会议开始后，与会代表提出了范围广泛的问题。大多数同志最为关注的是要彻底纠正“文化大革命”的错误，为一些重大冤案平反等问题。在当时情况下，许多老一辈革命家冲破阻力，率先就思想路线的拨乱反正发表了自己的意见。特别是11月12日陈云在东北组的发言使会议气氛更趋活跃。他在发言中不是简单地对工作重点转移表示拥护，而是抓住了实现这一转移的前提条件——安定团结的政治局面，提出了既事关安定团结，又最能引起全党大多数同志共鸣的平反冤假错案问题。他指出，干部和群众对党内是否能安定团结，是有所顾虑的。对有些遗留的问题，影响大或者涉及面很广的问题，是需要由中央考虑和作出决定的。接着他提出中央应给予考虑和决定的六个问题：（一）薄一波等六十一人所谓叛徒集团等问题；（二）在“文化大革命”中被错定为叛徒的一大批干部的问题；（三）陶铸、王鹤寿同志的冤案问题；（四）彭德怀同志的问题；（五）天安门事件问题；（六）康生的罪行问题。这六个问题，实际上都涉及要纠正“文化大革命”及以前的“左”倾错误这一根本问题，因此，陈云发言后，群情激昂，发言踊跃。大家完全赞成陈云提出的问题和要求，并进一步提出了其他一些重大案件的平反问题。大家认为，这些过去遗留的问题不解决，就不能达到真正的安定团结，不利于调动一切积极因素，从而真正把党和国家的工作重点转移到社会主义现代化建设上来。
中共中央政治局认真研究了大家的意见后，及时作出决定，并于11月25日，由华国锋代表中央政治局在会上宣布：（一）为天安门事件平反。中央认为天安门事件是革命的群众运动，应该彻底平反。（二）“反击右倾翻案风”是错误的。中央政治局决定，“反击右倾翻案风”的有关文件全部撤销，责任由中央承担。（三）关于所谓“二月逆流”。因这个案件受冤屈的所有同志，一律恢复名誉，受牵连和受处分的一律平反。（四）关于薄一波等六十一人问题，现已查明是一起重大错案，中央决定为这一重大错案平反。（五）怀疑彭德怀里通外国没有根据，应予否定。（六）陶铸同志被定为叛徒是不对的，应予平反。（七）杨尚昆同志过去被定为阴谋反党、里通外国是不对的，应予平反。
（八）康生、谢富治民愤很大，对他们进行揭发批判是合情合理的。（九）一些地方性重大事件，中共中央决定一律由各省、市、自治区党委根据情况实事求是地予以处理。中央还决定，各中央专案组结束工作，全部案件移交中央组织部。今后不再采取成立专案组审查干部的办法。这几项采纳大家意见的决定，极大地鼓舞了与会者，如春回大地，大家感到丢了多年的党内民主传统又回来了，心情十分舒畅。
乍一看，华国锋提出的三项议题与“中心思想”是一致的，但稍加思考，矛盾就显现出来了。从上面的分析中可以看出，实现党的工作重点的转移，首先要确立正确的指导思想。而华国锋在开幕会上仍然强调“要阶级斗争、生产斗争、科学实验三大革命运动一起抓”这一毛泽东的观点。在他看来，所谓工作重点的转移，就是在原封不动地继承毛泽东晚年所坚持的“以阶级斗争为纲”的指导思想下，调整一下具体工作的部署，尽快地将他所提出的一系列跃进指标和计划付诸实施，根本不存在什么指导思想转变的问题。所以，按照他的设想，用两三天的时间讨论一下工作重点转移的问题就够了。整个会议准备开20天。
显然，按照华国锋的设想，这次中央全会无法对“文化大革命”中及其以前的“左”倾错误进行彻底纠正，无法实现党的指导思想的根本转变，也就无法展开全面的拨乱反正，无法结束近两年的徘徊局面，党的工作重心的转移实际上也就成了一句空话。这与以邓小平为代表的党内大多数人的主张显然是背道而驰的，也违背了广大人民群众的愿望。
不管人们是否意识到了这一点，当中央工作会议决定对工作重心转移问题进行讨论的时候，这两种对立观点之间的冲突实际上已经是不可避免的了。从某种意义上说，这种冲突决定了党和国家未来的历史走向。在这一关键时刻，许多老一辈革命家挺身而出，主动而又策略地把会议的主题引向了指导思想的根本转变，使这次会议真正变成了一次拨乱反正和提出新的指导方针的重要会议。
波澜起伏
11月27日，会议已按原定日程转入对两年国民经济计划和李先念在国务院务虚会上讲话的讨论。在大组讨论中，有个别人对实践是检验真理的唯一标准问题的讨论提出了不同的看法，不赞成将这场讨论看做是政治问题、路线问题，是关系国家命运的问题。这些人在发言中既认为关于真理标准问题的讨论是有益的，又担心这样会引起国内外对安定团结政治局面的担忧，认为现在报刊文章中提出的“来一个思想解放运动”、“反对现代迷信”等口号，虽然并非完全不包含合理的内容，但如果把它们当做思想工作、宣传工作中的纲领性的口号，那就要十分慎重。这些人不赞成在报刊上发表文章，用旁敲侧击的方法，在实际上引导人们去议论毛主席的错误。
这样的发言在简报上登出后，一下又将与会人员的注意力拉回到政治问题上，会议的中心议题又回到了关于“两个凡是”和真理标准问题的讨论。两百多名中共高级干部又一次认真讨论了该问题。有的同志发言说：真理标准问题虽然是马列主义的常识问题，但有极其重要的意义。这个原则不明确，思想就不能够解放，干部和群众的创造性就会受到压抑。缺乏一个最后明辨是非的客观标准，遇有分歧就难以统一认识，不利于安定团结。有的说：只有坚持实践是检验真理的唯一标准，才能真正实事求是地总结二十多年来经济工作中正反两方面的经验，纠正错误的东西。有的说……绝大多数同志均肯定了实践是检验真理的唯一标准，对坚持“两个凡是”观点的同志提出了尖锐的批评。
经过大家的批评、帮助，一些曾经受“两个凡是”观点影响，对这场讨论的意义认识不足的同志，都先后承认了错误，作了自我批评。提出和推行“两个凡是”的华国锋和汪东兴，也程度不同地作了自我批评。
12月13日，华国锋在会上发言说，1977年3月中央工作会议时他曾讲过：“凡是毛主席作出的决策都必须维护；凡是损害毛主席形象的言论，都必须制止”，“后来发现，第一句话，说得绝对了；第二句话，确实是必须注意的，但如何制止也没有讲清楚，当时对这两句话考虑得不够周全。现在看来，不提‘两个凡是’就好了”。“至于1977年2月7日两报一刊社论中提出的‘两个凡是’，就更加绝对，更为不妥。以上两处关于‘两个凡是’的提法虽不尽相同，但在不同程度上束缚了大家的思想，不利于实事求是地落实党的政策，不利于活跃党内思想。我的讲话和那篇社论，虽然分别经过政治局讨论和传阅同意，但责任应该主要由我来承担。”汪东兴也在会上作了书面检查。这当然并不表示华国锋等人已经彻底改正了“两个凡是”的错误，但这种态度无疑是宣布，党中央已坚决抛弃和否定了“两个凡是”的主张，因而受到代表的普遍欢迎。
中央工作会议刚开始，邓小平因按原定日程在泰国、马来西亚和新加坡访问。11月14日，邓小平回国后的当天，中共中央政治局常委就开会批准了北京市委关于天安门事件平反的决定。随后，在邓小平的主导下，中央政治局又对一系列重大历史遗留问题提出了意见。
随着中央工作会议讨论内容的深入，特别是代表们对“两个凡是”错误的严厉批评，华国锋已失去了中央领导工作的主导权，而邓小平逐渐成为中央实际上的主要负责人。
针对会议中讨论的各种问题和出现的倾向，邓小平多次发表重要谈话，从而及时、正确地把握了会议发展的方向。
1998年11月，在纪念党的十一届三中全会20周年之际，中共中央文献研究室编辑出版了《邓小平思想年谱（1975—1997）》，第一次公开发表了邓小平这一时期几次重要谈话的内容。从中我们可以看到中国最高政治层在那几天发生的急剧变化。
11月25日，中央政治局常委听取中共北京市委和团中央几位负责人汇报天安门事件平反后群众的反映和北京市街头大字报的情况，并发表了一些重要意见。因为当时华国锋已很被动，这些意见主要由邓小平来说。邓小平指出：天安门事件平反后，群众反映强烈，大家很高兴，热烈拥护，情况是很好的。当然也出现一些问题。我们的工作要跟上去，要积极引导群众，不能和群众对立。我们一定要高举毛主席的伟大旗帜。毛主席的旗帜是全党全军全国各族人民团结的旗帜，也是国际共产主义运动的旗帜。现在，有的人提出一些历史问题，有些历史问题要解决，不解决就会使很多人背包袱，不能轻装前进。有些历史问题，在一定的历史时期内不能勉强去解决。有些事件我们这一代人解决不了的，让下一代人去解决，时间越远越看得清楚。有些问题可以讲清楚，有些问题一下子不容易讲清楚，硬要去扯，分散党和人民的注意力，不符合党和人民的根本利益。现在报上讨论真理标准问题，讨论得很好，思想很活跃，不能说哪些文章是对着毛主席的，那样人家就不好讲话了。但讲问题，要注意恰如其分，要注意后果。迈过一步，真理就变成谬误了。毛主席的伟大功勋是不可磨灭的。外国人问我，对毛主席的评价，可不可以像对斯大林评价那样三七开？我肯定地回答，不能这样讲。党中央、中国人民永远不会干赫鲁晓夫那样的事。现在中央的路线，就是安定团结，稳定局势，搞社会主义现代化。国际上也十分注意我们国内局势是不是能够保持稳定。引进新技术，利用外资，你稳定了，人家才敢和你打交道。安定团结是实现四个现代化的必要政治条件，不能破坏安定团结的局面。这是中央的战略部署，这是大局。我们处理任何问题，都要从大局着眼，小局服从大局，小道理服从大道理。不搞什么新运动，不要提中央没有提的什么运动。要引导群众向前看。平反工作，中央和各地都在抓紧处理，都是有领导、有步骤地进行的。林彪、“四人帮”破坏造成的一些遗留问题，都可以逐步解决。解决这些问题是为了创造一个安定团结的稳定局势，把各种积极因素调动起来。
11月26日，邓小平会见日本民社党第二次访华团，在谈到天安门事件问题时，邓小平指出：过去对天安门事件的评价是不对的，北京市委肯定天安门事件是广大群众悼念周总理、反对“四人帮”，是革命行动，这是我们中央批准的，实际上就是我们中央表示的态度。不久前《人民日报》发表了一篇评论员文章《实事求是，有错必纠》，国际上反响很大。这篇文章主要是针对天安门事件讲的。有错必纠是毛主席历来提倡的。对于天安门事件处理错了，当然应该纠正。如果还有别的事情过去处理不正确，也应该实事求是地加以纠正。勇于纠正错误，这是有信心的表现。当然，解决这样复杂的问题总要有一个过程，现在时机成熟了。有人有一个错觉，以为重新评价天安门事件，又要乱。
其实不会，人民是可以信任的。我们的群众经过“文化大革命”，绝大多数人，包括青年人，辨别是非的能力提高了，关心国家命运，这点是了不起的。
过去“四人帮”不让人民发表不同意见，结果激起了1976年清明节人民的义愤。天安门事件确实没有任何组织，完全是群众自发的啊！反映了人民的觉悟水平、政治水平。群众是最希望安定团结的局面的。现在不但中央的领导，地方的领导也一样，都一心一意要搞四个现代化。搞四个现代化没有安定团结的局面是不行的。
11月27日，邓小平同华国锋、叶剑英、李先念、汪东兴听取中央工作会议各组召集人的汇报时，作了插话。邓小平指出：毛主席的伟大功勋是不可磨灭的。没有毛主席，就没有新中国。毛主席的伟大，怎么说也不过分，不是拿语言可以形容得出来的。毛主席不是没有缺点错误的，我们不能要求伟大领袖、伟大人物、思想家没有缺点错误，那样要求就不是马克思主义者。毛主席讲马克思、列宁写文章就经常自己修改嘛。对毛主席的缺点错误，这个问题是不能回避的，在党内还是讲一讲好。外国人问我，对毛主席的评价，可不可以像对斯大林评价那样三七开？我肯定地回答，不能这样讲。党中央、中国人民永远不会干赫鲁晓夫那样的事。
同日，邓小平会见美国专栏作家罗伯特·诺瓦克。关于中国现在是否也正在考虑对政治制度进行某些改革，比如采用西方那种竞选制度、干部通过选举产生等问题，邓小平说：整个制度我们同西方不一样，你们叫议会制，我们是人民代表大会制，这个制度不会改变。我们现在制度中存在的上层建筑不适应生产力发展的状况要改变。比如我们最近决定工厂的车间主任、班组长要通过选举的方法产生，工人参加管理的方式要改进，要用经济规律来管理经济。我相信，现在的制度如果搞得好，在某些方面加以适当改革，我们这个制度比你们那个制度做起事来要便利得多。我们过去有些东西是学苏联的，那些东西看来是落后了。关于中国是否采用南斯拉夫工人自治的形式的问题，他说：国与国的情况有很多不一样，各有各的特点，各有各的发展体制。当然，我们要研究他们的经验，但是不能简单地吸收别人的经验，要根据自己的条件来决定。
根本的一点，是要承认自己落后，承认现在很多方法不对头，需要改，要承认这一点，并且找出适当的方法。关于对毛泽东、毛泽东思想的评价，他说：中国人民都知道，没有毛泽东主席就没有新中国。这个历史是抹不掉的。毛主席从来就提倡把马列主义的真理同中国革命的具体实践相结合，不是照抄照搬某句话。毛主席历来反对本本主义。我们对待毛泽东思想也是一样。你们大概注意到了，我们提倡要完整地、准确地掌握和运用毛泽东思想。因为有些问题毛主席在世时不可能提出。按照马列主义的原理，我们不能要求任何伟大的人物、伟大的领袖每句话在任何时候都是适用的。
