在1836年4月29日这天的早晨，“贝格尔”号绕过了毛里求斯岛的北端。沿岸是一片逐渐倾斜的平原，平原上有一些碧绿的甘蔗种植园，种植园的后面是一些稀稀落落的小房子。岛中心耸立着几座高山，尖尖的山顶，山上长满了树木，白云在山顶缭绕。风景非常和谐协调。第二天，达尔文访问了一个城市，这个城市给达尔文留下了良好的印象，它是一个文化中心，具有鲜明的法国特色。歌剧院、大书店——达尔文对这一切都很感兴趣。在路易港这个城市的大街上，有很多从印度流放来的印度人。
5月初，达尔文登上了城外的拇指山，山高200～800米。随后，达尔文同斯托克斯一块去劳合大尉的别墅。别墅离城市有3海里，那里是一个富丽堂皇的地方，他们在那里待了两天。在途中，有一段路他们是骑着大尉的象走过的。据达尔文说，这些象在走路时一点声音都没有，这使他感到非常惊讶。“贝格尔”号从南边绕过马达加斯加后，在纳塔尔附近驶抵非洲海岸，接着在非洲海岸附近的颇为辽阔的海域航行。
5月31日，“贝格尔”号在四蒙士湾靠岸。次日，达尔文到了离四蒙士湾20海里的卡普什塔德特。在距离卡普什塔德特7海里的地方，有许多幼小的苏格兰云杉林和低矮的、叶子发黄的橡树林，这些云杉林和橡树林散发着一阵阵秋天英国树林的气息，这些树林使怀念祖国的达尔文感到特别诱人。在卡普什塔德特，在一个位于住有各族人的大路上的一个很大的旅馆兼饭店里，达尔文费了很大力气才在一所公寓里找了一个房间。
6月2日，达尔文和通常一样，登上了邻近的一座山。这座城市不久前还由荷兰人管辖，现在却越来越带有英国的特点。城里除了英国人和荷兰人以外，还有很多法国人和戴着圆锥帽或红头巾的马来亚人、黑人和果天托特人。引人注目的是，这里有许多一前一后两个一列地套着十二对犍牛的四轮车。但很少看到一前一后四个一列、六个一列和八个一列地套着犍牛的四轮车。紧靠城外有一座高2000米的桌子山，风景很独特。
两天之后，达尔文到内地作了一次路途更长的旅行。他雇了两匹马和一个年轻的果天托特人做向导。这次旅行使达尔文了解了非洲南部的植物、土壤、地质构造和动物化石群的某些标本特征。
在接下来的一周里，达尔文是在卡普什塔德特度过的。在这里，他结识了一些英国人，使他感到非常高兴的是，他结识了约翰·赫瑟尔，因为约翰·赫瑟尔的著作在达尔文少年时代就给他留下了深刻的印象。
6月中旬，“贝格尔”号驶离四蒙士湾，向大海航行。
7月8日，“贝格尔”号来到了圣赫勒拿岛。这个岛好像一座巨大的黑色城堡一样，陡峭地耸立着。达尔文住在距拿破仑墓不远的一个城市里，但他住在这里并不是出于对这位伟大统帅感兴趣，也不是出于对他的敬仰，而是由于这个地方正处在岛的中心，从这里出发到任何地方去游览都十分方便。在他住宿的609.6米高的地方，气候寒冷而且有暴风雨，经常下着大雨。他写信给亨斯洛说：“这里出现的是真正的暴风骤雨，假如拿破仑的灵魂在他被俘的那个可悲的地方游荡的话，那么这种情况对他那徘徊游荡着的灵魂来说，倒的确是个十分合适的夜晚。”他在信中表现出对祖国的深切怀念。五年的航海生活使所有的人都疲惫不堪了，因此他们都期待着能回到英国去，然而这一天他们还没有等到。他请亨斯洛在塞治威克的帮助下，能使他成为地质学会的会员，并请亨斯洛先为此事采取一些措施。
达尔文每天从早到晚都在岛上浏览，研究这个岛的地质构造，就这样在不知不觉中，达尔文在圣赫勒拿岛停留了四天。给达尔文当向导的是一个上了年纪的头发斑白的混血种人，从前是个奴隶，和所有黑人一样，他也是在圣赫勒拿岛从东印度公司转归英国过程中，从奴隶制下获得解放的。达尔文注意到，这里90%以上的植物都是从英国运来的。这里的鸟和昆虫非常少。英国人只运进了一些鹧鸪和野鸡。达尔文愤怒地指出，关于保护野鸟的法令没有考虑到当地穷人的利益。他们常常从悬崖峭壁上采集一种草，把这种草燃烧后，从草灰中提取苏打。但是，仅仅凭借这样的借口：“那样的话，鹧鸪就要没有地方筑巢了！”于是，这种副业就此遭到禁止。
16世纪初，这个岛上的植被被运输过来，但是不幸的是，繁殖得很快的山羊和野猪却彻底被毁灭了。这种情况也影响到了陆生软体动物，达尔文发现有八种陆生软体动物只剩下了空壳埋藏在土壤中；这种活的软体动物已经看不到了，它们随着森林的毁灭而灭绝了。达尔文本来很想到圣赫勒拿岛的各个山上和悬崖峭壁处去漫游一番，由于“贝格尔”号又要向前航，因此他不得不在7月14日回到舰上。计划落空了，达尔文感到很不愉快。
7月中旬，“贝格尔”号到达亚森松岛。在那高低不平的黑色熔岩的表面上，耸立着一个个鲜红色的被切断的圆锥形山丘，这些山丘围绕着一个中心，即一个最大的“绿色”山丘。达尔文第二天早晨的第一个行动，便是登上这个海拔800米的山丘。在所有这些荒漠的山丘上，只有个别地方长了点青草，因此吸引来了一些绵羊、山羊、牛和马在这里享受美餐。
这里的家鼠很多，它们比普通的家鼠的个头要小一些。为了消灭各种老鼠，这里运来了一些猫，但是由于它们繁殖得太快，其本身反而成了一种真正的灾患。
在亚森松岛，达尔文接到了由什鲁斯伯里寄来的一封家信。他的妹妹卡萨琳在信中说，有一位叫塞治威克的地质学家到了什鲁斯伯里他父亲那里。塞治威克对他父亲说：“达尔文将在科学家中间占据显要的地位。”
由于达尔文并没有与塞治威克通过信，因此他没法知道塞治威克是从哪里知道他所从事的事业和他旅行期间的工作情况的。不管怎样，得到像塞治威克这样一个大地质学家的赞扬，的确使达尔文感到自豪。这时候他还相当年轻，因此在读了这封信之后，他便跳跃着登上了亚森松岛的各座山，而他的小锤子也就敲打在山的峭壁上并发出了胜利的响声。在地质发现方面，特别能引起达尔文兴趣的是他在这里找到的大量“火山弹”和这种火山弹的多孔构造及其形成的方法。
眼看就要回到英国了，由于在“贝格尔”号的器材中，对确定经度存在着一些矛盾，费茨罗伊认为在回到英国之前，应该把这些矛盾弄清楚，因此下令“贝格尔”号向西、向南、又向巴西驶去。费茨罗伊的这一计划使得十分希望归国的达尔文和其他水手们的念头都破灭了。
8月1日，“贝格尔”号又在巴伊亚停泊下来，达尔文根本没有想过何时再能重新回到这里。在初次看到这个美丽的城市及其近郊时，达尔文十分赞赏，而现在却完全失去了欣赏的欲望，更何况那些曾经使风景变得异常鲜艳的美丽的红树林已被砍光了。尽管如此，热带风景的那些因素依然未变，所以达尔文在巴伊亚停留的四天中，仍禁不住要把自己对热带风景的印象和感受表达出来。他在写给姐姐苏珊娜的信中说：“我反复推敲着一个又一个的形容词，我认为用这些形容词来把我所感受的愉快心情传达给那些没有到过热带的人，显得过分无力了。整个国家是一个巨大的、野生的、没有修整过的、五彩缤纷的暖花房，这个暖花房是大自然为自己创造的，却被人类所占有……任何一个热爱大自然的人都有一个愿望，那就是如果可能的话，想去看看另一个行星上的风景，这个愿望该是多么伟大啊！但是实际上可以这么说，对于每一个欧洲人来说，在离他的家乡只有几个经度远的地方，就有另一个拥有美丽景色的世界。”
8月6日，“贝格尔”号向海上出发，以便径直驶向佛得角群岛，可是逆风又阻碍了它的前进。
8月12日，“贝格尔”号驶进了伯南布哥湾，位于南纬8°处，这是巴西海岸上的一个大城市。伯南布哥市（现名累西腓）位于一个平坦的有沼泽的地方。当时雨季尚未结束，洪水淹没了四郊，因此达尔文想作长距离散步的一切尝试都未能顺利实现。他只限于对形成海湾的礁脉进行了一些研究。在这里他指出了一些有生命的海洋机体的活动，如制造石灰质小管的软体虫、蔓脚目即带有石灰质小塔和固体海洋藻类（石珊瑚藻）的固着虾。
8月19日，“贝格尔”号终于离开了巴西。在返回英国的路途中，“贝格尔”号颠簸得很厉害，因此达尔文饱尝了晕船之苦。唯一使他引以自慰的是，这是最后一次通往英国途中忍受晕船之苦了。这样的想法又让达尔文对于实现早日回家的愿望有了一丝期盼。
8月31日，“贝格尔”号在普拉亚港停泊。
9月20日，“贝格尔”号驶抵亚速尔群岛。全体船员上岸访问了一个叫安格拉的小城市，该市坐落在捷尔谢伊尔岛上，居民达10000人。第二天，达尔文在一名向导的带领下，到这个岛的中心作了一次旅行。那里有一座山，人们把它描述成活火山。那里的风景、植物、昆虫和鸟类在达尔文看来很像威尔士山上的一个地方。达尔文观察了一个叫做火山口的地方，这里热气从裂缝中喷出并作用于周围的粗面岩和熔岩上。而在地下的活动在这里就表现为地震。第二天，达尔文游览了普拉亚市，曾经这里是一个大城市，可是，后来在一场大地震之后被毁灭了，于是就变成了一个很不起眼的小地方。
