但是，尽管整个国家陷入了大变局，但19世纪下半叶的中国传统乡村社会仍未解体，其由儒家伦理演化而来的底层社会制控、自治能力仍旧相当强大。教会势力怀抱着彻底改造之梦闯入中国传统乡村社会，其遭遇强烈抵制是必然的事情。
教会对传统乡村社会秩序的冲击体现在诸多方面。譬如：这些既无功名、亦无地位的教民，只要拿着主教的名片，就可以去求见地方长官，而地方官惧于教会的影响，常常不得不予以接见。1862年，川督骆秉章曾致函总理衙门说，习教之人“恃法国为其教主，常有赴衙门求见，干预公事。拒之则在外喧嚷，接见则日不暇给”。
再譬如：教民可以抗拒缴纳迎神赛会份钱。迎神赛会是彼时城乡，尤其是乡村社会生活中一件大事，具有祈福、娱乐、商贸□□等多种功能。举办迎神赛会需要一定的费用，通常由村民凑集。是彼时村民们的一项常规开支。洋教传入后，教民们以缴纳迎神赛会与教义不合为由，拒绝缴纳此费，并得到了教会的支持。从教会的角度看，自然有其道理，但放置到教民所生活的乡村中，却显然是对传统乡村社会自治规则的挑战，何况很多教民不缴纳份钱，却照看迎神赛会不误。
更严重的是：教民们还可以拒绝加入团练和保甲。举办团练是当时地方上一项极为重要的公务，关系到一乡一地的安危存亡。团练最初主要是为了防卫地方免遭匪患，后来功能逐渐扩大，担负起了乡村社会的救济、教化等事务，如经理社仓、义仓，兴立乡校、义学等，成为晚清最重要的基层社会管理机构。教民们拒绝参与此项公务，不缴纳团费，不参与操练，这就等同于逃离个人义务，彻底不认可既有的乡村基层秩序，自然不能获得其他乡民的认可。
诉讼特权，是教民与普通乡民最大的冲突。1882年，巴州平民魏宗仁因其族侄魏绍龙向其索要清明会钱，双方发生口角厮打，闹到去州城打官司。魏宗仁暂时住在教民郑含魁的店里，郑含魁即指点他“诈称教民”，并保证如此必然胜诉。再如1864年四川灌县的戴高氏案。教民戴高氏骗赖了平民张洪彦弟兄租谷两年之久，不但不交租，反而将张洪伦杀死，将张洪俊戳伤。而官府判决则是：所欠租谷全部归属戴高氏，不必偿还。而从前所交的押租银，张氏兄弟则须全数退还给戴高氏。
乡民们对这些疏离甚至反叛传统乡村秩序的教民，往往一致采取排斥态度。譬如：1878年，江北厅教民杨岐山宣布悔教，理由是杨原来以做轿子为生，入教之后，再没有人请他做轿子，杨难以糊口，只得悔教。
更激烈的排斥手段则是教案。晚清以来教案频发的原因已经有很多总结，但最关键的因素则很少被提及，当年的传教士们也没有意识到这一点：他们所面对的，并不是某一两个或者某一群具体的“愚氓”，而是一整个根深蒂固的中国传统乡村自治体系。换句话说，乡民们手持农具和火把冲向教堂的时候，其针对的，并不是基督教本身，更不是传教士本身，而针对的是那些传统乡村社会的“逆子”——那些拒不缴纳迎神赛会份钱，却又照看迎神赛会不误者；那些拒不参加团练与保甲，却又生活在团练与保甲的福利之下者；那些借教民身份在乡村“法治”中制造不公者……至于那些“割眼挖心”的谣言，不过是激发冲突升级的契机，仅仅是契机而已。每一场教案背后，乡民们都有自己明确的利益逻辑，将教案归因于乡民们的“愚昧”，是不符合史实的——所有的文化冲突背后，都是利益冲突。
