西班牙拥有庞大的舰队，英国起初不敢正面交锋，于是采取海盗手段掠夺财富，打击西班牙力量。这期间英国招募和支持的大量海盗在大洋上对西班牙商船甚至军舰大肆劫掠，作战得力还被封官晋爵，英国以高官厚禄招募大批富有实战经验的海盗为皇家海军所用。英国的海盗活动使西班牙遭受了巨大损失。西班牙试图报复，组织暗杀英国女王伊丽莎白，扶植前苏格兰女王玛利亚上台，但阴谋被伊丽莎白识破，于1587年处死了玛利亚，同年英国海盗公然袭击了西班牙本土港口，抢劫了西班牙国王的私人财宝船，西班牙决心征讨英国。在信奉天主教的玛利亚被处死后，罗马教皇颁布诏书，号召对英国进行圣战。西班牙借机扩编了舰队，命名为“无敌舰队”。
1588年5月，拥有130多艘战舰、3万多人、1124门火炮的“无敌舰队”由没有海战经验的西多尼亚公爵统率出航。7月到达英吉利海峡，英国舰队尾随前进不断以分队骚扰，逐渐耗尽了西班牙军舰的弹药，英舰经过重新补给后于7月28日夜用火船偷袭了在敦刻尔克附近驻泊的“无敌舰队”，西班牙舰队大乱，英舰队全速追击，第二天上午9时双方交火，英舰以纵队靠近西班牙舰队利用侧舷炮密集射击，“无敌舰队”混乱不堪弹药耗尽，无法组织有效的抵抗，被彻底击溃，西班牙自此丧失了制海权。
之后，英国派出海军和海盗配合继续扫荡西班牙海上力量，西班牙为弥补国库空虚疯狂掠夺美洲殖民地，但财富大部分在海上被劫掠，1702年，西班牙满载价值2000多亿英镑财宝的“黄金舰队”遭150多艘英荷联合舰队拦截，西班牙人焚毁了大部分船只，其余被联合舰队俘获，所获数百亿英镑。此后西班牙日渐衰落，英国获得了海上霸主的地位，建立了庞大的殖民帝国。
尼德兰革命
自16世纪以来，尼德兰城乡资本主义发展迅速。北方以荷兰、泽兰两省的工商业最为发达，毛织业、麻织业、造船业极负盛名，航海业和渔业的水平相当高。阿姆斯特丹等城市出现大规模的、集中的手工工场。农村中的大部土地掌握在大富商手中，北方诸省在经济上与西班牙联系很少。南方诸省的手工工场也有广泛发展。在农村，资本主义农场的经营形式也出现了，安特卫普成为当时世界上最重要的商业中心之一，但南方诸省在经济上与西班牙及其殖民地有密切联系。
经济的发展引起阶级关系的变化。北方的贵族阶级逐渐与资产阶级接近，变为新贵族。市民阶级也在急剧分化。西班牙统治者查理一世和腓力二世及其控制的天主教会推行专制主义，任意破坏尼德兰各省区和城市的特权，勒索大量捐税；设立宗教裁判所，残酷迫害新教徒。这一政策严重地束缚了尼德兰资本主义的发展，加剧了阶级矛盾和民族矛盾。
16世纪60年代初，加尔文教新教徒多次举行反对天主教会的武装暴动。1565年荷兰省督威廉一世组织“贵族同盟”，次年4月向西班牙驻尼德兰总督玛格丽特呈递请愿书，提出停止宗教裁判所的活动等项要求。这说明新贵族和资产阶级再也无法忍受西班牙的统治。尼德兰革命形势成熟。
1566年8月，尼德兰爆发反对天主教会的圣像破坏运动。同年10月参加起义者达数万人。后由于资产阶级和贵族同盟的动摇、妥协，1657年春运动遭镇压。同年8月，西班牙国王腓力二世派阿尔法为尼德兰总督。阿尔法设“调查骚乱委员会”，血腥镇压尼德兰革命者，并推行新的税制。尼德兰人民在南方密林中，组成“森林乞丐”游击队；在北方沿海，组成“海上乞丐”游击队，英勇反抗西班牙的暴政。
1572年，北方各省举行大起义，解放了荷兰、泽兰两省的大部。同年8月威廉一世被推为北方各省执政。南方革命形势也日趋高涨。1576年9月4日，布鲁塞尔爆发起义，推翻了西班牙在尼德兰的统治机构。1576年11月8日，南北各省代表缔结《根特协定》，恢复南北统一，共同反对西班牙的统治。慑于革命的不断深入，在西班牙增兵的情况下，西南几省贵族于1579年1月23日结成阿拉斯同盟，宣布承认腓力二世对尼德兰的主权，天主教神圣不可侵犯。北方7省和南方部分城市为对抗西南几省贵族的背叛，于同年1月6日结成乌得勒支同盟，规定建立统一的军队，采取统一的税率、币制和度量衡制，制定共同的军事、外交政策。同盟促使北方7省完全摆脱西班牙的统治，为联省共和国的成立奠定了基础。
1581年，由北方各省代表组成的三级会议宣布废黜腓力二世，正式成立联省共和国。由于荷兰省在联省中的经济和政治地位最重要，因此亦称荷兰共和国，简称荷兰。随后，荷兰在军事和外交上取得反西班牙斗争的胜利。1609年1月9日，西班牙国王腓力三世被迫与荷兰签订《十二年停战协定》，在事实上承认了荷兰的独立。尼德兰革命在北方获得完全胜利。
尼德兰革命以加尔文教为旗帜，以城市平民为斗争的主力，推翻了西班牙在尼德兰的专制统治，在欧洲建立第一个资产阶级共和国，为资本主义在尼德兰北部的发展开辟了道路。
三十年战争
13世纪以后，哈布斯堡王朝统治下的神圣罗马帝国皇权日益衰微，各邦诸侯割据称雄。信奉新教（路德教、加尔文教）的诸侯和信奉旧教（天主教）的诸侯在宗教纠纷的掩饰下争夺地盘和反对皇帝专权，并分别组成“新教联盟”和“天主教联盟”。哈布斯堡王朝极力限制新教活动，争取旧教诸侯重振帝国皇权，并得到罗马教皇、西班牙和波兰贵族的支持。法国为称霸欧洲，力图使德意志保持分裂状态，支持新教诸侯反抗皇权；丹麦、瑞典早已觊觎北海和波罗的海的德意志领土和港湾；荷兰和英国则不愿帝国势力在北欧扩张，英国还企图削弱西班牙的势力。因此，这些国家都支持新教联盟。
神圣罗马帝国皇帝马蒂亚斯企图在捷克（波希米亚）恢复天主教，指定斐迪南二世为捷克国王。斐迪南二世下令禁止布拉格新教徒的宗教活动，拆毁其教堂，并宣布参加新教集会者为暴民。1618年5月23日，武装群众冲进王宫，把皇帝的钦差从窗口抛入壕沟，史称“掷出窗外事件”，它成为三十年战争的开端。
第二年，起义军进攻奥地利，包围了维也纳，斐迪南惊恐万分，急忙向天主教同盟求救。1620年，提利率领天主教联盟军队2.4万人攻入捷克，击败起义军。1620年11月，曼斯菲尔德统率的新教联盟军和提利天主教联盟军在布拉格决战，新教盟军很快被击溃，起义者被血腥镇压。1620年底，西班牙军和天主教联盟军攻入普法尔茨，1623年再度击败新教联军。
天主教联盟的胜利威胁到了德意志新教诸侯，1625年丹麦在英、法、荷盟国的支持下和新教联盟联合向帝国皇帝发起进攻，很快攻入德国西北部，曼斯菲尔德率英军占领捷克西部。1624年皇帝起用华伦斯坦雇佣军。4月华伦斯坦击败曼斯菲尔德，之后击败丹麦，控制了萨克森地区。丹麦被迫于次年5月同皇帝签订《吕贝克和约》退出德意志。
丹麦失败后皇帝和天主教联盟势力扩张到波罗的海，引起瑞典的不满，1630年瑞典国王古斯塔夫·阿道夫二世在法国支持下率军在奥德河口登陆，在盟国支持下迅速攻占了德国北部和中部的大片领土。1631年7月，瑞典军和提利雇佣军进行维尔本会战，提利溃败，同年9月17日，双方集中主力进行布赖滕菲尔德会战，瑞典和萨克森联军依靠古斯塔夫创造的全新战术大败提利，1632年4月古斯塔夫帅新教联盟军在莱茵河再次击败提利残部，提利阵亡，瑞典军进而驱逐西班牙军占领莱茵区。皇帝再次起用华伦斯坦，华伦斯坦学习了古斯塔夫战术并切断了瑞典军后勤补给线，阻止了瑞典军的攻势，1632年11月两军在吕岑决战，瑞典军获胜，但双方均损失惨重，古斯塔夫二世阵亡，这使得瑞典军停止了扩张。
1634年9月，天主教和西班牙联军在纳德林根会战中击败瑞典和新教联军，瑞典军主力损失殆尽，失去了德意志中部的萨克森和勃兰登堡领地。
1635年，法国直接出兵德意志、尼德兰、意大利、西班牙。瑞典军趁机再次侵入德意志中南部。1642年11月瑞典军再次在布赖滕菲尔德击败皇帝军，此时丹麦却向瑞典宣战，于1644年击溃瑞典荷兰联合舰队，不久瑞荷联合舰队歼灭了丹麦海军，丹麦退出战争。1645年3月，瑞典军在捷克重创皇帝军，同年8月法军又在纳林根会战中击败皇帝军，皇帝丢失大部分德意志领土，1648年法瑞联军在处斯马斯豪森会战中彻底击败皇帝军。同年10月神圣罗马帝国和参战各方签订《维斯特伐利亚和约》，三十年战争结束。
三十年战争是第一次对立集团间爆发的欧洲大战，反哈布斯堡集团取得胜利，法国取得欧洲霸权，瑞典取得波罗的海霸权，荷兰和瑞士彻底独立；德意志遭到严重破坏，神圣罗马帝国名存实亡，西班牙进一步衰落，葡萄牙获得独立。这场战争过后，新教取得了合法的地位，教皇的权势一落千丈，从此对欧洲政治的影响微乎其微。
