正在广东省实施改革开放先走一步的时候，另一个历史难题——“偷渡外逃”又一次突出起来。在解决偷渡外逃问题的过程中，习仲勋和广东省委进一步认识到，只有加快改革开放，迅速发展经济，提高人民生活，才能从根本上解决偷渡外逃问题。
广东群众偷渡外逃到港澳，是一个历史上长期没有解决的特殊问题。新中国建立之前，边防管理松懈，实际上有边无防，粤港澳三地居民自由出入。新中国建立后，国家于一九五一年三月十五日设立边防线，加强管理。建国初的七年间，香港居民经常到广东寻找工作。后来，由于我们实行一系列“左”的政策，加上三年困难和十年“文化大革命”，人民生活没有得到应有的改善和提高，广东连续发生偷渡外逃到香港和澳门的事件。其中严重的有两次，一次是一九六二年，广东省共发生偷渡外逃十一万七千九百多人次，逃出三万九千七百多人；一次是“文化大革命”结束后不久，出现了严重的偷渡外逃高潮。习仲勋到广东履职后，就遇到了这个棘手的老大难问题。
对这次新的偷渡外逃风，中共广东省委十分重视。一九七七年十一月，韦国清、王首道等在向到广州视察工作的邓小平汇报工作时说，当前广东所面临的一个难题，就是靠近港澳边境地区偷渡风猖獗，边防部队防不胜防。邓小平当即指出：“这是我们的政策有问题，不是部队所能管得了的。” 邓小平强调要恢复过去行之有效的政策，发展经济，“逃港，主要是生活不好，差距太大”。他指示要认真清理农村政策和城市政策。这番话，是邓小平对当时中国社会深刻认识和反思的结果，是有远见卓识的。
一九七八年下半年，广东偷渡外逃又严重起来。七月初，习仲勋到地市县考察，就选择到逃港最严重的宝安县，他指出，制止群众性外逃的根本措施是发展经济，提高群众生活水平。为了尽快遏制偷渡外逃风潮，根据习仲勋指示，中共广东省委于九月发出制止偷渡外逃的紧急电报通知。十月十四日至十八日，全省反偷渡外逃座谈会在汕头市召开，提出必须切实加强对反偷渡外逃斗争的领导，积极搞好生产，发展经济，提高人民生活水平。同时要求严格边防管理，加强堵截工作。由于人心浮动，有人闻风铤而走险，偷渡外逃反而愈演愈烈。为此，十一月下旬中共广东省委再次召开有关地、县委负责人紧急会议，并在边防地区组织了一次有近万名干部、民兵和驻军配合的反偷渡外逃统一行动，到十二月偷渡外逃才有了较大幅度的下降。
一九七九年春节前后，粤港澳人员交流频繁，边防地区流传着“辛辛苦苦干一年，不如人家八分钱” ，“内地劳动一个月，不如香港干一天”的顺口溜。事实也是如此，一九七八年深圳农民人均年收入只有一百三十四元，而一河之隔的香港新界农民人均年收入却高达一万三千元港币，相差达四十多倍。再加上受海内外“边境开放”、“广东要放一百万人去港”等谣言的影响，偷渡外逃在春节之后又一次出现高潮。
当时对抓住的外逃人员采取收容的办法。大批群众偷渡外逃，给收容工作也带来极大困难。是年一月至六月初，深圳收容站收容的人已超过十万人（包括港英当局一月至六月初遣送回的三万三千多人），比上年全年收容总数增加一倍。各收容站人满为患，生活设施无法适应，卫生条件极差，又值夏天，使人难以忍受，有的收容站还发生了没饭吃、饮水难、伤病者得不到及时医治的现象。这时，国家民政部副部长刘景范来深圳视察，看到收容站的这种情况，当即给宝安县提出意见，回到广州后又向习仲勋反映了收容站存在的问题。
习仲勋很重视，立即与有关人员研究偷渡外逃和收容站的问题。他愧疚地说：“我们自己的生活条件差，问题解决不了，怎么能把他们叫偷渡犯呢？这些人是外流不是外逃，是人民内部矛盾，不是敌我矛盾，不能把他们当做敌人，你们要把他们统统放走。不能只是抓人，要把我们内地建设好，让他们跑来我们这边才好。”对于他的意见，当时很多人不接受。习仲勋反复说明和引导，使大家在思想上取得了一致，实现了“偷渡问题不是敌我矛盾而是人民内部矛盾这一观念的转变，这对省委认清解决偷渡问题的正确途径，进行改革开放，繁荣边境经济，起到了很大的帮助作用”。
据齐心回忆，当时“有人反映习仲勋对反外逃不重视，实际上，他不是不重视外逃问题，而是反对以‘左’的方法处理外逃问题，认为把偷渡的人一律当成犯人对待，混淆两类不同性质的矛盾。特别令他深思的是这种沿用以往‘左’的观点、方法和措施是不能从根本上解决外逃问题的，必须清理‘左’的遗毒，采取标本兼治的积极态度，从源头抓起，把经济搞上去，才能从根本上解决外逃问题。”
习仲勋按照这样的原则和思路来处理偷渡外逃问题，也经过了一些曲折。按照他的指示，省革委会副主任黄静波前往深圳，贯彻落实反偷渡外逃的政策。经过黄静波反复做工作，深圳市才把收容站的人运走或放走。可是就在第二天，来自惠阳、东莞、宝安八十多个乡镇的七万群众听信谣传，误以为开放边境，纷纷涌向边境前沿，强冲边防。由于深圳市委事前做了准备，动员大批人员和边防部队一起全力进行劝阻和教育，事态才得以平息。这次偷渡外逃风潮，在香港引起强烈反响，港英当局动用军警堵截偷渡外逃者，并向我方施加舆论压力。
习仲勋了解到这些情况后，做了认真反思，认为在没有做好防范措施的情况下，仓促地做出统统放人的决定是不太妥当的。为此，他在省委常委会上做了自我批评。六月十日，在省委召开的四届三次常委扩大会议和省地县三级干部会议上，习仲勋明确提出：“要进一步整顿社会治安，制止偷渡外逃，创造良好的生产秩序、工作秩序和社会秩序”，“这股风一定要刹住。”有关地市县遵照习仲勋的指示，进一步加强了这项工作。
广东的偷渡外逃问题，也引起中央的高度重视。同年六月十日至十三日，国务院和中央军委在北京召集广东省革命委员会、广东省军区和有关部门的负责人开会，紧急研究制止偷渡外逃的措施。十三日下午，李先念、余秋里和王震等国家领导人在国务院南会议室，听取中共广东省委常委寇庆延的汇报。李先念强调，解决这个问题，一是宣传教育；二是政策上要给点压力，不能一出去就有优待；三是根本一条发展生产。要把这个工作摆到党委的议事日程上，书记要下去做工作。当前解放军要上去，把口堵住。李先念强调指出，到七月五日，即华国锋访问英国前，广东要基本刹住偷渡外逃风。六月十四日，国务院和中央军委发出了《关于坚决制止广东省大量群众偷渡外逃的指示》。
习仲勋对中央的这一指示极为重视，同时也感到压力很大。六月十七八日，他连续两次主持召开省委常委会议，研究贯彻中央指示，部署反外逃工作，决心当做一场大的战役来打，六月底刹住偷渡风。中共广东省委成立了反偷渡外逃十人领导小组，习仲勋任组长，广州军区副司令员黄荣海、广东省委常委寇庆延任副组长。会后，习仲勋、寇庆延到惠阳，吴南生到汕头，坐镇指挥反偷渡外逃工作。
六月二十一日，广东省革命委员会发出《关于坚决制止偷渡外逃的布告》。《南方日报》刊发《布告》全文，配发了题为《坚决执行布告，制止偷渡外逃》的社论，号召全省人民、特别是边防地区的广大干部和群众，要坚决拥护和模范地执行《布告》，立即行动起来，同偷渡外逃活动作斗争。
习仲勋和寇庆延赶到惠州，出席惠阳地委召开的反偷渡外逃工作会议。习仲勋在会上指出，坚决制止偷渡外逃，是当前全省的一件大事，特别是靠近港澳的地区和市县，更是一件重要工作，要把反偷渡外逃作为一个紧急的政治任务来抓。他说，从前一段来看，偷渡外逃已到了堵不胜堵的严重地步。这股外逃风已造成严重后果，它破坏安定团结的政治局面，严重影响生产和危害边防地区的社会治安，严重损害我国的国际声誉。大量外逃的主要原因是林彪、“四人帮”的干扰破坏，使我国国民经济濒于崩溃的边缘，人民生活得不到改善，对社会主义的优越性失去信心。他强调，解决偷渡外逃问题的方针，要治标治本并举。治本，就是要从物质基础上、精神上和组织上，为巩固社会主义阵地和制止外逃创造牢固的条件，只要生产上去了，收入增加了，就可以大大减少外逃。他还列举了深圳福田公社和沙头角镇近一年来发展经济取得的成功经验加以说明。治标，就是要在边防大力搞好堵截和收容工作，坚决打击煽动、组织策划外逃的坏人，同时大力开展宣传攻势，大造舆论，全力以赴，把偷渡外逃制止下来，刹住歪风。他要求，以县为单位，节节设防，分工把口，把堵截工作做好。
六月二十三日至二十四日，习仲勋等人又赶往深圳检查工作。接着又到珠海市参加珠江三角洲反偷渡工作会议。在会议讨论中，习仲勋强调说，反偷渡工作要依靠群众，这是根本的。因为多数人民群众是不赞成铤而走险去闯边境、搞外逃的，偷渡的是少数，反偷渡的是多数。他再次强调宣传工作的重要作用和正确执行对待外逃者的政策。他说，要准确地严惩组织偷渡的团伙和首恶。收容站要加强对偷渡者的宣传教育工作，不要抓了就送走，连几句开导的话都不说。外逃多的县，要派人到收容站接人并负责教育。但是，不要歧视和虐待外逃者。偷渡问题，目前已成为破坏安定团结的重要因素，我们要坚决做好工作，相信这种现象是能够制止的。
习仲勋最担心的是深圳一带的偷渡外逃。在珠海部署完工作后便立即再回到深圳。此时，深圳市宝安县委在县委党校举办有二百多个外逃严重公社的党委书记和大队党支部书记参加的学习班。习仲勋在这里与二十多个公社书记和大队党支部书记座谈。习仲勋问他们，我给你们粮食，能不能把人留住？他们说不行，留不住。这对习仲勋震动很大，使他再次深刻体会到老百姓对改革开放和提高生活水平的渴望。
七月七日晚，习仲勋就关于制止广东群众偷渡外逃问题，用电报向国务院副总理李先念、陈慕华并中央做了简要报告。报告中说：这次反偷渡外逃，省委确定采取治标治本并举的方针，从总的趋势来看，去年底以来发生的这股偷渡外逃风，已经得到遏制，港英当局对此也表示满意。但是，要根本制止住偷渡外逃，任务仍很艰巨。他还提出要改进收容工作，不能把外逃人员当做犯人对待。
中共中央二十一日复电中共广东省委，对中共广东省委和习仲勋贯彻执行国务院、中央军委的指示给予了充分肯定，并要求及时总结经验，继续做好防范和堵截工作，防止出现反复。
七月三十一日，中共广东省委发出《关于印发习仲勋同志在惠阳地委反偷渡外逃会议上的讲话要点的通知》。指出要从根本上解决偷渡外逃问题，还要继续治本，要做大量的艰苦细致的工作，特别是要把偷渡外逃严重地区的生产建设搞好，把党风和党的基层组织整顿好，把思想教育工作抓好。八月二十七日，中共广东省委又发出《关于进一步做好反偷渡外逃工作的指示》，再次要求各级党委把反偷渡外逃作为一项长期的政治任务，“贯彻治本治标并举，以治本为主的方针”，切实改进收容遣送工作，帮助他们解决存在的困难。
十二月七日，习仲勋访问澳大利亚后顺访香港，同港英署理总督姬达就内地居民非法来港等问题进行会谈。习仲勋重申了中方的一贯政策，说明外逃问题只是一个暂时现象，今后随着内地经济发展，人民生活水平提高，这个问题自然会得到解决，因此要更加积极发展双方的经济合作。姬达提出双方今后最好能就此经常交换意见，相互配合。
十二月十八日晚，习仲勋主持召开中共广东省委常委会议, 再次研究反偷渡外逃问题。会议决定继续加强反偷渡外逃的斗争，调整和加强了反偷渡外逃领导小组；要大造舆论，尽快颁布《关于处理偷渡外逃的规定》，采取多管齐下的措施，在全省范围内开展反偷渡外逃的专项斗争。
一九七九年十二月十七日至二十六日，广东省五届人大二次会议召开。会议决定将广东省革命委员会改为广东省人民政府，习仲勋当选省长，杨尚昆、刘田夫、王全国等当选副省长。一九八○年一月八日，广东省政府颁布了《关于处理偷渡外逃的规定》，反偷渡外逃斗争从此有了操作性比较强的法律依据。经过半年多的艰苦努力，偷渡外逃的势头得到遏制。
在反偷渡外逃的斗争中，习仲勋和中共广东省委深切地感到要最终解决偷渡外逃问题，根本是要靠加快改革开放步伐。随之，采取了一系列强有力措施，推动改革开放，加快经济特区建设。
