求陪同他的省上负责人要认真切实地落实好党的宗教政策，把出现的问题解决好。习仲勋对与会的各省、市、自治区负责人介绍胡耀邦视察华亭寺的情况，目的是要督促各地加快落实宗教政策。他强调说：耀邦同志这次谈话，对如何解决寺庙的管理问题，如何正确对待僧道人员，讲得很清楚，很明确，对各地都有指导意义。特别是耀邦同志深入实地，察看情况，发现问题，解决问题的工作作风，更值得我们学习，要以实际行动贯彻到自己的工作中去。
这次会议后，各地及时纠正了民族宗教工作中存在的问题，加快了党的宗教政策的落实，在宗教界引起良好反响。
