1831年，英国政府组织了一项环球科考航行，在老师的推荐下，达尔文无比兴奋的成为了随行的博物学家，登上了“小猎犬号”考察船。
历时五年的环球航行，达尔文惊奇的瞪大眼睛，去发现他从未见到过的景致，和神奇的生物。在南美安第斯山的高处，他发现了贝壳化石，这意味着陆地、海洋并不是一成不变的。
在加拉帕戈斯群岛，达尔文发现这里的鸟类与爬行动物，与美洲大陆上的物种存在相似性和差异性，而且各个岛屿上的物种也有区别，这又意味着什么呢？经过博物学家细致的对比观察，达尔文认为：很久以前，鸟类从大陆迁徙过来，每个岛屿上的鸟要逐渐适应相应的生态系统，因为岛屿之间分布着不同的植物，种子的大小也不相同，渐渐的，鸟类演化出不同的喙，以适应各个环境。最后，达尔文所采集到的各类标本，几乎塞满了整个考察船。
回到英国后，达尔文已经义无反顾的抛弃了《圣经》中那些坚不可摧的文字。他坚信，这个异彩纷呈的生物世界，不可能是上帝在一天之内创造出来的，自然界中肯定存在着某种法则。可是端详着眼前的众多标本和考察日记，达尔文的思绪纷杂，理不清头绪。生物的演化是显而易见的，可是其中的动力和原理是什么呢？
达尔文百思不得其解，索性拿起一本书读了起来，这本书叫做《人口论》，作者是一位名叫马尔萨斯的牧师。这本当时的社会学畅销书，为达尔文的生物学难题打开了思路。
《人口论》中，马尔萨斯论述的主要观点是：世界上的人口太多了，以至于没有足够的粮食以养活所有的人，为了争夺有限的资源，国家之间进行战争，人与人之间尔虞我诈。赢者可以独享其成，锦衣玉食，失败者只能沿街乞讨，疾困缠身。当饥荒、瘟疫、战争等灾难降临时，会消灭掉大量人口，只有在各个方面表现优异的人，才能幸存下来。
读到这，达尔文所冥思苦想的谜题，找到了钥匙。动物界的繁殖能力远强于人类，但是为何只有其中极少一部分能存活下来，原因在于自然的选择。生物在漫长的时代里，不断产生变异，这是必然趋势，但只有那些能够适应环境变化的群体，才有能力将变异继续下去，并缓慢演化出新的物种。
1859年，《物种起源》发表，随即被抢购一空，但是这本书对于人们传统思维的巨大冲击，却是达尔文始料未及的。受时代所限，达尔文刻意没有提及人类也是生物进化的产物。但是所有批评者在获悉进化论的原理后，都将矛头指向了“人类的产生”这一问题上来。保守主义者和信仰虔诚之人，即使已经感觉到《圣经》上的文字已是破绽百出，但是也实难接受人类是由猿猴进化而来的事实。
“动物没有灵魂，那么一只聪明的猴子是在哪一时刻突然之间获得了灵魂呢？”怀疑者愤怒的提出这样的问题，达尔文也解释不了。因为当时还没有发现非洲内陆的人类近亲——猩猩，也没有挖掘出早期人类的化石。
1865年，曾经伴随达尔文环球科考的“小猎犬号”船长，因承受不了进化论思想所带来的压力，自杀了，他是一个虔诚的基督徒，达尔文为此深感悲痛。在他的余生中，一直尽力回避与反对者争论，安静的在乡下庄园里思考进化论。“日心说”理论直到牛顿时代，才为英国人所接受，进化论思想也需要时间。
1882年，达尔文与世长辞，享年73岁。他的遗体被安葬在威斯敏斯特大教堂里，与牛顿的坟墓仅咫尺之遥。
进化论思想在科学界逐渐占据主导地位，但是人们对它的接受，还需假以时日。1925年，发生了一场令全美国街谈巷议的审判，史称“猴子审判”。
原因是这一年，田纳西州地方法律裁定：在课堂上讲授进化论乃是犯罪行为。一位叫做斯科普斯的高中足球教练，在一些进化论拥护者的支持下，于课堂上向学生们传授这一思想，随即成为了被告，引起轩然大波。一连数周，这一审判都成为全美各地媒体的头条新闻，也是有史以来首次通过电视直播的新闻事件。斯科普斯的辩护律师说：“这已不是斯科普斯在受审，而是文明在接受审判。”
这次审判成为了对广大受众普及进化论思想的宝贵良机，虽然斯科普斯最后被判有罪，但仅仅是罚款100美元草草了事。进化论取得了决定性胜利。
